בפקיסטן יותר מעשר קבוצות אתניות שונות, ובהן פונג'בים, פשטונים, סינדהים, סאראיקים, מוהאג'ירים, בלוצ'ים, פאהארים, בראהואים ועוד ועוד. נתמקד כאן בשלוש מהן.
הבלוצ׳ים
הקבוצה השלישית שנזכיר היא הבלוצ׳ים, שחיים בדרום מערב המדינה, על קו החוף האסטרטגי שלה עם הים הערבי. הבלוצ׳ים גם הם מפוצלים בין פקיסטן, אפגניסטן ואיראן. בפקיסטן ואיראן הם סובלים לטענתם מאפליה כלכלית ופוליטית, ונדחקים לשוליים בידי הקבוצות האתניות הדומיננטיות. מאז אמצע המאה ה־20, בדלנים בלוצ׳ים מנהלים בשתי המדינות מערכות טרור ממושכות בשאיפה להקמתה של בלוצ׳יסטן העצמאית.
הבלוצ׳ים שוכנים באזור שמסב כאב ראש אסטרטגי לאסלאמאבאד. הם הקבוצה האתנית הדומיננטית באזור החוף של המדינה, השער שלה לים הערבי ולאוקיינוס ההודי. בשנים האחרונות השקיעה סין מאוד באזור, והיא מעוניינת להקים בו נמל ימי גדול ולחברו באמצעות קווי צינור וכבישים למערב סין. החוף של פקיסטן אמור להיות השער המערבי של בייג׳ינג לנפט ולגז של המפרץ הפרסי.
אולם במקום שההשקעה הזו תייצב את האזור, היא מערערת אותו. הבלוצ׳ים רואים בהשקעות הסיניות מעין קולוניאליזם. אדמותיהם ההיסטוריות נלקחות בידי גורם זר, והם אינם זוכים לפיצוי מתאים מאת הממשלה הפקיסטנית. מתקפות טרור נגד אישים סינים ומיזמי בנייה סיניים בשנים האחרונות מוכיחות שהבלוצ׳ים מוכנים לפעול באלימות נגד הנוכחות הסינית. הדבר מאלץ את פקיסטן להשקיע כוחות גדולים באזור כדי להגן על הסינים, וזאת במקביל לצורך של פקיסטן להקדיש כוחות צבא גם לשיטור אזורי השבטים הפשטונים במערב ומול הודו במזרח.
הפונג'בים
הראשונים הם הפונג׳בים, שהם כ־40 אחוזים מהאוכלוסייה. הם מרוכזים בצפון מזרח המדינה, במישור הפורה של עמק האינדוס. הפונג׳בים אינם ייחודיים לפקיסטן, וכ־30 מיליון מהם חיים בצפון מערב הודו, באזור הגובל בפקיסטן. פונג׳ב, מולדתם ההיסטורית, חולקה בין הודו לפקיסטן ב־1947, וכוללת את כל אגן נהר האינדוס. בפקיסטן חיים כ־80 מיליון פונג׳בים, ובהודו עוד כ־30 מיליון.
הפשטונים
הקשר האתני בין המדינות הוביל לא פעם למתיחות ביניהן. לאומנים פשטונים באפגניסטן ניסו במהלך המאה ה־20 לקדם את רעיון ״המולדת הפשטונית המאוחדת״, שתכלול את שטחי אפגניסטן ומערב פקיסטן. הקשר האתני גם משמש כמוליך של טרור ואי שקט בין המדינות. גל הטרור שאפגניסטן חווה כיום זלג לפקיסטן דרך השבטים הפשטונים, שחלקם לא מכירים בריבונות של פקיסטן עליהם.