המסגרת הקונספטואלית של יחסי ה' וישראל שונה בספר ויקרא מספר שמות. בספר שמות יחסי ה' וישראל משתקפים בברית שנכרתה בסיני, הנוספת על הברית עם האבות ומתבססת עליה, ואילו בספר ויקרא המונח "ברית" מופיע (בהקשר זה) בפרשת בחקותי בלבד. הא־ל הוא טרנסצנדנטי. הדרישה מישראל היא חד סטרית: "קדושים תהיו כי קדוש אני…". אין פסוקים המתארים את יחסו של ה' לישראל – בחירתו בהם, אהבתו, דאגתו, רגישותו לסבלם, הבטחתו לאבותיהם.
אם בספר שמות ה' מכנה את ישראל "בני" ו"עמי", בספר ויקרא הוא לא אב אלא מלך. אזכור הוצאת בני ישראל ממצרים מהווה בספר שמות בסיס הן לבחירת ה' בישראל והצלתם מסבלם והן לקבלת עולו, ואילו בספר ויקרא הוא רק בסיס לתביעת הציות לה', ולהצדקת איסור העבדות. הביטויים "אני ה' א־לוהיכם" ו"להיות לכם לא־לוהים" מצדיקים בספר ויקרא את החובה להישמע לו, ואילו בספר שמות הם מסבירים גם את זיקת ה' לישראל.

בספר שמות המשכן הוא תנאי להשראת השכינה בתוך ישראל:
"וְעָשׂוּ לִי מִקְדָּשׁ וְשָׁכַנְתִּי בְּתוֹכָם" (כה, ח).
בהוראות לחנוכת המשכן בספר שמות כתוב:
"וְשָׁכַנְתִּי בְּתוֹךְ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וְהָיִיתִי לָהֶם לֵא־לֹהִים. וְיָדְעוּ כִּי אֲנִי ה' אֱ־לֹהֵיהֶם אֲשֶׁר הוֹצֵאתִי אֹתָם מֵאֶרֶץ מִצְרַיִם לְשָׁכְנִי בְתוֹכָם אֲנִי ה' אֱ־לֹהֵיהֶם" (כט, מה). ואילו בביצוע, בספר ויקרא, נאמר רק שכבוד ה' נראה על העם, באופן חד־פעמי (ט, ה־ו; כג).
ביסודו, המשכן נועד לכפר.
חתימה בלשון אחרת
לכאורה, פרשת בחקותי ממשיכה קו זה. הברכה קצרה, ואילו התוכחה ארוכה, כעוסה, קשה, כואבת. אבל מעבר לעובדה שלשונה של הברכה פיוטית ותכניה מעצימים, בולטת העובדה שהיא חוזרת לטרמינולוגיה של ספר שמות. לראשונה בספר מוזכרת בה הברית. ייתכן שהכוונה לברית החדשה שמנבא ירמיהו (לא, ל־לג) שלא תופר על ידי בני ישראל, בהנחה שההבטחה מכוונת לאחרית הימים (רש"י). אך יצירת ברית חדשה מכונה "כריתת ברית", ואילו "הקמה", כאמור בפרשה, היא קיומה של ברית קודמת.
הפרשנים חלוקים באיזו ברית מדובר: האם במגוון הבריתות עם אברהם וכלל האבות, או בברית עם ישראל בסיני. אך ר' חיים בן עטר סבור שזאת הברית שכרת ה' עם העולם לאחר המבול. לשיטתו, הברכה היא חזרה למצב של הרמוניה בין האדם והעם לעולם, כרקע לקשר המיוחד עם ישראל, שכל מאפייניו בספר שמות כלולים בהמשך: "(1) וּפָנִיתִי אֲלֵיכֶם (2) וְהִפְרֵיתִי אֶתְכֶם וְהִרְבֵּיתִי אֶתְכֶם (3) וַהֲקִימֹתִי אֶת בְּרִיתִי אִתְּכֶם. (4) וְנָתַתִּי מִשְׁכָּנִי בְּתוֹכֲכֶם (5) וְלֹא תִגְעַל נַפְשִׁי אֶתְכֶם. (5) וְהִתְהַלַּכְתִּי בְּתוֹכֲכֶם (6) וְהָיִיתִי לָכֶם לֵא־לֹהִים (7) וְאַתֶּם תִּהְיוּ לִי לְעָם" (כו, ט־יב). ובשונה משאר הספר, ה' מוציא את ישראל ממצרים לא כדי שיהיו עבדיו, אלא כדי שיחדלו להיות עבדים. הוא משחררם ומוליכם בקומה זקופה: "אֲנִי ה' אֱ־לֹהֵיכֶם אֲשֶׁר הוֹצֵאתִי אֶתְכֶם מֵאֶרֶץ מִצְרַיִם מִהְיֹת לָהֶם עֲבָדִים וָאֶשְׁבֹּר מֹטֹת עֻלְּכֶם וָאוֹלֵךְ אֶתְכֶם קוֹמֲמִיּוּת" (יג).
בהמשך מתברר שהתוכחה היא "תוכחת מגולה ואהבה מסותרה": שבע פעמים מוזכרת בה המילה ברית: האחת מציינת שהעם הפר את הברית (כו, טו); השנייה, שה' ינקום בהם בחרב נוקמת נקם ברית (כו, כה); ואילו חמש פעמים היא נזכרת בגאולה. לאחר תיאור שלבי החטא והענישה שכנגדו, ואחרי הגדרת טווח הענישה – עד תרצה הארץ את שבתותיה, חרטתו של העם ווידויו על חטאיו – מכריז ה' בחגיגיות שמעולם לא מאס בעם. הוא לא יכלם ולא יפר בריתו אתם. למרות חטאיהם, נותרה אהבתו איתנה כשהייתה, כאהבת הורה לילדו שסרח. כעת הוא יזכור את בריתו – וזכירה במקרא מביאה לעשייה – ויגאלם. הוא זוכר להם ברית ראשונים (הברית עם השבטים בשמות), ויותר מכך – מבסס שוב את הברית עם ישראל על הברית הקודמת עם האבות (כו, מב־מה):
וְזָכַרְתִּי אֶת בְּרִיתִי יַעֲקוֹב וְאַף אֶת בְּרִיתִי יִצְחָק וְאַף אֶת בְּרִיתִי אַבְרָהָם אֶזְכֹּר וְהָאָרֶץ אֶזְכֹּר… וְאַף גַּם זֹאת בִּהְיוֹתָם בְּאֶרֶץ אֹיְבֵיהֶם לֹא מְאַסְתִּים וְלֹא גְעַלְתִּים לְכַלֹּתָם לְהָפֵר בְּרִיתִי אִתָּם כִּי אֲנִי ה' אֱ־לֹהֵיהֶם… וְזָכַרְתִּי לָהֶם בְּרִית רִאשֹׁנִים אֲשֶׁר הוֹצֵאתִי אֹתָם מֵאֶרֶץ מִצְרַיִם לְעֵינֵי הַגּוֹיִם לִהְיוֹת לָהֶם לֵא־לֹהִים אֲנִי ה'.
והנה חזרנו ללשון ספר שמות.
הכללים עדיין עומדים
בפשטות, ההסבר לכך טמון בזמן קבלתה של פרשת בהר־בחקותי. בעוד שהספר בכללותו נאמר למשה באהל מועד, פרשה זאת נאמרה לו בהר סיני, ולכן מתאימה לה הטרמינולוגיה של שמות. אך ההסבר עמוק בהרבה: אזכור הברית מהדהד את שמות ו, ב־ח: הביטוי "והקימותי את בריתי" שבפרשתנו, השימוש ב"זיכרון", ברית אבות, בחירת עם ישראל, ההצהרה "ולקחתי אתכם לי לעם, והייתי לכם לא־לוהים", ואפילו ההבטחה: "והארץ אזכור" – הכול נמצא שם. היפוך סדר האבות במבנה כיאסטי מקשר את שני המקורות: בשמות – אברהם, יצחק ויעקב; בפרשת בחקותי, כהבטה לאחור – יעקב, יצחק, אברהם. פרשתנו היא אפוא ההכרזה שהכללים שנוסחו בהתגלות ה' למשה בפרשת וארא עומדים לעולם, בדרכיה המפותלות של ההיסטוריה, מעבר לחטא ועונשו.
לכן, אולי, נכתבה פרשה זאת שלא במקומה. המעטפת של ספר ויקרא היא המערכת הקונספטואלית של ספר שמות: אהבת ה', בחירת העם, הקשר ההיסטורי, וכמובן – הברית הנצחית בין ה' וישראל. התביעה המחמירה של ויקרא לעבודת ה' והייעוד להיות "עם קדוש" כיחידים וכסדר חברתי ניתנת להיקרא כקומה שנייה על גבי מערכת זאת. כך מתבאר ספר ויקרא כדרישה קפדנית ואוהבת למצוינות, מבָּנים שחייבים בכך ומסוגלים לכך.