אחרי התחקיר ולקראת ההמלצות לוועדת הצלש"ים, בצה"ל חוששים כי הפרסומים סביב הכישלון בחאן יונס ובעיקר הדיס אינפורמציה שהופצה לכל עבר פגעו קשות במערך המבצעים המיוחדים.
בצה"ל מעריכים כי ייקח זמן לא מבוטל להחזיר את המציאות שהייתה לפני המבצע. למרות זאת בצה"ל מבהירים כי המערך קיים מתפקד, ומאז הכישלון בחאן יונס, בוצעו לא מעט מבצעים מיוחדים בכל הזירות.
גורם ביטחוני ששירת במערך המבצעים המיוחדים מסביר: "להעמיד כוח כזה תחת זרקור של תקשורת, ביקורת ציבורית, פרסומים שגויים, שמועות רבות ובעיקר מלחמת תודעה מצד חמאס זה אירוע שהכוח הזה לא מכיר".
"הכוח המיוחד הצליח בכל כך הרבה מבצעים ולצד זה בעבר גם היו כישלונות". מסביר הגורם הביטחוני את הייחודיות במקרה הזה, "לא כל המבצעים שאליה יצאו הלוחמים צלחו, ההבדל הוא שאף פעם זה לא נגמר כמו הפעם. ואם תוסיף לזה את הפרסומים שקיימים ברשת סביב המבצע בעיקר בפרסומים ערביים זה יוצר מצב מורכב".
גם הפרסומים סביב הטלטלה בפיקוד על מערך המבצעים המיוחדים גרמה נזק עצום. גורם צבאי מסביר: "הפרסומים יצאו לתקשורת בצורה פרובוקטיבית ומעוותת וזה פגע מאוד במערך". להערכתו של הגורם הצבאי מדובר בפגיעה קשה מאוד שהובילה את מפקד המערך לעזיבה למרות שהיה מסוכם לפרישה ולמרות שהתבקש להישאר בפיקוד.
כזכור, פרסומים בנושא טענו כי הרמטכ"ל אביב כוכבי פנה לקצין בכיר במילואים, לחזור לשרת במערך המבצעים המיוחדים במטרה לשקם אותו ולהחליף את המפקד היום. עיתוי הפרסומים אומרים בצה"ל יצר מצב שבו המפקד הנוכחי התאכזב מההתנהלות והודיע כי הוא מבקש לחזור בו מההחלטה להיענות למערכת ולהישאר בתפקיד פרק זמן נוסף.
"זהו מערך סגור מאוד שצריך להבין שכל דבר כזה מטלטל אותו בצורה קשה" מסביר הגורם ששירת בעבר במערך. "הלוחמים לא רגילים לקרוא על עצמם בעיתון ועוד כותרות על הדחות לכאורה וקריאה לקצינים מהאזרחות לחזור לשקם את המערך. זה דבר שלא מקובל ובעצם מעולם לא קרה", הוא מסביר. לצד הטלטלה הקשה בצה"ל עושים לא מעט מאמצים תוך השקעת משאבים בלתי נגמרת במטרה להחזיר את המערך לתלם ולחזק אותו אפילו יותר ממה שהיה ערב הכישלון בחאן יונס.
