ב־21.8.1969, ז' באלול תשכ"ט, הצית אוסטרלי מעורער בנפשו בשם מייקל רוהאן את אל־אקצה. בתוך זמן קצר מרגע היוודע השריפה הגיעו להר 16 רכבי כיבוי אש ממערב העיר. כבאיות נוספות הגיעו מרמאללה, מחברון ואפילו משכם. המון ערבי תקף את הכבאים הישראלים והיכה אותם, ואנשי הווקף וחברי המועצה הערבית העליונה שנכחו במקום סירבו למנוע מההמון לתקוף. רוהאן נתפס למחרת בקיבוץ משמר השרון, הועמד לדין בידי ישראל אולם התגלה כלא שפוי ואושפז במוסדות פסיכיאטריים עד מותו בשנת 1995. פסיכיאטרים קבעו שהוא סבל מתסמונת ירושלים.
העולם המוסלמי זעם, וממשלת ישראל המבועתת עשתה אז כל שיכלה כדי להראות לעולם שידיה לא היו במעל. ראש הממשלה גולדה מאיר ושר הביטחון משה דיין מיהרו עוד באותו היום לבקר באתר השריפה, מה שבדיעבד הפך לביקור הפומבי האחרון של ראש ממשלה ישראלי מכהן בהר הבית מאז ועד היום הזה. אפילו כשנרצחו בהר שני שוטרים לפני יותר משנתיים, לא הגיע ראש הממשלה למקום.

לגולדה יוחסה אז האמירה שזה היה היום העצוב והשמח בחייה. העצוב – לאור החרדה מהתגובה הערבית, והשמח ביותר – משראתה שלמרות הזעם האסלאמי על המעשה, אלו לא קמו בסופו של דבר להשמידנו.
הערבים, מכל מקום, לא שכחו את ההצתה ההיא. רק לפני שבועיים, בתאריך הלועזי שבו חל יובל למועד ההצתה, הודיע חמאס על קיום יום זעם נגד ישראל לזכר השריפה. למה, למען ה', אשמה ישראל בהבערת האש ההיא? הרי לו באמת רצתה בהחרבת המסגד יכלה ישראל להפציץ אותו שנתיים קודם לכן, עם שחרור הר הבית במלחמת ששת הימים. לא די שהיא לא נגעה אז לרעה במבנה מוסלמי כלשהו בהר, ראשיה אף הפצירו במוסלמים לשוב ולהתפלל ואף לשלוט בפועל במקום. שר הדתות מהמפד"ל, זרח ורהפטיג, נפגש עם ראשי הווקף והורה להגדיל את כוח השיטור האסלאמי, ובד בבד טרח שר הביטחון דיין למזער את דריסת הרגל היהודית במתחם כדי שזו לא תפריע חלילה למוסלמים בעיניים בבואם למסגד.
בעצם, ההצתה ההיא הייתה ההוכחה הטובה ביותר לשקר שבטענה המוסלמית "אל־אקצה בסכנה". בימי שלטון ישראל באתר הזה אל־אקצה בטוח כפי שמעולם לא היה. מרוב חרדה ישראלית מפני טענות כאלה והשלכותיהן הקטלניות לאורך השנים, ישראל מטפחת את האסלאמיות של אל־אקצה ושל הר הבית בכלל, וזו פורחת בעידן הישראלי לאין שיעור יותר משפרחה בתקופה הממלוכית או העותמאנית. כך, השלטונות הישראליים מגבים את דרישת הווקף מאז שנת 2000 שלא לאפשר כלל דריסת רגל יהודית (או נוצרית) במסגד אל־אקצה, כמו גם במסגד שבשערי חולדה ובאורוות שלמה.

וכרגיל, מי ששילם את עיקר המחיר על ההצתה היו היהודים ועמם כל מי שאיננו מוסלמי. שער המוגרבים (כיום: הלל) שדרכו נכנסים להר אלו שאינם מוסלמים, ננעל אז בלא כל ערעור למשך חודשיים, עד תום חגי תשרי תש"ל. זאת אף שרוהאן נכנס לשטח ההר בשעה שבע בבוקר, עוד קודם למועד פתיחת ההר למבקרים, ונוסף על כך, עשה זאת בסיועו של איש וקף, איברהים חילוואני, שעמו תיאם מראש את הגעתו. כך שרוהאן סבל מתסמונת ירושלים, אבל הרשויות הישראליות סבלו – אולי עדיין סובלות – מתסמונת סטוקהולם.
משהתמשכה סגירת ההר, שיגר הרב שלמה גורן זצ"ל בערב ראש השנה תש"ל מכתב לשר הביטחון דיין, והפציר בו לפתוח מחדש את השערים. דיין לא מיהר להיעתר לבקשה, ורק כעבור יותר מחודש נוסף, ב־20.10.1969 נפתח שער המוגרבים מחדש ביוזמת הממשלה.
"תסלח לי על שאני פונה אליך שלא בצינורות המקובלים", כתב אז הרב גורן לדיין, "מאחר שהעניין חורג מהנושאים המקובלים שאני דן בהם. בהיותי אמש במסיבת שבע ברכות לזוג הצעיר שלנו, הודיע לי שר הדתות כי מאז השריפה באל־אקצה נסגר שער המוגרבים בפני הקהל. סגירה זו באה כתוצאה של דרישת רשעי המוסלמים למסור להם את כל שערי הר הבית, וזאת כאשר כבר ידוע היטב שהאשמים העיקריים לשריפה הם שומרי הווקף מקבלי השוחד במקום".

"חוששני מאוד", הוסיף הרב, "שסגירת שער המוגרבים מהווה הסגרת הר הבית לווקף, ופירושה האמיתי הוא הסגרת קודשי הקודשים של האומה לצוררי ישראל. החלטה זו עלולה להיות בכייה לדורות. ככל שאנו נוותר למרצחים האלה הם יראו בזה רתיעה ופחד ויחציפו יותר ויותר את פניהם. והלא מקרא מפורש הוא בתורה: 'ואם לא תורישו את יושבי הארץ מפניכם והיה אשר תותירו מהם לשיכים בעיניכם ולצנינים בצדיכם, וצררו אתכם על הארץ אשר אתם יושבים בה' (במדבר לג, נה).
"אני מאמין באמונה שלמה שאנו חיים בדור הגאולה שבו הולך ומתגשם חזון הבית השלישי, ושחרור הר הבית מהווה שלב חשוב ומכריע בתהליך הגאולה השלישית. השליטה היהודית על הר הבית מהווה גם מבחינה היסטורית סמל לחירות העם בארצו, ושום הישג צבאי או מדיני לא יבוא במקום שליטתנו על הר הבית.
"על אף המגבלות ההלכתיות שהכניסה להר הבית מעוררת אצל יהודים דתיים אחרים, הרי על פי דין חייבים למסור את הנפש על מנת שהר הבית יישאר פתוח בידי ישראל. אני משוכנע שגם לא תעזור לנו סגירה זו, כי תאבונם יגבר מיד וילך ובמצב כזה יתחילו לדרוש הטלת מגבלות על הגישה לכותל המערבי, אם כי אין קדושה יתרה לרחבת הכותל המערבי על פני שאר בתי כנסיות בעולם. מה שאין כן הר הבית, עליו ניבא הנביא 'והביאותים אל הר קודשי ושמחתים בבית תפילתי… כי ביתי בית תפילה ייקרא לכל העמים' (ישעיהו נו, ז).
"הסגרת הר הבית לאחר שחרורו למוסלמים, או אפילו סגירת השער היהודי שבידינו להר הבית, מהווה נסיגה חמורה ביותר בתהליך הגאולים ובחזון המשיחי ההולך ומתגשם, והדורות הבאים לא יסלחו לנו על זאת. אני קורא לך איפוא להגשים את קריאת הנביא לאחרית הימים: 'פתחו שערים ויבוא גוי צדיק שומר אמונים' (ישעיהו כו)".