האם ארגונים הנתמכים על ידי הקרן החדשה לישראל עוברים למעשה על העקרונות שלה עצמה? לקרן החדשה לישראל, אותה קרן המסייעת לארגונים רבים, ביניהם ארגוני שמאל כמו "בצלם" ו"עדאלה", ישנם מספר עקרונות המגדירים מי יכול להיות נתמך הקרן החדשה.
על פי אותן הנחיות, הקרן החדשה לא תעניק מימון לארגונים התומכים בחרם על ישראל. בנוסף לכך, באתר הקרן החדשה נכתב כי הקרן מתנגדת לפעילות שמטרתה העמדת קציני צה"ל ומנהיגי המדינה למשפט בטריבונלים בינלאומיים.
עוד נכתב באתר הקרן החדשה נכתב כי הקרן מכבדת את עקרונות השיפוט הבינלאומיים אך באופן עקרוני היא פועלת לחזק את הדמוקרטיה הישראלית דרך המערכות הדמוקרטיות הקיימות בתוך ישראל. "לפיכך", נכתב באתר, "אנו מתנגדים בתוקף לניסיונות להעמיד לדין פקידים ישראלים בבתי משפט זרים או להחיל את העיקרון המקובל-בדרך כלל של תחום המשפט הבינלאומי נגד ישראל או פקידים ישראלים".

עם זאת, ארגונים הנתמכים על ידי הקרן החדשה לישראל מצהירים כי ישמחו לשתף פעולה עם בית הדין הבינלאומי בהאג. כך למשל, הצהיר לאחרונה ארגון עדאלה בהודעה שפורסמה מטעם הארגון. ב'עדאלה' הצהירו כי הם שבעי רצון מהחלטת התובעת הראשית של בית הדין הבינלאומי בהאג, פאטו בנסודה, שהודיעה על כוונתה לחקור את ישראל על פשעי מלחמה ב"צוק איתן".
בארגון 'עדאלה', כאמור הצהירו כי ישמחו לשתף פעולה עם בית הדין הבינלאומי בהאג. "אנו סבורים כי בהתחשב בעובדות, אף החלטה אחרת של התובעת בבית הדין הבינלאומי אינה עולה על הדעת ואנו מברכים עליה", נכתב בהודעה של הארגון הערבי-ישראלי, "עמדתנו היא שלבית הדין הפלילי בהאג יש את סמכות המלאה לשפוט ולהכריע בדבר אחריות פלילית של ישראל בגין עבירות נגד החוק הבינלאומי ועל ביצוע פשעי מלחמה. לאור בקשתה של התובעת בנסודה, שקורבנות פלסטינים וארגוני זכויות אדם ישתפו פעולה עם החקירה, מרכז עדאלה, כמומחה למשפט ישראלי נכון להעביר את כל המידע המשפטי שברשותו ובכוונתו להעביר חוות דעת משפטיות ככל שהדבר יסייע לקדם את זכויות האדם ואת הצדק״.

גם ארגון 'בצלם' כאמור מצהיר בשנים האחרונות כי יש להפעיל לחץ בינלאומי על מדינת ישראל. יותר מכך, לטענת ארגון NGO-MONITOR פועל 'בצלם' להציג את בית המשפט הישראלי כבית משפט שאינו מתפקד ומשום כך יש להעמיד לדין את ישראל בבתי משפט בינלאומיים. כפי שפורסם ב'ישראל היום' 'בצלם' תוקף את הלגיטימיות של בית המשפט העליון בישראל פעמים רבות. אחד הדו"חות האחרונים של 'בצלם' עסק ב"אחריותם של שופטי בית המשפט העליון להריסת בתים פלשתיניים ולנישולם".
'עדאלה' ו'בצלם' הם שני ארגוני שמאל ותיקים הזוכים לתקציבים מהקרן מזה שנים רבות. בעבר היו מתחים בין הקרן החדשה לישראל לארגון 'עדאלה' ולמרות זאת, המשיכו בארגן הגג להמשיך לתקצב את הארגון הערבי ישראלי. בקרן החדשה לישראל מדגישים כי המקום לחיפוש צדק אודות מעשיה של ישראל הוא בתוך ישראל ולא בבתי דין בינלאומיים.
"אין שינוי בקווי היסוד של הקרן, לישראל יש מערכת משפט עצמאית ובלתי תלויה החוקרת ובודקת את עצמה וכך המצב צריך להישאר", נמסר מהקרן החדשה לישראל, "כמו כן, אנו לא עוסקים בשאלות תיאורטיות ולאחר שתוכרע שאלת הסמכות שיש או אין לבית הדין לחקור את ישראל, נגיב בהתאם".