אחרי שנים של ביקורת כלפי תנועת נאמני תורה ועבודה מצד הציונות הדתית והימין, החליט הארגון הפלורליסטי להפסיק לקבל תקציבים מהקרן החדשה לישראל. לאחרונה הפיץ יו"ר התנועה, אסף בנמלך, מכתב לחברי הוועד המנהל של התנועה ולעובדים, המעדכן כי בשנת 2020 לא תפנה התנועה לקרן החדשה בבקשה לסיוע כלכלי.
"אבקש לעדכן כי נפגשתי לפני ימים אחדים עם מנכ"ל הקרן החדשה מיקי גיצין, והודעתי לו על החלטת התנועה לא להמשיך להגיש בקשת תמיכה מהקרן בתום שנת התמיכה הנוכחית", כתב בנמלך. יו"ר התנועה הוסיף כי בשנה האחרונה נערכו דיונים בהמשך קבלת התמיכה מהקרן החדשה, "בד בבד עם הדיאלוג שלי מול ראשי הקרן על האפשרות להגדרה מחודשת של מדיניות הקרן בעניין תמיכות שהיא מעניקה… שאינן מתיישבות עם השקפת עולמה של תנועת נאמני תורה ועבודה ומעוררים קשיים ציבוריים ביחס אלינו".

הדיון הפנימי בתנועה, בעד ונגד קבלת התמיכה מהקרן הפילנתרופית האמריקנית־ישראלית, נמשך זה שנים. רוב התרומות שמגיעות לקרן החדשה הן מיהודים פרוגרסיבים, שמבקשים להשפיע על תחומים מגוונים בישראל ובהם נושאי דת ומדינה.
בנמלך כתב כי אף שראשי תנועת נאמני תורה ועבודה הפצירו בקרן לא לתמוך בגופים פוליטיים מהצד השמאלי הקיצוני (ככל הנראה ארגונים כמו בצלם ושוברים שתיקה) – לא שינו אנשי הקרן את עמדתם. "הגם שהקרן הייתה קשובה לעמדתנו, נראה כי שינוי במדיניות התמיכה שלה באותם גופים אינו עומד על הפרק, ומכאן נובעת ההחלטה". עם זאת, היו"ר מדגיש כי סיום מערכת היחסים בין שני הגופים היה "בכבוד הדדי".
תרומות הקרן החדשה לישראל היו כ־10 אחוזים מתקציב התנועה בשנים האחרונות. בנמלך ביקש מהעובדים להבין את קיצוץ הפעילות הצפוי בעקבות הוויתור על התמיכה הכספית מהקרן, ואף ביקש מהם "השקעת מאמצים רבים בגיוס משאבים לפעילות התנועה". בשנת 2012 עמד תקציב התנועה על 1.6 מיליוני שקלים, והקרן החדשה לישראל הייתה גדולת התורמים – היא העניקה אז כ־300 אלף שקלים.
היסטורית, הגופים שקיבלו סיוע מהקרן החדשה לישראל בציונות הדתית היו מקושרים לתנועת הקיבוץ הדתי. בשנת 2011 החליטו בקיבוץ הדתי לקרוא למוסדות הקשורים בהם לא לקבל תמיכה כלכלית מהקרן, עקב מניעיה לכאורה.
בשנים האחרונות התנהלו קמפיינים מהצד החרד"לי של המפה הדתית־לאומית נגד ארגונים נתמכי הקרן החדשה, והם שילמו מחיר תדמיתי כבד על כך. לפני כשנה וחצי השיק ארגון "חותם" קמפיין נגד הארגונים הנתמכים על ידי הקרן החדשה לישראל בציבור הדתי־לאומי. בסרטון שהפיק הארגון נטען שהארגונים הללו פועלים בשליחות הקרן החדשה לניגוח היהדות ופגיעה בציבור הדתי. בין "כוכבי" הסרטון המאויר של "חותם" היו מייסדת "קולך" ויושבת הראש לשעבר של הארגון חנה קהת, המנכ"לית לשעבר של "מבוי סתום" בתיה כהנא־דרור, יו"ר נאמני תורה ועבודה לשעבר תהילה פרידמן ומייסד עמותת "הכול חינוך" הרב שי פירון.
מתנועת נאמני תורה ועבודה נמסר: ״לאחרונה, בעקבות הליך של דיאלוג בין ראשי הקרן ליו"ר התנועה בנוגע למדיניות התמיכות של הקרן, הוסכם על אי חידוש התמיכה. אנו מודים לקרן ולראשיה על תמיכתה בתנועה, שנעשתה ללא כל התניה או בקשת תמורה".
מהקרן החדשה לישראל נמסר: "יותר מעשרים שנה הייתה הקרן החדשה לישראל עמוד תווך מרכזי שעליו נשען ארגון נאמני תורה ועבודה בתמיכה של מיליוני שקלים, שהביאו לשינויים אדירים בחברה הדתית־הליברלית בישראל. לאחר דיונים ארוכים עם נאמני תורה ועבודה על כיווני הפעולה של שני הארגונים, הוחלט על סיום התמיכה. הקרן החדשה לישראל ממשיכה לתמוך בתחום, ותפנה את משאביה לשחקני'ם נוספים".