בשנת תשפ"ב ימלאו אלף ומאה שנים לפרוץ המחלוקת המפורסמת, שאיימה לפלג את העם היהודי. הצדדים היריבים היו גאוני בבל ובהם רב סעדיה גאון, מול חכמי ארץ ישראל ובראשם ראש הישיבה הארץ־ישראלי, ר' אהרן בן מאיר.
בקיץ של שנת ד' אלפים תרפ"א (921) גילה ר' אהרן בן מאיר את דעתו שהחודשים מרחשוון וכסלו של השנה הבאה, ד'תרפ"ב, יהיו חסרים, כלומר בני 29 ימים כל אחד. בהתאם, חג הפסח יחול ביום ראשון בשבוע, ויום ראש השנה של השנה העוקבת יהיה שלישי בשבוע. קביעה זו הייתה בניגוד לחישוביהם של חכמי בבל, שלדעתם החודשים הללו מלאים (בני שלושים יום כל אחד), ולכן חג הפסח יחול ביום שלישי בשבוע וראש השנה שלאחריו בחמישי בשבוע.
בתקופה זו, המנהג היה שחכמי ארץ ישראל קובעים את יום ראש השנה ואת משכם של החודשים מרחשוון וכסלו, ומכאן ואילך כל החגים והמועדים נקבעים מאליהם. בראשיתה של כל שנה הכריזו בארץ ישראל על קביעת השנה הקרובה והודיעו על כך לקהילות בגולה, ובהתאם לכך היו חוגגים את מועדי השנה בכל תפוצות ישראל, ללא עוררין. גם באותה שנה ביקש הגאון הארצישראלי ר' אהרון בן מאיר להישען על סמכותם המסורתית של חכמי ארץ ישראל לקבוע את לוח השנה, ובהושענא רבה של שנת ד'תרפ"ב שלח את בנו להכריז ממרומי הר הזיתים על תאריכי השנה הנכנסת.
אלא שהפעם חכמי בבל לא קיבלו את קביעותיו. המשמעויות הציבוריות של מחלוקת מעין זו מרחיקות לכת, וכרוכות באכילת חמץ בפסח, חילול יום הכיפורים והיפרדות עם ישראל לשתי כיתות. לפיכך נזעקו חכמי בבל וניסו להניא את החכם הארצישראלי מהכרזה שגויה לדעתם על מערכת החגים.
כך כתב רב סעדיה גאון מדם ליבו:
כי לא נהיתה ולא נראתה כזאת להכריז מועדים שלא כהלכה… וחוסו על עם ישראל ועל נחלת ה' לבל יאכלו חמץ בפסח ובל יאכלון וישתון ויעשון מלאכה ביום הכיפורים.
"לא שב מדרכו המחשיך"
רשמי המחלוקת כמעט לא זכו לפרסום, ובספרות תקופת הראשונים לא מצאנו ולו אזכור אחד לקיומה של מחלוקת על לוח השנה. הראשונים שהזכירו את המחלוקת היו הכומר הסורי אליה מנציבין (שספרו "כרונוגרפיה" משמש מקור היסטורי חשוב), והקראי סהל בן מצליח. וכך כתב הסורי אליה (בתרגום מארמית סורית):
שנת א(לף) ורלג של היונים: בה נפלה מחלוקת בין היהודים שבמערב [ארץ ישראל] ליהודים שבמזרח [בבל] בחשבון חגיהם. והיהודים שבמערב עשו את ראש השנה ביום שלישי בשבוע, ואלה שבמזרח ביום חמישי בשבוע.
הקראי סהל בן מצליח הוסיף וכתב:
בימי הפיתומי (כינוי לרב סעדיה גאון; ע"ר) אשר פיתה אנשים ונחלקו במועדים ויעשו אנשי ארץ ישראל יום אחד והבבלים וההולכים אחריהם עשאוהו יום אחר… וקללו אלו לאלו ונידו אלו לאלו… יש אנשים משוכני א"י שהלכו אחרי הבבליים, וגם השוכנים בארץ שנער הלכו אחרי אנשי א"י.
הפרטים על המחלוקת החלו להתפרסם רק באמצע המאה ה־19 – בשנת 1860 התפרסמו דברי סהל בן מצליח, ובשנת 1884 התפרסמו דברי אליה מנציבין. אך רק לקראת סוף המאה, בעקבות גילוי הגניזה הקהירית, נמצאו מסמכים רבים וחלופי מכתבים בין בעלי המחלוקת, ששפכו אור על הפרשה כולה.
המכתבים מכילים גם ביטוי לאיבה אישית במיוחד מצד ר' אהרן בן מאיר כלפי רס"ג. הוא כותב דברי בלע על אביו של רס"ג וטוען כי "בעדים ברורים וכשרים העידו שהיה אביו מכה בפטיש בארץ מצרים לעבודה זרה ואכל מרק פיגולים". ואילו רס"ג מכנה אותו במקום שמו "מאיר", ממאיר ומחשיך: "לא שב מדרכו המחשיך… פן ישמעו שמע הממאיר".
חוקר הלוח הנודע חיים יחיאל בורנשטיין עסק בנדון, ובשנת 1904 פרסם את ספרו הייחודי "מחלוקת רס"ג ובן מאיר", שבו אסף וסידר את המכתבים וביאר את חלוקת החשבון שבין שתי השיטות. מתוכן המכתבים אנו למדים שטענתו המרכזית של בן מאיר הייתה שהסמכות ההלכתית בקביעת המועדים נתונה במסורת מדורי דורות לחכמי ארץ ישראל, ולפיכך דעתו היא המכרעת והחשובה.
לגופם של דברים, המחלוקת הייתה נעוצה בחישובים סבוכים של הלוח העברי. על קצה המזלג נאמר שכדי לקבוע מהו יום ראש השנה יש לחשב את מולדו הממוצע של חודש תשרי המדובר, ובעזרת ארבע כללים הנקראים "כללי הדחיות" (המוכר שבהם הוא לא אד"ו ראש – דהיינו שיום ראש השנה לא יחול בימים ראשון, רביעי ושישי) קובעים את יום ראש השנה. יש לחזור על הפעולה כדי לחשב את יום ראש השנה הבאה, ובעזרת סך הימים שבין שני ראשי השנים קובעים את משכם של החודשים מרחשון וכסלו. בתקופת הגאונים פותחה שיטה מהירה לחישוב, בהתבסס על טבלה הנקראת "ארבעה שערים".
ר' אהרן בן מאיר טען לקיומה של מסורת ארצישראלית בנוגע לחישוב יום ראש השנה על פי המולד, כאשר המולד מתרחש 642 חלקים (כ־36 דקות) לאחר חצות היום. מסורת זו מכונה "אמר"ת ליומו במר"ת למחר", כאשר "אמרת" בגימטריה 641 חלקים, "במרת" 642 חלקים, ואז ראש השנה נדחה למחר. חכמי בבל לא גרסו את המסורת הזו, ודבקו במסורת "ארבעה שערים" שלפיה מחשבים את יום ראש השנה. חוקרי הלוח העלו השערות שונות בדבר הסיבה שחכמי ארץ ישראל הזיזו את גבולות ארבעת השערים, אך צר המקום מלפרטם כאן.
חכמי בבל אף חיברו חיבור מיוחד שכונה "ספר זיכרון" (או זיכרון המחלוקת). בספר זה המשפטים מחולקים כמו בתורה, לפסוקים עם טעמים וניקוד, והוא נועד לקריאה בציבור כל שנה בחודש אלול. בספרו המוקדש לנושא, The Jewish Calendar Controversy of 921/2 CE, שחזר פרופ' סשה שטרן מתוך מסמכי הגניזה את חלקי הספר ששרדו.
השנים שהמחלוקת ההיא משפיעה עליהן מעטות (2.4%), ולכן קשה לדעת מה הייתה הסיבה לדעיכת המחלוקת ומדוע נדחו חכמי ארץ ישראל מפני חכמי בבל. שטרן משער שהמחלוקת שרדה עד המאה ה־11, אך מכיוון שלאחר המחזור שבו הייתה המחלוקת, ההיתכנות למחלוקת הייתה רק 180 שנה מאוחר יותר, בשנת 1108, קשה לקבוע מתי שככה המחלוקת. בכל מקרה, במופע של 1108 אין עדויות על שימור הנוהג הארצישראלי. כלומר, בשורה התחתונה חכמי בבל ניצחו.
במחזור שלנו, שנפתח בשנת תשע"ז, ישנן חמש שנים שבהן "נחלקו רס"ג ובן מאיר". מכל מקום, מימי רס"ג ועד ימינו אנו הלוח עומד על מכונו, ללא מחלוקות ועוררין.