אירוע יום הזיכרון המשותף מעורר מחלוקת בתוך החברה הישראלית. ממשלת ישראל מתנגדת לקיומו של האירוע, כשראש הממשלה, בנימין נתניהו, הביע את אכזבתו מהחלטת בג"ץ לאשר את כניסתם של פלסטינים לאירוע.
"ההחלטה של בג"ץ שגויה ומאכזבת", כתב נתניהו בטוויטר, "אין מקום לטקס זיכרון שמשווה בין דם בנינו לדמם של מחבלים. על כן סירבתי לאפשר את כניסתם של משתתפי הטקס ואני סבור שלא היה מקום להתערבותו של בג"ץ בהחלטתי זו". עם זאת, רבים בשמאל הישראלי תומכים בקיום האירוע.
ארגון לוחמים לשלום הוא הארגון שלמעשה מוציא לפועל את קיום אירוע הזיכרון המשותף. מדובר בארגון בו חברים פעילים ישראלים ופלסטינים השואפים לחבר בין העמים. ביקורת רבה נשמעת נגד הארגון, בעיקר מהצד הימני במפה הפוליטית, בכך שלוחמים לשלום אימצו את הנרטיב הפלסטיני.
בשנה שעברה הוציא הארגון סרטון בו פעילי לוחמים לשלום הצהירו כי הם "מכירים בזכות השיבה". הארגון זוכה למימון רב ממדינות וקרנות זרות. בין השנים 2017-2014, הארגון קיבל 931,716 שקלים מישויות מדיניות זרות.גם הקרן החדשה וארגון ג'יי סטריט תורמים ללוחמים לשלום וחלק מהתרומות לאירוע יום הזיכרון המשותף יגיע משני ארגונים אלו.
עם זאת, מתברר שאחד הגופים שתרמו לקיום אירוע יום הזיכרון המשותף בשנה שעברה הייתה ממשלת גרמניה. 45 אלף שקלים מהארגון הנוצרי הגרמני AGEH, ו-49 אלף שקלים מארגון אזרחי בשם forumZFD הועברו ישירות למימון אירוע יום הזיכרון.
ארגון forumZFD ממומן ברובו על ידי ממשלת גרמניה. על פי הדוחות השנתיים של הארגון הגרמני כל הפרויקטים שקשורים לישראל ולפלסטינים ממומנים ישירות על ידי המשרד לפיתוח של הממשלה הפדרלית הגרמנית. כלומר, גרמניה הייתה חלק מהמממנים של אירוע יום הזיכרון המשותף וגם השנוי במחלוקת שהתקיים בשנה שעברה. כמו כן, גם הקרן הגרמנית רוזה לוקסמבורג, השייכת למפלגת השמאל דה לינקה, העבירה מימון לקיום האירוע.
השנה, חלק מהתרומות לאירוע יגיע דרך הקרן החדשה וג'יי סטריט וגם דרך מימון המונים. עם זאת, לא ברור אם ישנן גם מדינות זרות התורמות השנה לקיום האירוע. בקשה לתגובה נשלחה לארגון לוחמים לשלום לכשתגיע נעדכן.
איתי ראובני, ראש מחלקת תקשורת בארגון NGO Monitor העוקב אחר פעילות ארגונים לא ממשלתיים: "זהו אירוע שנוי במחלוקת שנוגע בישראלים רבים ומשפיע על השיח הציבורי ולכן, מעבר לדיון האם האירוע ראוי או לא, יש לקיים דיון רציני על מממני האירוע והגורמים המארגנים אותו. אני סקרן לדעת כיצד הציבור הגרמני יגיב אם קרן ישראלית תקיים אירוע הנצחה משותף ל-57 הלוחמים הגרמניים שנהרגו באפגניסטן, לצד משפחות מחבלי הטאליבן, במרכז ברלין".
