השבועות האחרונים בקדנציה הנשיאותית היחידה של ג'ון אדמס היו סוערים במיוחד. בדצמבר 1800 הסתיימה ספירת הקולות בבחירות לנשיאות, ואחרי סבב הצבעה שני נדיר בבית הנבחרים היוצא נקבעה זהותו של המנצח: סגן הנשיא תומס ג'פרסון, חברו לשעבר של אדמס ויריבו בהווה. העיתונים כינו את התוצאה "מהפכת 1800": המפלגה הדמוקרטית־רפובליקנית החדשה הביסה את המפלגה הפדרליסטית של אדמס, ובמובן מסוים גם את מפלגתו של אבי האומה ג'ורג' וושינגטון.
בראשית ינואר 1801, המהפכה המתרגשת ובאה (ההשבעה נקבעה ל־4 במרץ) עוררה חרדה איומה באדמס ובחבריו. המפלגה הפדרליסטית דגלה במתינות אריסטוקרטית והתנגדה בתוקף לדמוקרטיזציה של הממשל; הדמוקרטים־רפובליקנים, מנגד, האשימו את הפדרליסטים בתמרון המערכת במטרה לשמר את אחיזתם בשלטון בניגוד לרצון העם. למשל, כדי לדכא את "מכונת הרעל" שפגעה לטענתם בביטחון המדינה ובמוסדותיה, העבירו הפדרליסטים ב־1798 את "חוקי הזרים וההמרדה", שהעניקו לממשלה את היכולת לעצור ולכלוא בעצם את מי שתרצה. עיתונאים, פעילים, פוליטיקאים ופשוטי עם נעצרו לפי החוקים הללו, וההתנגדות לפדרליסטים רק גברה.
כעת, לאחר הבחירות, היה ברור שזמנם עבר. אף שההפסד של אדמס לא היה מוחץ, המגמות הבהירו שאין עתיד זוהר למפלגתו בשנים הקרובות. מה יעשה מי שהפסיד בקלפי ודרכו בחזרה לשלטון אינה קיימת? יותר ממאתיים שנה לפני שהדיונים הסוערים בנושא שטפו את מדינת ישראל, הגו הפדרליסטים רעיון מקורי: אם לא נוכל לשלוט ברשות המחוקקת והמבצעת, נפעיל את כוחנו באמצעות הרשות השופטת.
"אי אפשר לעבור משדה הקרב הציבורי, שהוא חשוב כשלעצמו, לבית המשפט, בלי צינון משמעותי" (אהרן ברק)
הזמן היה קצר, אך למרבה מזלם של הפדרליסטים נקרתה בדרכם הזדמנות נדירה. זמן קצר לפני שאדמס נאלץ לעזוב את הבית הלבן שנבנה זה עתה בוושינגטון, הודיע נשיא בית המשפט העליון אוליבר אלסוורת' על פרישתו מהתפקיד מסיבות רפואיות. וכך, פתאום, קיבל אדמס לידיו הזדמנות להשפיע על ערכאת השיפוט העליונה דרך העומד בראשה. הוא לא היסס לרגע: לאחר ששקל כמה מועמדים, זימן אליו אדמס להתייעצות את האדם הבכיר ביותר בממשלו, מזכיר המדינה ג'ון מרשל; הם דנו זמן מה בזהות המחליף, עד שאדמס הכריז לפתע: "אני חושב שאני מוכרח למנות אותך". מרשל, במילותיו שלו, היה "מרוצה ומופתע" מהמינוי. הוא "קד בשתיקה" ויצא מהחדר.

תומס ג'פרסון עדיין לא נכנס לתפקידו, ולא היה יכול לעשות דבר כדי למנוע את מינוי יריבו, שהוא תיעב באופן אישי – ולא רק בגלל האיבה שנבנתה ביניהם בשנותיהם המשותפות בממשל אדמס, אלא גם משום שמרשל ארגן את ההתנגדות לג'פרסון ולמפלגתו החדשה במדינת הולדתם וירג'יניה. השניים לא רק היו בני אותה המדינה, אלא גם קרובי משפחה. הם לא הרבו לדבר על כך.
אדמס לא הסתפק במינויו של מרשל כדי לשבש את פעילות ממשל ג'פרסון. בזמן הקצר שנותר לפדרליסטים לפני שנבעטו לנצח מהבית הלבן ומסיעות הרוב בקונגרס (מפלגתם התמוססה לחלוטין בתוך כעשרים שנה), הם אישרו את חוק השיפוט לשנת 1801, המורה להפחית את מספר המושבים בבית המשפט העליון משישה לחמישה, לפטור את שופטי בית המשפט העליון הפדרלי מחובת התורנות בבתי המשפט הפדרליים המחוזיים, ולמנות עוד 16 שופטים ועשרות בעלי תפקיד אחרים בבתי משפט פדרליים ובערכאות אחרות. כל המינויים היו לכל החיים.
במשך 19 הימים שנותרו עד להשבעת ג'פרסון איתרו אדמס ומרשל את השופטים המיועדים החדשים, הכינו אותם לאישור מועמדותם, וביום האחרון לפני ההשבעה – 3 במרץ 1801 – אישרו את המינויים בסנאט היוצא. אחרי האישור נותרו רק שעות ספורות עד ההשבעה של הנשיא החדש: מרשל – עדיין מזכיר המדינה, אך מחצות הלילה נשיא בית המשפט העליון החדש – חתם את מסמכי המינוי ושיגר אותם לשופטים המיועדים עד הרגע האחרון ממש. מיד כשצלצל השעון חצות, והכריז על כניסת 4 במרץ 1801, פרץ התובע הכללי המיועד של הממשל החדש לחדר והודיע שהנשיא החדש הורה "להשתלט על המשרד הזה ועל כל הניירת שלו" (כך לפחות לפי הסיפורים מהתקופה. הביוגרף של אדמס, דיוויד מקולו, הביא הוכחות לכך שהמהלך של ג'פרסון היה מחושב ושקול בהרבה).
עיתון אחד בפילדלפיה כתב בימים ההם שצעדיו של אדמס לביצור מערכת המשפט על חשבון רשויות השלטון האחרות "נעשו או בטיפשות או בהתנשאות ובזדון". ג'פרסון ועמיתיו זעמו. הנשיא החדש רטן שהחוקים והמינויים הם "צמח טפילי שהושתל בגוף השיפוטי" במאמץ אחרון לסכל את מדיניותו. למזכיר המדינה החדש שלו ג'יימס מדיסון (לימים הנשיא הרביעי) הוא אמר ש"יהיה קשה לבטל את מה שכבר נעשה". קשה, אולי, אבל הוא לא התכוון להימנע מלנסות.
"אני מכבד את הכנסת. בית המשפט, בכל פסקי הדין, בא לשמור על סמכות הכנסת" (אהרן ברק)
ראשית, ארבעה מכתבי המינוי שמרשל חתם עליהם טרם נשלחו לשופטים הממונים, מה שאפשר למזכיר המדינה החדש ג'יימס מדיסון לנעול אותם במגירה ולהישבע לא לקדם את המינויים. שנית, אחרי שג'פרסון הושבע לנשיאות בידי נשיא בית המשפט העליון הטרי ג'ון מרשל, החלו מנהיגי הדמוקרטים־רפובליקנים בקונגרס ברפורמה נגדית, שנועדה לבטל בחקיקה כמה שיותר מהמהפכה השיפוטית של אדמס. בתוך כשנה הם ביטלו את "חוק שופטי חצות", כפי שכונה חוק השיפוט של 1801.

מרשל לא התכוון לשתוק על כך. הוא ביקש להשיג לעצמו את הכוח לרסן את ג'פרסון, ואת זה בדיוק הוא עשה. ההזדמנות נקרתה בדרכו כשוויליאם מרבורי, אחד השופטים שמכתבי המינוי שלהם ננעלו במגירה, עתר בדצמבר 1801 לבית המשפט העליון בדרישה לאלץ את מזכיר המדינה ג'יימס מדיסון למנות אותו לשופט. אם יסכים מרשל לעתירה, ויקבע שמדיסון מוכרח למנות את השופטים שכתבי המינוי שלהם טרם נשלחו, תהיה זו התנגשות ישירה בין בית המשפט לבית הלבן. האם ממשל ג'פרסון יציית? אם לא יציית, מה יקרה למעוזם האחרון של הפדרליסטים בשלטון? האם הוא יישאר נטול שיניים?
מרשל היה חכם מכדי לכפות את המינוי ולקוות שהממשל יציית. בפברואר 1803, בפסק הדין "מרבורי נגד מדיסון", הוא קבע שמרבורי מונה כדין – ולפיכך ההימנעות משליחת כתב המינוי שלו הפרה את זכותו שהוקנתה לו באופן הוגן; הוא גם הצהיר שבסמכות בית המשפט לתת למרבורי את הסעד הדרוש, ולכפות את קיום המינוי; אבל הוא גם קבע שלא יוכל להוציא "צו עשה" בנושא, מסיבה אחת פשוטה: הדיון בעתירתו של מרבורי בבית המשפט העליון אינו מותר בחוקה אלא רק בחוק משנת 1789 – וחוק שסותר את החוקה בטל ומבוטל.
זה היה מהלך מבריק, שנטל לידי בית המשפט כוח שלא הוקצה לו במפורש – ועשה זאת בלי שהממשל יוכל להתנגד. בחוק השיפוט מ־1789 נאמר שבית המשפט העליון רשאי להוציא צו עשה כזה, אבל מרשל קבע שהחוק מנוגד לרשימה המפורטת בחוקה המגדירה בדיוק באילו מקרים ידון בית המשפט העליון ישירות, ובאילו מקרים הוא ידון רק כערכאת ערעור. אז מרשל הגביל למעשה את זכות העמידה של מרבורי, והתיר לממשל למנוע את מינויו לשופט, אבל בו זמנית הוא העניק לבית המשפט העליון את הכוח לבטל חקיקה שאינה תואמת את פרשנותו שלו לחוקה.
"זכותה וחובתה של הרשות השופטת לקבוע מהו החוק", כתב מרשל. "כאשר שני חוקים מתנגשים זה בזה, חייב בית המשפט להכריע את מי משניהם ליישם, והוא הדין כאשר חוק כלשהו סותר את החוקה. כאשר במקרה מסוים אי אפשר ליישם חוק כלשהו וגם את החוקה, עומדת לפני השופטים הברירה הזאת: לפסוק בהתאם לחוק ולהתעלם מן החוקה, או לפסוק על פי החוקה ולהתעלם מן החוק. בית המשפט חייב להחליט על פי איזה משני הכללים המנוגדים האלה לפסוק במקרה שלפניו. זו היא תמצית חובתו המשפטית".
"זה יהיה אסון למדינת ישראל אם נלך בעקבות האמריקנים" (אהרן ברק)

ההחלטה הכתה גלים בארה"ב, אבל מכיוון שהיא תמכה בפועל בעמדתו של הנשיא ג'פרסון, הוא לא התנגד לה ישירות. ובכל זאת, הוא הבין מה קרה: הכוח נלקח מידי המחוקקים ועבר לידי בית המשפט. הדמוקרטים־רפובליקנים יכולים לשלוט בקונגרס ובבית הלבן, אך פרשנות בית המשפט בראשות מרשל היא שתקבע. השליטה הפדרליסטית בבית המשפט העליון תנגוס בכוח שהגיע לדמוקרטים־רפובליקנים מידי העם.
ג'פרסון החליט להיאבק בכך. ההזדמנות הגיעה ב־1803, כששופט בית המשפט העליון סמואל צ'ייס, מהחותמים על הכרזת העצמאות, תקף בזעם את הדמוקרטים־רפובליקנים על ביטול חוק שופטי חצות של אדמס. בהיעדר כנסים של לשכת עורכי הדין באילת, צ'ייס הכריז בפומבי בפני חבר מושבעים גדול בבולטימור שאם הרשויות האחרות יחלישו את הרשות השופטת, ארה"ב עלולה לשקוע ב"אספסופוקרטיה, שיטת הממשל הגרועה ביותר שיש".
ההתבטאות האנטי־דמוקרטית הבהירה לציבור מדוע ג'פרסון ועמיתיו חוששים שפסקי הדין של צ'ייס הפדרליסט אינם מונעים משיקולים משפטיים טהורים. הנשיא החליט לעשות מעשה: לראשונה בהיסטוריה הקצרה של ארה"ב, הוא התכוון להדיח שופט מכהן מהערכאה הגבוהה ביותר. "האם המתקפה המרדנית הזו על עקרונות החוקה שלנו תעבור בלי עונש?", הוא שאל את מנהיגי מפלגתו בבית הנבחרים.
בראשית 1804 נפתח הליך ההדחה נגד צ'ייס. כדי לסלקו מכס השיפוט נדרשה הצבעה של שני שלישים מחברי בית הנבחרים ואז הצבעה נוספת בסנאט אחרי משפט. חבר הקונגרס מווירג'יניה ג'ון רנדולף, מכרו של ג'פרסון, נבחר לנהל את התביעה נגד צ'ייס, ובמרץ 1804 הוא הצליח להשיג החלטת הדחה בבית הנבחרים באשמת התנהגות "שרירותית, מדכאת ולא צודקת".
המשפט בסנאט נפתח בנובמבר בפיקוחו של סגן הנשיא ארון בר, שאך לאחרונה קטל בדו־קרב את מזכיר האוצר לשעבר אלכסנדר המילטון והואשם על כך ברצח. לדמוקרטים־רפובליקנים היה רוב בסנאט, ובכל זאת הסנאטורים החליטו בסופו של דבר לזכות את צ'ייס ב־1 במרץ 1805, ימים ספורים לפני ראשית כהונתו השנייה של ג'פרסון. צ'ייס נותר בתפקידו בבית המשפט העליון עד מותו ב־1811.
"כעת אני רוצה לפוש, להיות אדם פרטי שלא נתון לביקורת, כזה שלא נאלץ לתת דין וחשבון כל הזמן על מעשיו ודבריו" (אהרן ברק)
בעקבות הזיכוי אמר ג'פרסון ש"הדחה היא פארסה שלא ננסה שוב", ואכן, צ'ייס נותר השופט היחיד שהקונגרס אי פעם ניסה להדיח. הנשיא היה מוכרח למצוא פתרון אחר לריסון שהטיל בית המשפט על הממשל שלו. חקיקת הקונגרס כבר ביטלה את צמצום בית המשפט העליון לחמישה מושבים במקום שישה; כעת ג'פרסון הוסיף לבית המשפט מושב שביעי. עד שעזב את תפקידו ב־1809, אחרי שתי קדנציות, הוא מינה לבית המשפט העליון שלושה שופטים בסך הכול.

ועדיין, מתנת הפרידה של אדמס – מינוי מרשל לנשיא בית המשפט – התבררה כבעלת כוח עצום. מרשל כיהן בתפקידו במשך 34 שנים, עד מותו ב־1835 בגיל 79, שנים אחרי שמתו שני הנשיאים שהתווכחו עליו. הוא היה שופט פדרליסטי אקטיביסטי ותוקפני כלפי הממשלים של ג'פרסון, מדיסון, ג'יימס מונרו, ג'ון קווינסי אדמס (בנו של הנשיא השני) ואנדרו ג'קסון (ממייסדי המפלגה הדמוקרטית). בין השאר, מרשל הציל את ארון בר ב־1807 מהרשעה בבגידה; הוא התיר ב־1816 את הקמת הבנק הפדרלי המרכזי של ארצות הברית ואשרר את הפטור שלו ממס; וחיזק לאורך שנים את ריבונות הממשל הפדרלי על פני סמכויותיהן של המדינות.
כשהנשיא ג'פרסון פרש מהפוליטיקה הוא החל להתעסק בנושאים אחרים, ובהם פילוסופיה, מדע וחקלאות. ברבות השנים ובזכות פעולה נחושה מצד אשתו של הנשיא לשעבר אדמס, שני היריבים המרים חידשו את חברותם הוותיקה בהתכתבות ענפה ומעמיקה שנמשכה שנים ארוכות. הם החלו לדון בעימותים ביניהם, כולל בעניין שופטי חצות ומינויו של ג'ון מרשל, כהיסטוריה במקום כאקטואליה, ומתוך הבנה שהאומה שהם חששו שתתפורר רק הלכה והתעצמה משנה לשנה.
שניהם הלכו לעולמם ב־4 ביולי 1826, בדיוק יובל שנים לאחר הכרזת העצמאות של ארצות הברית. הנשיא לשעבר ג'ון קווינסי אדמס העיד שאביו הגוסס, ששכב במיטתו במסצ'וסטס במרחק 700 ק"מ מחברו תומס ג'פרסון בווירג'יניה, פלט הכרזה אחת אחרונה לפני מותו: "תומס ג'פרסון עודנו חי". הוא טעה: ג'פרסון מת כמה שעות לפניו.
ציטוטיו של אהרן ברק נאמרו בריאיון למיכאל טוכפלד במקור ראשון ב־2016