כוכבי פרשת השחיתות הגדולה בהקדשות 'עץ חיים' שנחשפה בתחקיר 'מקור ראשון' נעצרו הבוקר על ידי בלשי משטרת ירושלים. חוקרי המשטרה ניהלו חקירה סמויה שעניינה חשד לסחר אסור בנכסיו של הקדש ותיק ומוכר בירושלים, שהחל לפעול טרם קום המדינה וצבר לאורך השנים מאות נכסים, רובם באזור מרכז העיר ירושלים.
על פי החשד ארבעה מנאמני ההקדש שיתפו פעולה עם יועץ נדל"ן ופעלו בניגוד לאינטרסים של ההקדש (נכסי צדקה שנתרמו לתועלת הציבור), והחלו ל'רוקן' אותו מנכסיו באמצעות מכירתם לחברות קש ויזמי נדל"ן, ובדרך זו שלשלו על פי החשד עשרות מיליוני שקלים לכיסם הפרטי.

חשד נוסף שנחקר הוא שהחשודים מסרו תצהירים כוזבים באשר למצבם המשפטי של הנכסים. הם הציגו אותם כנכסים ציבוריים ולא כנכסי הקדש דתי, וזאת במטרה להשיג אישור מהיר למכירתם בבית משפט אזרחי, וזאת במחיר נמוך משמעותית משווים האמתי.
הבוקר עברה כאמור החקירה לשלב הגלוי. חוקרי המשטרה הגיעו בשעות הבוקר המוקדמות לבתיהם של חמישה חשודים: ארבעה נאמני ההקדש ויועץ הנדל"ן, כולם בשנות ה – 50-70 לחייהם, ועצרה אותם לחקירה בחשד לעבירות: קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות; הפרת אמונים בתאגיד; רישום כוזב במסמכי תאגיד; עבירות לפי חוק איסור להלבנת הון; עבירות מקור של מיסוי במקרקעין במידה והעסקה דווחה בחסר או שלא בתום לב.
בשעות הצהריים יובאו החשודים בפני בית משפט השלום לדיון בעניינם.
כזכור, תחקיר מקור ראשון עסק גם במניעים האפשריים להעברתו של הרב שטסמן מתפקידו כאב בית הדין להקדשות בירושלים. שטסמן ניהל אז הליכי חקירה ובדיקה בענייני ההקדשות, ורגע לפני קבלת החלטות מהותיות בתיק הועבר מתפקידו על ידי הרב הראשי דוד לאו. הייעוץ המשפט לבתי הדין הרבניים הסתייג מהמהלך והעלה חשדות למניעים פסולים מאחוריו. נשיא בית הדין הגדול דאז העלה מצידו טענות שונות נגד הרב שטסמן.

בינתיים הקפיאו המשנים ליועץ המשפטי לממשלה את פעילותו של ההרכב החדש. בחודש מאי קבעו המשנים ליועץ המשפטי לממשלה כי החלטתו של נשיא בית הדין הגדול נגועה באי־סבירות, וכי הטענות המטרידות בדבר ניגוד עניינים דורשות בחינה מחודשת. הם קראו לו להשיב את הרב שטסמן להרכב ולחדש את הדיונים ללא דיחוי, אך למרות זאת הדבר לא קרה.
במקביל דחה נציב תלונות הציבור נגד שופטים את הטענות נגד הרב שטסמן, וקבע שקיים חשש לכאורה כי גורמים רבי השפעה מחוץ למערכת בתי הדין עשו כל שלאל ידם כדי לסלק מדרכם דיינים שהערימו קשיים על פעילות לא חוקית של הנאמנים. הנציב דרש ליישם את המלצות המשנים ליועמ"ש.

לאחר שפעילות בית הדין לא חודשה במשך יותר מחצי שנה, לא נותרה לאנשי עץ חיים ברירה והם עתרו לבג"ץ בדרישה להחזיר את הרב שטסמן להרכב ההקדשות. תשובת המדינה לעתירה מלפני שבועיים בישרה על שינוי חלקי בעמדת הרב הראשי. על פי המדינה, הטיפול באשכול תיקי עץ חיים והוועד הכללי יועבר להרכב בית הדין להקדשות בראשות הרב שטסמן, אולם ההרכב הזה יתכנס בתל־אביב ולא בירושלים, והרב שטסמן לא יעסוק בהקדשות נוספים בירושלים.

כך או כך, מעברה של הפרשה לטיפול בכלים פליליים עשויה לפתוח מחדש את כל הטענות סביב התנהלות הגורמים השונים בתיקים.