במשך שנים רבות השתדלו בסוכנות היהודית להטיס עולים, שליחים שיוצאים לחו"ל וגם עובדים בטיסות של חברת התעופה הלאומית, אל על, אך זה כבר לא המצב: לאחרונה חל נתק בין הצדדים, והסוכנות היהודית החלה לעבוד קודם כול מול חברות זרות, במקום לקיים את העבודה השוטפת עם אל על.
הסוכנות רוכשת רבבות כרטיסי טיסה בשנה. ב־2018 עלו דרכה לארץ כ־30 אלף עולים. מאות שליחים יוצאים גם הם במימון הסוכנות לקהילות ברחבי העולם, ומלבדם גם מעל 1,000 שליחי הסוכנות למחנות קיץ ונוער. זאת בנוסף לטיסות של עובדי הארגון, שרבים מהם נמצאים "על הקו" בשל עבודתם הנעשית הן בישראל והן בקהילות היהודיות.
מקורות בסוכנות מספרים שבאל על שינו את היחס אליהם: בעבר זכתה הסוכנות היהודית במחירים נמוכים יותר, וחברי ההנהלה קיבלו אוטומטית כרטיס חברות לטרקלין "המלך דוד" ושדרוג למחלקות היוקרה. עם השנים המצב השתנה: אל על גובה תשלום על השדרוגים, ובסוכנות מצאו מחירים נמוכים יותר אצל המתחרים. "המשא ומתן עם אל על בעיצומו, ונעדכן כשיגיע לסיומו", נמסר מהסוכנות באופן רשמי. ועד אז, אומרים בסוכנות, הם יעדיפו לפעול מול חברות תעופה אחרות, זולות יותר.
מאל על נמסר: "אל על מציעה תנאים אטרקטיביים לסוכנות, לשליחיה ולעולים חדשים המגיעים ארצה. החיבור בין אל על, חברת התעופה הלאומית, לבין הסוכנות היהודית הוא היסטורי וטבעי. נשמח ששליחי הסוכנות ועולים חדשים ימשיכו לטוס ארצה בחברה כחול־לבן".
