בשבוע הבא יתקיים שימוע בעניינו של פעיל ארגון Human Rights Watch, עומר שאקיר, שבית המשפט קבע כי הוא תמך והשתתף בפעילות חרם נגד ישראל. שר הפנים, אריה דרעי, סירב לחדש לשאקיר את הוויזה, ובתגובה, פעיל זכויות האדם עתר לבית המשפט באמצעות עורך דינו מיכאל ספרד לבטל את ההחלטה. כעת מתברר שארגון אמנסטי הבינלאומי ביקש להצטרף לעתירה כידיד בית המשפט.
"אמנסטי אינטרנשיונל" נחשב כאחד הארגונים הארסיים ביותר נגד ישראל, ובשנים האחרונות קידם אירועים התומכים בפתרון מדינה אחת. במאי 2018, אירח את הוועידה השנתית של "הוועד הישראלי נגד הריסת בתים" תחת הכותרת "מבניית בתים לבניית מדינה אחת", התומכת בפתרון המדינה האחת. בוועידה נאמר כי "הפלסטינים חיים תחת משטר כיבוש צבאי אכזרי שמצייר טראומה חברתית" וכי "יש לפתוח בקמפיין אקטיבי למען פתרון המדינה-האחת".

בספטמבר 2017, אמנסטי הגדיר את סאלח חמורי, פעיל ארגון האסירים הפלסטיני "אדאמיר" שנעצר על ידי ישראל, כ"מגן זכויות האדם". חמורי הוא מחבל מורשע שישב בכלא הישראלי על תכנון התנקשות ברב עובדיה יוסף, ובגין מעורבותו בארגון החזית העממית לשחרור פלסטין.
בשנת 2019 הוציא הארגון דו"ח בו נכתב כי יש להחרים אתרי מורשת בישראל. מדובר באתרים כמו הכותל המערבי, העיר העתיקה בירושלים, כנסיית הקבר וים המלח. באמנסטי טענו כי הסיבה לכך היא משום שיש קשר בין האתרים לבין המדיניות הישראלית ל"כיבוש". כמו כן, באמנסטי גם עודדו חברות בינלאומיות להחרים את אתריי התיירות הישראליים.
שרים בממשלת ישראל העבירו ביקורת נוקבת על הפעילות האנטי ישראלית של הארגון והגדירו אותו כאנטי ישראלי. שר הפנים גלעד ארדן אמר כי "ארגון אמנסטי הצבוע מדבר בשם זכויות האדם ובפועל מקדם חרמות נגד אזרחי ישראל, כחלק מקמפיין החרם והדה-לגיטימציה האנטישמי". השר זאב אלקין אמר על ניסיונה של אמנסטי אינטרנשיונל להחרים אתרים במקומות כמו ירושלים מלמדת ש"הארגון אמנסטי בחר בדפוס אנטישמי קלאסי".
לפי מכון המחקר NGO-Monitor, ארגון אמנסטי אינטרנשיונל משתמש ברטוריקה המאשימה את ישראל בפשעי מלחמה, אפרטהייד וביצוע פעולות מלחמתיות מתוך תחושת נקמה. בשנת 2016 פרסם אמנסטי מסמך תחת הכותרת: "הגיע הזמן לטפל בחסינות מעונש: שנתיים לאחר מלחמת 2014 בעזה", בו האשים את ישראל בפשעי מלחמה. לפי NGO-Monitor "המסמך מלא ברטוריקה מסיתה, כמו האשמת ישראל בפעילות 'מעל החוק' וביצוע תקיפות 'חסרות רחמים', 'הרס ומוות חסרי תקדים', 'הפצצה מאסיבית', ו'הסתערות כוחנית ללא הרף'. אמנסטי מאשים את ישראל בכך שהיא מונעת מתוך 'נקמה'".
נציין כי בתחילת השנה פורסם דו"ח קשה אודות ההתנהלות הארגונית בתוך אמנסטי אינטרנשיונל בעקבות התאבדויות של שני עובדים בארגון. הדו"ח קבע כי בארגון זכויות האדם הבינלאומי התקיימה תרבות ארגונית "רעילה" וכי התחוללו בו מקרי התעמרות רבים בין מנהלים לעובדי צוות. באמנסטי מסרו שבעקבות הדו"ח הם יפעלו ליישם רפורמה מקיפה בארגון.
סאלח חיג'אזי, סגן מנהל אזור המזרח התיכון וצפון אפריקה באמנסטי אינטרנשיונל, מסר בתגובה לעמדת המדינה שלא לחדש את הוויזה לפעיל ארגון HRW כי "החלטת השלטונות הישראליים לגרש את עומר שאקיר היא מכה מוחצת לחופש הביטוי במדינה ושולחת איתות מדאיג לפעילי זכויות אדם ולארגוני החברה האזרחית בכלל, עד כמה רחוק הם מסוגלים להגיע בניסיון להשתיק את מגיני זכויות האדם. אנו מקווים שבית המשפט העליון יעמוד בהתחייבויותיה של המדינה על־פי החוק הבינלאומי־לאומי לזכויות אדם ויבטל את צו הגירוש של עומר שאקיר".
מנכ"לית אמנסטי אינטרנשיונל ישראל, מולי מלקאר, הוסיפה: "סגירת גבולות המדינה בפני קולות המבקרים את הפרות זכויות האדם של הפלסטינים על ידיה הופכת את ישראל למועדון סגור של אזרחים מושתקים או אלה המסכימים עם השלטון, יהא אשר יהא. אם תגרש את עומר שאקיר משטחה, ישראל תצטרף למועדון שבו מככבות מדינות כמו בלרוס, סין, מצרים, פקיסטן וסוריה, שמקדמות חוקים שנועדו להשתיק מבקרים".
עוד נמסר כי לאמנסטי אינטרנשיונל אין עמדה בסוגיית ה-BDS. "לתנועת אמנסטי אינטרנשיונל אין כל עמדה לגבי הקמפיין לחרם, משיכת השקעות וסנקציות (BDS) על ישראל ומעולם לא קראה או תמכה בחרמות ספציפיים. על יחידים וארגונים לקבוע באילו אסטרטגיות לא־אלימות יש להשתמש למען קידום זכויות אדם. קריאה לחרם, משיכת השקעות וסנקציות הן צורות של חופש הביטוי שיש להגן עליהן. יש לאפשר לתומכי החרם להביע את דעותיהם בחופשיות ולקדם את מסעותיהם ללא הטרדה, איומי תביעה, הפללות, או באמצעים אחרים הפוגעים בזכות לחופש הביטוי".