כיפת שייח' אל־חלילי המכונה גם זאוויה מוחמדיה שמצפון־מערב לכיפת הסלע נבנתה כנראה בראשית המאה ה־18. במשך שנים היא שימשה אתר ארכיון בית הדין השרעי, וכיום משמשת את מחלקת השימור של הווקף – שבשפה פחות מכובסת איננה אלא המחלקה הממונה על החרבת העתיקות היהודיות בהר. אם לא די במחיקת השרידים היהודיים שהתבצעה בעשורים האחרונים בכמה נקודות ברחבי ההר, כעת – כך על פי כתבה שהתפרסמה השבוע באתר אל־ג'זירה – הווקף לוחץ "לשפץ" מערה שהיא למעשה מרתף שמצוי בתחתית המבנה הזה. אל־ג'זירה גם מספק תצלומים נדירים שצולמו מתוך המרתף־מערה הזאת, המכונה בפי הכותבים "מערת הרוחות".
הבור שבתחתית כיפת מוחמדיה הוא למעשה בור מספר 24 כפי שמספר אותו צ'רלס וורן באמצע המאה ה־19, אחד מחמישים החללים התת־קרקעיים המצויים בהר. המשותף לכל החללים האלו הוא העובדה שאין לנו ולכל מי שאינו מוסלמי כל גישה אליהם כיום ובדרך כלל גם אפס מושג מה מתרחש בהם. את רוב המידע שיש לנו במאה ה־21 על החללים האלו אנחנו שואבים מתיעודיהם ומתרשימיהם של החוקרים בני המאה ה־19 שזכו בגישה אליהם, בחסדי הווקף שבתקופה העות'מאנית היה נדיב וליברלי לאין שיעור מהווקף כיום.
וורן, קונרד שיק, קלוד קונדר וצ'רלס וילסון ירדו לבורות האלו, מדדו אותם ולעיתים גם ציירו אותם. מלבד מה שאלה הותירו אחריהם, מאז ועד היום ממרבית החללים התת־קרקעיים האלה לא עומדת לרשותנו אפילו תמונה.

החלל המסוים הזה שמתחת לכיפת מוחמדיה הוא בר מזל יותר מהחללים התת־קרקעיים האחרים שבהר, מכיוון שכבר בשנת 1981 פינה משם הווקף, ככל הנראה באופן בלתי חוקי, כמויות בלתי מבוטלות של עפר ועל הדרך סיפק גם תיעוד מחודש שלו. כעת, כאמור, הווקף מעוניין לשוב ולערוך שיפוצים מקיפים במרתף. מנהל מחלקת ההדרכה של הווקף, נג'אח בכיראת, קרא בריאיון לאל־ג'זירה לשיקום "מערת הרוחות" הזאת ו"לא להשאיר אותה מוזנחת מכיוון שהיא חלק חשוב ממסגד אל־אקצה".
הקיר המזרחי של המרתף הזה, בור 24, בעצם איננו אלא מדרון סלע טבעי בנקודה שבה הר המוריה־הר הבית משתפל בתלילות כלפי מערב. ייתכן שהסלעים האלה שבמערת הרוחות הם אלו שאליהם התייחס השופט בן המאות ה־15־16 מוג'יר א־דין כשכתב שמצפון־מערב לכיפת הסלע אפשר להבחין בסלעים "מימי דוד". הארכיאולוג צחי דבירה מסביר שכל חלקה המערבי של הרחבה שעליה ניצבת כיפת הסלע הוא תוספת שנבנתה ככל הנראה בתקופה האיובית, תקופת שלטון צאצאי צלאח א־דין בארץ, בשנים 1187־1250.
"רואים זאת לפי גרמי המדרגות המעפילים לרחבת הכיפה", מסביר דבירה, "שבצד המערבי חודרים פנימה אל תוך שטח הרמה הנוכחית – מה שמוכיח שהגבול המקורי של הרחבה מצוי מזרחה משם. בכל החלק המערבי של הרחבה קיימים חללים ומחסנים, חלקם בלתי מוכרים למחקר, שהם בעצם תוצאה של ההרחבה הזאת. בור 24 של וורן, אותה 'מערת הרוחות' שלמעשה איננה ממש מערה, היא בסך הכול תוצר של הגדלת שטח הרמה שעליה ניצבת כיפת הסלע – כלפי מערב. כשהרחיבו אותה יצרו שם מעין מרתף למבנה שמעליו, ובפועל מדובר בפני הסלע המקוריים. הקיר המזרחי של בור 24 הוא סלע, והפכו אותו לחלל תת־קרקעי כשבנו לו קיר נוסף, מערבי. ככל הנראה קיים בבור הזה גם ריצוף כיום".
"העדות של החוקר בן המאה ה־19 שביקר בבור הזה, קלוד קונדר", מוסיף דבירה, "מספרת שלא רק הקיר המזרחי של הבור חצוב בסלע אלא גם חלק מהקיר הדרומי ומהקיר הצפוני. בקיר הדרומי ישנם סימנים למדרגות קדומות יותר שהיו חצובות בסלע, וקונדר שיער שהנתון הזה עשוי להעניק בעתיד נקודת מבט נוספת לכל מי שעוסק בשאלת שחזור מקום המקדש בהר".
"מה שמעניין עוד יותר", דבירה ממשיך, "הוא המסורת האסלאמית המודגשת בכתבה באל־ג'זירה, שטוענת שהבור הזה מכונה 'מערת הרוחות'. כשזוכרים שסמוך לבור הזה קיימת כיפה המכונה 'כיפת הרוחות', ולפי מסורות אסלאמיות כך בדיוק מכונה גם בור שנמצא בתחתית המערה של כיפת הסלע הסמוכה, מקבל כל האזור הקשר של רוחות ונשמות. לדעתי ייתכן מאוד שמתחת לפני הקרקע הנוכחיים קיים אי שם חיבור במתלול הסלע הטבעי בין מערת הרוחות של בור 24 לכיפת הרוחות, ובין שתיהן לבור הרוחות שמתחת לכיפת הסלע.
"אמנם היו חוקרים כדוגמת האב בגאטי שנכח בעת שיפוץ כיפת הסלע בשנות החמישים של המאה הקודמת, שטענו שאין כל בור בתחתית המערה שבאבן השתייה, אבל ייתכן שהם לא בדקו את העניין כראוי. כפי שאפשר לראות, המוסלמים מעולם לא הקלו על הגישה לחללים האלו".