רבי עובדיה מברטנורא, פרשן המשנה הידוע, הגיע לירושלים בשנת 1488, וקודם כול רץ לראות את מסתרי הר הבית: "ובבואי פה", תיאר לימים באגרתו כיצד התגנב לשטח ההר דרך מנהרות בכותל הדרומי, "נכנסתי ליסודות שבנה דוד שהם בקרקע הר הבית, דרך גלגול מחילות, שהיה המקום צר מאוד אין דרך לנטות, וראיתי שם חלון שיש לכנסיה של גויים באותו מקום שקוראים מדרש שלמה [מסגד אל־אקצה; א"ס] וסבור הייתי שמחילות לא נתקדשו אף שבתוך העזרה, ומותר לכל אדם לבוא שם, שאין קדושתן כקדושת העזרה".
אחר כך שב רבי עובדיה ונכנס דרך מחילה נוספת בדרום הר הבית, היישר אל החללים התת־קרקעיים העצומים של אורוות שלמה: "ובקרן מזרחית צפונית [הכוונה ככל הנראה – דרומית; א"ס] של בית, שם פינה אחת מאבנים גדולות מאד, ונכנסתי תחת הפינה ההיא, ושם בניין גדול, בנוי על גבי עמודים גדולים וגבוהים, והעמודים רבים מאד, עד שנלאיתי מהלוך עד סוף כל הבניין ההוא כי רב הוא. והוא מלא עפר אשר השליכו שם מהריסת הבית. ובית המקדש עומד על אותם העמודים. ובכל עמוד ועמוד יש נקב להכניס בו חבל, ואומרים כי שם היו קושרים האילים והפרים של זבחים".

הנקבים בעמודים של אורוות שלמה נוצרו ככל הנראה כדי לקשור שם את סוסיהם של הצלבנים דווקא, אבל הממצא של שפכי העפר שהוצאו מהאורוות אחרי הרס העתיקות במתחם הזה בשנת 1999 אכן מכיל לא מעט עצמות של בעלי חיים כשרים להקרבה. אלה, כך מעריכים החוקרים, נשרפו בחללים התת־קרקעיים האדירים הללו בשריפת החורבן הגדולה בשנת 70, כאשר המתינו כאן להקרבתם – כך שלא בטוח שרבי עובדיה החטיא בהרבה את האמת בהנחתו.
פתח המחילה של רבי עובדיה התגלה בידי הקצין הבריטי צ'רלס וורן, במהלך החפירות שניהל סביב הר הבית בשנת 1867. זו שבה ונחשפה, תועדה ונחפרה במלואה, כעבור מאה שנים בידי פרופ' בנימין מזר. לין ריטמאייר, האדריכל ההולנדי שליווה את החפירה של מזר ואת מחקרו בהר הבית, מסביר שבניגוד להנחה של רבי עובדיה מברטנורא, לא המלך דוד יצר את המחילה הזו אלא הורדוס, ולדבריו זו נמשכת עוד כעשרים מטרים עד לעומק האולמות הקדומים של אורוות שלמה.
זו לא המחילה היחידה בכותל הדרומי המוליכה פנימה, אל הר הבית. כמותה ידועות כיום עוד שלוש מנהרות המתחתרות מתחת לשערי חולדה; שתיים שפתחיהן מצויים מתחת לשני צדי השער המשולש, ונמשכות פנימה עד לבור 10 שבדרום הר הבית, ואחת נוספת שפתחה מצוי מתחת למדרגות השער הכפול – אולי זו הנוספת שבה נכנס רבי עובדיה אל מתחת למסגד אל־אקצה.

המשותף לכל ארבע המנהרות הללו הוא שבעשרות השנים האחרונות, מאז הסתיים מחקרן ועל פי סיכום מוקדם עם רשויות הווקף, הן נאטמו באבנים ובמלט או לחילופין בסורגי ברזל כבדים. הן מצוידות גם במערכת חיישנים שנועדה להתריע באופן מיידי מפני כל סקרן יהודי שנקלע למקום – הסגור לגישת אזרחים מהמניין. מרכז דוידסון שבכותל הדרומי הוא אתר יפהפה וממלכתי, אבל כשיורדים מעט מאתר התיירות לכיוון פתחי תעלות המפלט החסומות – התפאורה משתנה מקצה לקצה; הזבל מציף הכול, וההזנחה חוגגת.
המחילות הללו שימשו ככל הנראה בימי הבית כמנהרות מפלט ומסתור לעת הצורך. ממעט החפירות והמחקר שהתבצעו בהר לאורך השנים מתברר שארבע אלו הן רק חלק קטן ממערכת ענפה של בורות וחללים תת־קרקעיים שנכרו מתחת לפני ההר במשך התקופות השונות. מערכת מסועפת של מעברים תת־קרקעיים נועדה לקשר בין חלקי ההר השונים מתחת לפני האדמה, ולאפשר גם יציאה מהמתחם.
וורן הוא שמִספר את בורות ההר. הוא גם מהבודדים שנכנסו אליהם ומיפו אותם; במאה ה־19 זה עוד היה אפשרי. בשנות השישים והשבעים של המאה הקודמת שב ונפתח חלון הזדמנויות קטן שאִפשר לזמן קצר הצצה לחלק מסוים, לא גדול, מהחללים הללו. אחרי שנים ספורות החלון הזה שב וננעל. מאז הפך ההר למבצר אסלאמי בלתי חדיר, בגיבויה הנוקשה של משטרת ישראל. תייר או אזרח שיגיע ללא אישור, אפילו רק מבחוץ, אל פתחן החסום של המחילות – ייעצר.
רוברט המילטון, מי שעמד בראש מחלקת העתיקות בארץ ישראל מטעם ממשלת המנדט הבריטי בין השנים 1948-1938, זכה במסגרת הזו לשוטט במסתרי ההר, בעיקר בצדו הדרומי, בעת שמסגד אל־אקצה שופץ בעקבות התמוטטותו ברעידת האדמה העזה של 1927. עזבונו של המילטון כולל תמונות שמעידות בין השאר על חללים תת־קרקעיים מתחת לחלל השער הכפול – שבעצמו, נזכיר, הוא מנהרה תת־קרקעית מימי הבית השני. מדובר בחללים שאינם ידועים כלל למחקר. גם המילטון בפרסומיו איננו מזכיר אותם כלל, ורק התמונות שצילם מתעקשות שאלו אכן קיימים.
כך, התמונות הללו מתעדות מחילה מסתורית חצובה בסלע ובה מדרגות היורדות בתלילות ממעבר השער הכפול מזרחה, לאי־שם. להערכת הארכיאולוג צחי דבירה, "נראה שמדובר במנהרה ששימשה למעבר שוטף בין אולם השער הכפול לבין חלל תת־קרקעי נוסף. עצם העובדה שהמנהרה נחצבה בתוך סלע מלמדת שהייתה חשיבות לכך שזו תהיה מנהרה תת־קרקעית, ואולי אף נסתרת".
דבירה איננו מתפלא כלל שהמילטון לא טרח להזכיר את המנהרה המסתורית בפרסומיו, ותולה זאת בפוליטיקה הסבוכה של ההר בשנות הארבעים, שלמען האמת איננה שונה בהרבה מזו של ימינו. הוא מסביר שאף שהמילטון שימש בתפקיד רשמי מטעם ממשלת המנדט, בפועל אפשרותו לתעד ולבדוק את מסתרי המתחם הייתה נתונה לחסדי הווקף. זו כנראה הסיבה שהמילטון לא פרסם כל ממצא שלא ערב לאוזני הרשויות האסלאמיות, כלומר כל מה שנוצר שם קודם לכיבוש הערבי של הארץ בשנת 638. בין היתר זה כולל כנראה גם את המחילה המדוברת.
דבירה מצטט חוקרים נוספים שהעידו על מנהרות נסתרות בדרום ההר, סמוך לכותל הדרומי. הוא מזכיר למשל את טענותיו של ארמטה פיירוטי, מהנדס העיר ירושלים באמצע המאה ה־19, בדבר קיומה של מנהרה שנמשכה מהכותל המערבי ועד לשער הכפול, אשר נחצבה הרחק מתחת לפני השטח. גם וורן ניסה לחדור לפתח המנהרה הזו שבמתחם השער הכפול ולחקור אותה כראוי, אולם התייאש בשל שפכי העפר שחסמו אותה.
יש גם מי שחי בינינו ומכיר מעברים נסתרים מעין אלו בדרום ההר. המזרחן פרופ' משה שרון מאוניברסיטת בר־אילן ביקר בשנות השמונים של המאה הקודמת כמה וכמה פעמים במנהרת השער הכפול. הערבית השוטפת שלו הביאה לכך שאיש לא חשד בו ולא תחקר אותו על נוכחותו במקום. לפי עדותו, באותן שנים, בטרם הרס העתיקות הנרחב שביצע הווקף באזור הזה, קישר מעבר ישיר בין השער הכפול לבין אורוות שלמה, מעבר שחלף מצדו הפנימי של הכותל הדרומי.
בראשית שנת 2001 התגנב כתב קול ישראל דאז, דני זקן, אל מנהרת השער הכפול בסיוע ידיד פלסטיני, וסיפר שבאולם השער קיים סורג ברצפה המוביל לפיר שאורכו 4־5 מטרים. בפיר, שלפי זכרונו חלקו נחצב ממש באותה עת וחלקו התבסס על חציבה ישנה, הותקן אז ארון חשמל, וממנו נמתח כבל של נורות אל תוך מנהרה מסתורית שירדה לכיוון מזרח.
חקר בור חקר
מעט צפונה מהכותל הדרומי, מתחת למעלה השער המשולש, מצוי חלל אדיר ממדים שזכה בידי וורן לכינוי "בור 11". מדובר בבור מים עצום שעומקו כמעט 19 מטרים ושנחצב כולו – מקרקעיתו ועד הקשתות שבראשו – בסלע הקירטון של הר הבית. הבור עשוי להכיל 3,200 מטרים מעוקבים של מים, מספיק כדי לעמוד במצור ממושך במיוחד.
ריטמאייר מניח שזהו בור המים של החקרא – המצודה ההלניסטית שנבנתה בידי אנטיוכוס אפיפנס בשנת 167 לפנה"ס, ושחצצה בין ירושלים של אותה עת, ששכנה במורדות עיר דוד, לבין הר הבית והמקדש. ריטמאייר התווה את הריבוע בן 500 על 500 האמה של הר הבית הקדום – זה המתואר במשנה – בתוך תחומי רחבת הר הבית של ימינו, וכך הגיע למסקנה שהחקרא שכנה על גבולו הדרומי, צמוד לשערי ההר הדרומיים באותה עת. מאוחר יותר, מסביר ריטמאייר, הרחיבו החשמונאים ואחריהם הורדוס את הר הבית עוד דרומה, עד לכותל הדרומי של היום.

בשנת 141 לפנה"ס הרס שמעון החשמונאי את החקרא עד היסוד, וכל שנותר ממנה מאז ועד ימינו הוא בור המים הזה, שאִפשר למתבצרים ההלניסטים להחזיק מעמד במצור בן שלוש השנים שהטיל יהודה המכבי, ובמצור בן העשור שהטיל אחיו יונתן. ממדיו העצומים של בור 11 עשויים להסביר כיצד ההלניסטים החזיקו מעמד במבצר לאורך שנים ארוכות.
לדעת ריטמאייר, משנה מפורשת במסכת עירובין (י, יד) מתייחסת באופן ישיר לבור הזה. "ממלאים מבור הגוּלה ומבור הגדול בגלגל בשבת, ומבאר הקר ביום טוב". שלושת בורות המים המוזכרים במשנה שכנו בתחומי הר הבית של ימינו. בור הגולה הוא הבור שממנו שאבו מים לעזרה באופן שוטף, ויש הנוטים לזהות אותו בבור מס' 5 שברובו מצוי מתחת לרחבת כיפת הסלע. את "הבור הגדול" נהוג לזהות בחלל הגדול ביותר מכל חמישים החללים התת־קרקעיים שבהר – הלא הוא בור מספר 8 על פי המספור של וורן, אשר ניצב מתחת לרחבה שלפני אל־אקצה. באר הקר, טוען ריטמאייר בדומה לחוקרים נוספים, אינה אלא בור חקר, כלומר בור החקרא, ואותו הוא מזהה בבור 11.

בשאר העולם, מלבד במקדש, נאסר לשאוב מים מהבור בגלגל בשבת, מתוך חשש שהקלות הרבה בדבר תביא אדם להשקות גם את גינתו ביום המנוחה. בהר הבית, לעומת זאת, הותר לשאוב בשל הצורך החיוני של הקהל הרב במים. בור חקר, לעומת זאת, הוא סיפור אחר. הוא הרי ניצב מחוץ לתחום השיפוט של הר הבית המקודש, גם אם בתוך תחומי ההר של ימינו, ולכן ההקלות ההלכתיות שנהגו במקדש לא חלו עליו. בלשון המשנה, הוא מצוי "במדינה" ולא "במקדש". כן, גם אז חשבו שהר הבית איננו מצוי בתוך תחומי המדינה. למרות האיסור השבּתי, בימים טובים ובחגים שבהם רבו מאוד עולי הרגל ונוצר צורך דחוף במים רבים, הותר לשאוב מים מבור חקר כדי להגביר את האספקה השוטפת לבאי המתחם.
הרבה מאוד מים זרמו מאז ועד היום לתוך בור הגולה, לבור הגדול ולבור חקר, כמו גם דרך המחילות היוצאות מהר הבית בתחתית הכותל הדרומי. כיום כל אלו אטומים, נעולים ונצורים על סורג, בריח ובטון, בסיוע חיישנים שנועדו לחסום כניסת יהודים למערך החללים המסועף הזה. פעם המחילות והבורות הללו מילאו תפקיד חיוני במסגרת החיים היהודיים השוטפים במקום הקדוש בעולם. היום הם בסך הכול עוד מטרד בטחוני.