במארס 89' הוגש דו"ח התחקיר של צה"ל על מבצע "כחול וחום". "השיטה שנבחרה בביצוע היא השיטה של ירי מנגד. לא הסתערות על היעד וטיהורו, אלא לגרום למחבלים באמצעים שונים לצאת מהיעדים, ולחסלם באמצעים מדויקים ומושתקים", נכתב שם. "הלקח העיקרי מהשיטה שנבחרה לביצוע הוא שיש בה פוטנציאל אדיר של הפתעה ואפקטיביות. במקומות שהיא הופעלה, כמו בכוח הסיירת, היא השיגה תוצאות טובות מאוד".
באשר לשימוש במודיעין אומר התחקיר: "נראה כי המידע שנצבר (…) לא הועבר במלואו לרמת כל החיילים. כמות ה'הפתעות' שהלוחמים פגשו בשטח הייתה גבוהה מדי".
על הירי של ארז גרשטיין לעבר הדמות בחלון נכתב במסמך: "קשה לבקר את החלטתו של מ"פ הסיירת לפתוח באש, ויחד עם זאת ניתן היה לצפות ליתר סבלנות ואורך רוח".
האופן שבו נבנה הכוח של אמיר מי־טל ספג ביקורת בתחקיר הצה"לי: "תכנון 'כוח אמיר' לקה בחסר, הן בתחום הרכב הלוחמים (…) הן בתחום מיקום הסגן, והן בתחום מיקום כלי הנשק. אין ספק כי חוסר האורגניות הגדול של 'כוח אמיר' היה אחד הגורמים העיקריים לחוסר התפקוד של הכוח. (…) לפעולה נלקחו לוחמים ללא ניסיון מבצעי (שני כלבנים, קמ"ן חטיבה) וללא בדיקה מדוקדקת של התאמת הלוחמים למבצע מסוג זה". הודגש כי "אמיר השקיע מאמצים רבים בגיבוש הכוח לכוח מבצעי לוחם", אך נקבע כי "בדיעבד מסתבר שהגיבוש היה סביב דמותו הנערצת והכריזמטית של אמיר, וכשהוא נפל – הכוח הפסיק לתפקד ככוח אחיד ומגובש". לאחר הפגיעה במפקד, לפי התחקיר, היו החיילים במצב של "בלבול, חוסר שליטה, חוסר יוזמה ובעיקר חוסר מנהיגות".
בתיאור תפקודו של ברק דקל לאחר מותו של אמיר נאמר כי הוא "משרה בכוח אווירת ביטחון וסוף סוף מורגשת סמכות ואוטוריטה בכל הכוח". מאידך גיסא, "הדיווח של ברק על המצב הוא דיווח מרגיע ואינו מתאר נכונה את הקורה בשטח. הדבר מקשה על המח"ט לקבל תמונה אמיתית".
הכשל העיקרי של כוח אלי, הכוח שנותר בשטח, היה "חוסר יוזמה משווע להשגת קשר וקבלת תמונת מצב. (…) למרות הזמן ההולך ומתקדם לעבר היום, למרות שהפעולה מתמשכת מעבר למתוכנן, ולמרות שאין לו קשר, אלי אינו מנסה ליזום קשר וקבלת תמונת מצב, ונשאר 'תקוע' במקומו במטרה לדבוק במשימה".
לצד זאת נכתב כי אלי שלום פעל כהלכה בשלב הפעלת ה"רינה" והחילוץ במסוק, כשהוא "משרה על הכוח ביטחון ושקט נפשי, ועד החילוץ הכוח עובד בצורה מקצועית ומושכלת". עוד נקבע כי כלל הכוח שהשתתף במבצע היה יכול לעשות יותר כדי לנסות לאתר את ארבעת החיילים המנותקים: "הכוח היה חייב לרדת לנקודה בה אלי התמקם ולוודא פיזית את מיקומו".
קטע חשוב אחר קובע כי במהלך האימונים לא נבחנו תרחישים קשים שלבסוף התממשו במבצע עצמו: "למשל, לא דובר ולא נאמר מה כוח עושה אם הוא מאבד קשר, לא נקבע סימן מוסכם להפסקת משימה וכינוס, כמעט ולא דובר על היפגעות מפקדים. (…) מומלץ להשקיע זמן ומחשבה ביצירת מקרים ותגובות, ולא לבצעם סביב השולחן", הודגש במסקנות התחקיר.
