יצחק שמשילביץ, שעִברת את שמו לבן צבי, הגיע ליפו בחול המועד פסח תרס"ז (1907). מיד אחרי בואו החליט ללמוד ערבית כדי להתקרב לערביי הארץ, ובה בעת נוסד בדירתו "בר גיורא", הארגון הצבאי הארץ־ישראלי הראשון להגנה מפני הערבים, שממנו התפתחו אחר כך השומר, ההגנה וצה"ל. בדיוק שנה אחרי עלייתו, בערב פסח תרס"ח (1908), הוא נטל את תרמילו וצעד ברגל 16 שעות רצופות לירושלים. בן צבי השתקע בעיר ומאז לא עזבה. הוא חי ופעל בירושלים 55 שנים והיה אחד היחידים מבין אישי "העלייה השנייה העובדת" שעשו רבות למען בירת ישראל והיו נאמנים לה כל חייהם.
המטרה הגבוהה והגדולה ביותר העומדת לפנינו עם תקומת המדינה היא קיבוץ נידחי־ישראל וליכודם לאומה אחת… תמיד ראיתי את הרעיון הזה כרעיון המרכזי, עוד זמן רב לפני היות המדינה; ראיתיו כאחת ממטרות חי (יצחק בן צבי בעת טקס קבלת פרס ביאליק, תשי"ד).
יצחק בצלאל, מבכירי החוקרים ב"מכון בן צבי", שייסד במוסד את הרבעון "פעמים – לתולדות קהילות ישראל במזרח" וערך את 60 החוברות הראשונות שלו, מביא את המוטו המובא לעיל בפתח ספרו החשוב "פגישה עם המזרח – יצחק בן צבי ויהדות המזרח". בספר פרקים מרתקים על אישיותו הייחודית של בן צבי, על פעילויותיו ועל הגותו.
המחבר מצביע על כך שנשיא המדינה השני, שכיהן כנשיא מ־1952 עד 1963, היה אחד המנהיגים המיוחדים שהיו לנו, והחזיק בתכונות רבות שלעיתים נחשבות מנוגדות – הוא היה איש חזון ואיש מעשה; תלמיד־חכם ואיש רעים להתרועע; פוליטיקאי ואיש מוסר שלא נכנע ללחצים פוליטיים; מנהיג מורם מעם ואדם שכל כולו צניעות; חילוני ושומר מסורת; אחד מראשי מפא"י ובו זמנית אהוב על כל פלגי היישוב ומפלגותיו.

תלמוד בבלי לחתונה
בן צבי טרח במיוחד לבנות גשרים עם ספרדי ירושלים ועם בני עדות המזרח בעיר והתעניין בחייהם. הוא פעל בקרב צעירים ומבוגרים, התחבר לתלמידי ישיבות ולשוליות של בעלי מלאכה, ארגן למענם הרצאות ושיעורי ערב ועמל על שיפור תנאי עבודתם והעלאת שכרם. בתרס"ט (1909) היה מעורב בארגון שביתת פועלי הדפוס בירושלים, שהייתה אחת השביתות הראשונות והמשמעותיות בארץ. מאוחר יותר התחבר לאגודת הסתתים בעיר, שרבים מחבריה היו תימנים וכורדים – וסייע להם מאוד. כמו כן תמך במאבקי התימנים ב"בצלאל" ומשך עשרות שנים דאג לפועלים קשי־יום מכל העדות.
רחל ינאית (גולדה לישנסקי) עלתה לירושלים בעקבות בן צבי. מיד לאחר עלייתה פעלו השניים יחדיו להקמת הגימנסיה העברית בירושלים, שעתידה הייתה לשנות את פני המערכת החינוכית בעיר (דצמבר 1908). בן צבי ורחל ינאית נישאו בעיר הקודש ב־1919, כשבן צבי היה באחת מחופשותיו מהגדודים העבריים. מעניין לציין כי מתנת החתונה שקיבלו ממשה סמילנסקי – שהכיר היטב את תחומי התעניינותם – הייתה תלמוד בבלי. המתנה מעידה לא רק על סמילנסקי (דודו של ס. יזהר), אלא גם על יחסו של בן צבי לדת ולמסורת, שכלל התמדה בלימוד תורה, סיורים בארץ בעקבות התנ"ך והמקורות היהודיים ותפילה בכל שבת בבית הכנסת ליד צריף מגוריו ברחביה. בית הכנסת, המצוי היום ברחוב אוסישקין בירושלים, קרוי מאז "בית כנסת הנשיא".
בימי העלייה הגדולה (1951־1948) היה בן צבי מהלוחמים הבולטים נגד כל אלו שפגעו בחינוך הדתי־מסורתי של יהודי המזרח. קולו הכריע ב"ועדת פרומקין", שהייתה ועדת החקירה הממלכתית הראשונה שיצאה נגד "החינוך האחיד" במחנות העולים, גרמה לכך ששר החינוך והתרבות הראשון זלמן שז"ר התפוטר בשנת 1950 והשפיעה על ביטול מדיניות כור ההיתוך ("פגישה עם המזרח", עמ' 189; וראו על כך בספרי "ימי כור ההיתוך, ועדת חקירה על חינוך ילדי העולים (1950)").

"האמת שנולד בפקיעין"
אי אפשר להזכיר כאן את מכלול מגעיו של בן צבי עם יהודי המזרח ואת שפע מחקריו על עדות המזרח השונות, המדווחים בהרחבה בספרו של יצחק בצלאל. אביא רק שתי דוגמאות, משני נושאים המובאים בספר: יהודי פקיעין ויהודי אתיופיה.
היישוב היהודי של פקיעין היה עבור בן צבי הוכחה לרציפות היישוב היהודי בארץ גם אחרי חורבן הבית השני, ולקשר הגורדי של עם ישראל לארץ ישראל. לדבריו מוצא יהודי פקיעין מהיישוב היהודי הקדמון שהיה כאן בימי הבית השני והם חלק מה"מוסתערבים" שהיו בארץ לפני בוא הצלבנים. בן צבי בחן בדקדקנות כל פיסת ידע שמצא על פקיעין. אחת הידיעות שבצלאל מביא בשמו היא כי הכפר מנה בשנת 1765 250 יהודים ועוד נוספו אליהם עולים מפרס ומכורדיסטן. בן צבי לא הסתפק במחקר של פקיעין ההיסטורית והשתדל לדאוג גם ליושביה היהודים במאה העשרים. ב־1920 הוא הביא לכפר משלחת מטעם הוועד הלאומי, שהה שם יומיים, הקשיב לתביעות יהודי המקום ואחר כך סייע להם מאוד. ב־1925 הקים את "הוועד למען פקיעין" ומאז עמד בראשו.
בעקבות מאורעות תרפ"ט (1929) ומאורעות תרצ"ו־תרצ"ט (1939־1936), דאג בן צבי לכך שהמוסדות הציוניים יתמכו במשפחות היהודיות שהותקפו על ידי פורעים ערבים, גייס למענן כספים ולחץ שיעסיקו את בני המשפחות שנפגעו. בימי מלחמת העולם השנייה נותרה בפקיעין רק משפחה יהודית אחת – משפחת זינאתי – ובן צבי דאג שילדיה, שאול ומרגלית, ילמדו בירושלים. היהודים אולצו לעזוב את פקיעין במלחמת העצמאות, לאחר "סיור" של קאוקג'י במקום. רוב היהודים שיצאו מהכפר שהו בחדרה ובמגדל, מתוך תקווה לחזור לבתיהם. אולם אחרי המלחמה חזרה למקום רק משפחת זינאתי.
בצלאל מספר שמכיוון שנושא היישוב היהודי בפקיעין העסיק אותו, הוא נפגש כמה פעמים עם יוסף ח'ר, נכדו של מוח'תאר הכפר. לדבריו, זה אמר לו מתוך אמונה שלמה: "אתה יודע, בן צבי נולד בפקיעין, אחר כך קראו לו שמשילביץ, אבל האמת היא שנולד בפקיעין". מחבר הספר היה צריך לשכנעו כי זו אינה האמת.
הרב עובדיה תמך
בן צבי היה אחד הראשונים בארץ שהתעניינו בגורל יהודי אתיופיה. מייד אחרי שהשתחררה חבש מעול הכיבוש האיטלקי, הוא כתב לקיסר אתיופיה היילה סלסי שבארץ חרדים לעתיד יהודי ארצו והביע תקווה כי הם ייהנו מהחופש ומהחירות שניתנו להם בעבר. ב־1941 כתב בן צבי איגרת ליהודי אתיופיה ובה הדגיש שהוא מקווה כי מכאן ואילך יתחזק הקשר בינם ובין היישוב העברי בארץ, "קשר בל יימוט, ושגם אתם תושיטו ידכם לבניין עמנו בארץ אבותיו". שנה לאחר מכן, פנה הרב יצחק הלוי הרצוג, הרב האשכנזי הראשי, לבן צבי ושאלו על מוצא יהודי אתיופיה ועל יחסם לתורה. בן צבי השיבו כי יש דעות שונות בדבר מוצאם, אך כבר במאה ה־16 פסקו גדולי הרבנים כי הם "מעולם לא כפרו בירושלים ובנביאים ומוצאם הישראלי הוכח… על אחת כמה וכמה שיש לקבל אותם… [שהרי] אינם כופרים בתורה שבעל פה מדעת אלא שמתוך ריבוי הגלות וריחוקם משאר תפוצות ישראל… נשתכחה מהם התורה שבעל פה".
בראשית שנות החמישים, בן צבי דאג לכך שתריסר צעירים יהודים מאתיופיה יבואו ללמוד במדינת ישראל. במקביל, קבל בהנהלת הסוכנות על שמזניחים את הפעילות החינוכית היהודית באתיופיה והזהיר כי היהודים שם עלולים להילכד על ידי המיסיון הנוצרי. כתוצאה מכך נשלח מטעם הסוכנות שליח כדי לייסד בית ספר, ככל הנראה בשנת 1954. כל ימי חייו של בן צבי, הרבנות הראשית והממסד הפוליטי לא הכירו ביהדותם של יהודי אתיופיה. ההכרה התקבלה מאוחר יותר על ידי הראשון לציון הרב עובדיה יוסף, שהכיר היטב את דברי בן צבי על יהודי אתיופיה. הרב עובדיה אמר לי אישית מפורשות באחת משיחותינו כי מחקריו של בן צבי סייעו בידו.
יצחק בצלאל – שבספרו ניכרים הערכה וגעגועים לבן צבי האיש, החוקר והמנהיג – חותם את הספר בדברי ההספד של בן גוריון על קברו של נשיא המדינה השני: "לא הכרתי איש רב פעלים וגדול רוח, ויחד עם זאת צנוע, עניו, פשוט בכל הליכותיו… כמוהו. הוא גילם בתוכו אהבת ישראל ואחדות ישראל, כפי שלא הצליח לעשות איש בימיו. העם כולו הרגיש בדבר. איני יודע עוד איש אחד בדורנו שזכה לאהבת כל העם על עדותיו ושבטיו, לאהבה תמה ושלמה כזו, שזכה לה בן צבי".
פגישה עם המזרח, יצחק בן־צבי ויהודי המזרח, יצחק בצלאל, כרמל, 2017, 346 עמ'
ד"ר צבי צמרת ניהל את יד יצחק בן צבי בין השנים 1983-2010