הרב יונתן זקס כתב כי "היהדות היא דת של הקשבה. זוהי אחת התרומות המקוריות ביותר שלה לתרבות האנושית". כמו הרב הנזיר, דוד כהן, גם הרב זקס מבחין בין מחשבת יוון, אשר שמה את הדגש על הראייה והחזותיות, ובין עם ישראל, המודע לכך ש"ה' מתַקשר בקולות, לא במראות. הוא מדבר. הוא מצַווה. הוא קורא. משום כך המעשה הדתי העילאי הוא השמיעה" ("שיג ושיח" לפרשת עקב).
שינה מתוך מודעות
רבים עמדו על כך שכבר ייחוסו של יונה כ"בן אמיתי", מרמז על דבקותו העיקשת – ואולי אף מוטעית ומופרזת – במידת הדין, על פני מידת החסד והחמלה. "יונה הוא בן אמיתי, בן למשפחה שתמציתה אמת, מי שחונך על האמת הפנימית שלו", כתבה יפה פנינה גלפז־פלר בחיבורה הפרשני לספר יונה ("יונה: מסע אל החופש", כרמל 2009).
גם הרב קליין צועד בכיוון המתבקש הזה וכותב כי "השם 'אמיתי' אוצר בתוכו את מידת האמת שבה דבק יונה בסיפור זה", אך דקות אבחנתו ותשומת ליבו, תוך דגש עדין על מינוף המשמעות של ההיגד לעולמו הפנימי של יונה, מביאים אותו לצעוד צעד נוסף: "לצד זאת, שם זה איננו שמו שלו אלא של אביו, ובמובן זה הוא מהווה נקודת מוצא בה נתון יונה בתחילת הדרך. ממנה יוזמן על ידי ה' אל עמדה רוחנית אחרת, חדשה". צעד קטן לפרשן, וצעד משמעותי עבור הקורא המעוניין להבין טוב יותר את עולמן הפנימי של הדמויות בסיפור, וכיצד הדבר משתקף במרקם המילים של המקרא.
דוגמה נוספת להקשבה דקה לעולה מן הכתוב, מצויה בעת הירדמותו של יונה בבטן האונייה, כשהכול סביבה סוער ומיטלטל: "וַיִּירְאוּ הַמַּלָּחִים וַיִּזְעֲקוּ אִישׁ אֶל אֱלֹהָיו וַיָּטִלוּ אֶת הַכֵּלִים אֲשֶׁר בָּאֳנִיָּה אֶל הַיָּם לְהָקֵל מֵעֲלֵיהֶם, וְיוֹנָה יָרַד אֶל יַרְכְּתֵי הַסְּפִינָה וַיִּשְׁכַּב וַיֵּרָדַם". כזכור, יונה בורח מלפני ה', והסערה הגדולה בלב ים היא חלק מהדיאלוג האלוהי עם הנביא הבורח. תגובתו של יונה מפתיעה לומדי מקרא רבים. האם הירדמותו היא מהלך מתוכנן של הנביא? מה היא מלמדת את הקורא על דמותו?
הרב קליין מפרש כי "ה' מטיל רוח גדולה על הים כהזמנה לדיאלוג איתו, אבל יונה נאמן לתוכניותיו. תגובתו – 'ויונה ירד'. ציון שמו – מתוך הקדמתו לפעולה המיוחסת לו – כמוה כביטוי לנוכחות שלו כמוביל. לא רגליו מובילות אותו אלא הוא, הלוקח אחריות על חייו להובילם אל מקום אחר. ה' עומד בדרכו, אבל יונה נחוש, ומעמדת מודעות מלאה הוא יורד אל ירכתי הספינה ונרדם".
לדעת הרב קליין, דבר זה מלמד אותנו כי "התמונה הנרקמת מבין כל אלו היא של נביא המכוון ומחושב היטב. בהתאם נראה שיכולתו להירדם בספינה המיטלטלת בים, קשורה לכישוריו כנביא המסוגל לנתק את עצמו מן הסובב אותו, לבוא אל המרחב הפנימי שבנפשו, ולהיות נוכח בו". קריאה זו מאירה את דמותו של יונה בן אמיתי באור שונה: דמותו משתקפת בעינינו כשל מי שמסוגל להתנתק לחלוטין מכל מה שמסביבו, ולעמוד בכך גם מול מציאות קשה של מוות קרוב.
אהבת החיים
המחבר נוקט עמדה בהכרעה פרשנית נוספת בעלת משמעות: האם בלימוד ספר יונה יש להתייחס למקום הנוסף במקרא שבו מוזכרת דמותו של יונה בן אמיתי? שמו של יונה מופיע פעם נוספת בתנ"ך, בספר מלכים־ב (יד, כה), כאשר הכתובים עוסקים במלכותו של ירבעם בן יואש מלך ישראל: "הוּא הֵשִׁיב אֶת גְּבוּל יִשְׂרָאֵל מִלְּבוֹא חֲמָת עַד יָם הָעֲרָבָה, כִּדְבַר ה' אֱ־לֹהֵי יִשְׂרָאֵל אֲשֶׁר דִּבֶּר בְּיַד עַבְדּוֹ יוֹנָה בֶן אֲמִתַּי הַנָּבִיא אֲשֶׁר מִגַּת הַחֵפֶר".
בניגוד לעולה מספר יונה, בפסוקים אלו מספר מלכים נדמה כי יונה בן אמיתי הוא איש חסד המסוגל ללמד זכות על עם ישראל, אף שזה אינו ראוי לכך מצד שורת הדין, שהרי ירבעם בן יואש עשה "הרע בעיני ה'". בעוד שהמגמה הרווחת בקרב פרשנים בני זמננו היא לא להתייחס למקור במלכים בעת לימוד ספר יונה, המעוצב מבחינה ספרותית כעומד בפני עצמו, הרב קליין רואה בו מקור נוסף השופך אור על דמותו של יונה. לשם כך הוא נעזר גם בדברי חז"ל, וטווה קשר בין המאבק של יונה, שנבע מהחינוך שספג בבית גידולו – בית המדרש של אליהו ואלישע, תובעי מידת הדין והעמידה בערכי הצדק והמוסר – ובין השיעור החי שה' מנסה להעביר אותו: להכיר בחיים עצמם כקודמים לערכים.

וכך כותב הרב קליין: "על פי המסופר בספר מלכים, יונה נטש את מידת הדין, ניבא על נפילת ארם, על השבת הגבול לישראל ועל מידת הרחמים של ה' עליהם. במילים אחרות – חרג מעקרונות היסוד של בית מדרשו. יונה כבר אינו נתון בעולם האידיאולוגי הצרוף של אליהו, ואפילו לא של אלישע, ובשונה משניהם הוא נענה לנבואה המקפלת בתוכה רחמים על העם השרוי במדרגה ירודה". זהו המפתח לשליחותו של יונה ולחיבוטי נפשו המיטלטלת בין מה שלמד מרבותיו, אליהו ואלישע, ובין מבט של חמלה על עמו ישראל ועל עמים אחרים אשר צפויים לעלות על במת ההיסטוריה ולהגלות בעתיד את עם ישראל. בין כל אלה נתון יונה, עיתים בורח מדבר ה', עיתים ניצב אל מולו בעוז וממלא את שליחותו.
לצד היותו של יונה תלמידם של אליהו ואלישע (לדעת חז"ל כמובן, עמדה שהרב קליין מאמץ), לדעת המחבר אפשר לזהות כבר מתחילת הסיפור את נקודות השוני שבין אליהו ליונה. הדבר משתקף במקום שאליו ביקשו לברוח: "תרשיש היא עיר רחוקה והיא גם מקום של עושר. הבריחה אליה תתפרש כהליכה למקום אשר לא שמע את שמעו של ה', כמו גם אל מקום שהחיים בו הם חיי רווחה. סוג של ניגוד למקום שבו נוכח יונה – לפני ה'". זאת בשונה מאליהו, "שבעת משבר בינו לבין ה', הולך אל המדבר ומתנתק משאון החיים". ביונה חבויה אהבת החיים, אהבה הקודמת למימושם של ערכים מסוימים. אלא שכדי לגלות זאת הוא זקוק לעבור מסע מטלטל בים, התמודדות תיאולוגית עם מלחים נוכרים, ועמידה נוכח פני ה'.
בתובנה המזכירה מסרים של הוגי דעות שונים כמרטין בובר או הרב אברהם יהושע צוקרמן, הרב קליין מדגיש כי "הקשר אל אלוהים הוא קשר במגרש החיים, וכמו קשר עם אדם שהוא בשר ודם, השיח עם אלוהים הוא אנושי, ולא בהכרח מוסרי". בהקשר זה, יפה הקדים הרב אליעזר מלמד בדבריו לספר כי קליין "הטה אוזנו לשמוע בהיגיון שמעי את 'קול הנבואה'". הנבואה מתארת לנו מערכת יחסים חיה, כאשר ה' מבקש לנהל דיאלוג חי עם האדם, כלשון הפסוקים הידועים מספר מלכים (יט): "לֹא בָרוּחַ ה', וְאַחַר הָרוּחַ רַעַשׁ לֹא בָרַעַשׁ ה', וְאַחַר הָרַעַשׁ אֵשׁ לֹא בָאֵשׁ ה', וְאַחַר הָאֵשׁ קוֹל דְּמָמָה דַקָּה".
חופש פרשני
"נביא בלבב ימים" אינו כתוב כספר אקדמי. זהו מקור כוחו, וגם מקור חולשתו. בכתיבתו של הרב קליין לא נמצא דיונים על אודות הרקע ההיסטורי שהיה או לא היה מאחורי ספר יונה, ולא דיוקים לשוניים המתבצעים מתוך הנחות יסוד אינטרטקסטואליות או השוואות למיתוסים מרחבי המזרח הקדום. קביעותיו, הנדמות לעיתים כשרירותיות, עלולות לאבד חלק מן הקוראים הביקורתיים.
מן העבר השני, הניתוח האקדמי מותיר לפעמים את הקורא נבוך אל מול ריבוי העצים ועודף ההערות המקשים על ראיית היער. המחקר עלול להסתיר את לוז המסרים שהסיפור מבקש להגיש לקוראיו. ייתכן כי יש למצוא את הדרך המפשרת בין היצירתיות האסוציאטיבית והחופש הפרשני שבהן אוחז הרב קליין בגישתו אל המקרא, ובין קריאה צמודה העוסקת בשאלות היסוד המחקריות שבבסיס הטקסט.
ספר יונה, הנקרא בציבור בתפילת מנחה של יום הכיפורים, מזמין את הקורא לנסות ולפענח את המציאות שבה הוא שרוי, על ממדיה הגלויים והנסתרים. "ביום זה", כותב הרב קליין על יום הכיפורים, "פוגש העם במשמעות העמוקה של התשובה, כאהבה שאינה תלויה בדבר, החובקת את כלל החיים, את העולמים כולם – כולל הרחוקים ביותר – הנוטלים חלק בסיפור הגדול של החיים".