צה"ל מגביל את תוכניות הבנייה בגוש עציון לפי תוואי של גדר ההפרדה, אף שהגדר לא קיימת, והקמתה מוקפאת. בפגישה שהתנהלה בחודש שעבר בין מהנדסת מועצת גוש עציון לראש מנהלת "קשת צבעים" בצה"ל נדונו תוכניות בנייה בכמה יישובים בגוש. בפגישה הבהיר ראש המנהלת, אל"מ עופר הינדי, שהבקשה להרחבת היישוב בת־עין תאושר רק בתנאי שכל התוכניות יסתיימו במרחק של 50 מטרים מהתוואי המתוכנן לגדר ההפרדה.
"ניתן יהיה לבחון אישור רק בכפוף לתנאי שגבול התוכנית יוגבל למינימום 50 מטרים מצו התפיסה המיועד לגדר הביטחון", קבע הינדי. תשובה דומה ניתנה בפגישה לגבי היישוב מגדל־עוז, שם נדחתה תוכנית קונקרטית בגלל אי עמידתה בתנאי.

בניית גדר ההפרדה, שתוכננה לעבור בין השאר בגוש עציון, מוקפאת כידוע זה מעל עשור. כמה עתירות הוגשו נגדה, הן מצד מתיישבים, הן מצד פלשתינים והן מצד ארגוני סביבה, שהתנגדו לפגיעה בנוף. לפי גורמים בגוש, האיסור הצבאי על בנייה במרחק של עשרות מטרים מהגדר עשוי להשפיע על בנייתן של מאות יחידות דיור ביישובים באזור.
כמה מהעתירות בנושא הגדר באזור הגוש התקבלו, ובג"ץ הורה למדינה לתכנן מחדש את התוואי. עתירות על התוואי הסמוך לבת־עין ולמגדל־עוז נמחקו ב־2006 לבקשת העותרים – בית ספר שדה כפר עציון – לאחר שהמדינה הודיעה לבג"ץ, לטענת העותרים, שאין בכוונתה להמשיך בבניית הגדר. "את איום הגדר בגוש עציון הצלחנו לסלק כבר לפני למעלה מעשור, לאחר סדרת מאבקים משפטיים וציבוריים", אומר ירון רוזנטל, מנהל בית הספר שדה. "עכשיו עלינו להיאבק שהשטח שיועד לבניית גדר ההפרדה ישוחרר מהתפיסה הצבאית, ונוכל להרחיב את יישובי גוש עציון, המשוועים לעתודות בנייה. אז בני גוש עציון יוכלו לחזור לגוש, למקום שהם והוריהם נולדו בו".
מדובר צה"ל נמסר בתגובה: ״תוואי גדר הביטחון באזור גוש עציון נקבע בהחלטת ממשלת ישראל. העתירה שהוגשה לבג"ץ נגד התוואי נמחקה. מאחר שהצורך הביטחוני בהקמת הגדר בתוואי המתוכנן בעתיד עוד קיים, בקשות לבנייה סמוך לתוואי נבחנות לאור הצרכים הביטחוניים במרחב ותוך בחינה של כל מקרה לגופו״.