א. נלקח לבבל בידי נבוכדנצר

זו דעת התנאים רבי אליעזר ורבי שמעון בר יוחאי בגמרא (יומא נג, ב). רבי אליעזר לומד זאת מהפסוק בספר דברי הימים (ב, לו, י) המספר על גלות יהויכין: "ולתשובת השנה שלח המלך נבוכדנאצר ויביאהו בבלה עם כלי חמדת בית ה'" – ואיזה כלי חמדה חשוב יותר מארון הברית היה במקדש?
עם זה, חוקרים רבים ובהם פרופ' יהודה אליצור ז"ל נוטים שלא לקבל את ההצעה הזאת. אילו גלה הארון לבבל, הם טוענים, הוא היה בוודאי נזכר ונמנה במפורש בראש רשימת הביזה של נבוזראדן המובאת במלכים ב, כה.
ב. נטמן בלשכת העצים שבמקדש

על פי המשנה במסכת שקלים (ו, א־ב) מקום גניזת ארון הברית הוא בלשכה הצפון־מזרחית שבעזרת הנשים במקדש. נאמר שם שב־13 מקומות במקדש היו משתחווים אפיים ארצה, אולם היו כאלו שהוסיפו גם השתחוויה 14 אל מול הלשכה הזו, לשכת העצים: "של בית רבן גמליאל ושל בית רבי חנניא סגן הכהנים היו משתחווין ארבע עשרה. והיכן היתה יתירה? כנגד דיר העצים, שכן מסורת בידם מאבותיהם ששם הארון נגנז. מעשה בכהן אחד שהיה מתעסק, וראה את הרצפה שהיא משונה מחברותיה; בא ואמר לחברו. לא הספיק לגמור את הדבר עד שיצתה נשמתו, וידעו בייחוד ששם הארון נגנז".
אותו כוהן שהתעסק בבדיקת קורות העץ המיועדות למזבח כדי לוודא שאינן נגועות בתולעים, זיהה ברצפת הלשכה הזאת כניסה למחילה תת־קרקעית, ומכיוון שחשף בכך את מקום גניזת ארון הברית שילם על כך בחייו. במקום שבו ניצבה הלשכה הזאת בימי הבית, במזרח ההר, נטועה כיום חורשת זיתים.
ג. הארון נותר במקומו, במחילות תת־קרקעיות מתחת למקום קודש הקודשים

במסכת יומא מובאת דעתו של רבי יהודה הסבור שארון הברית נותר במקומו, בקודש הקודשים, ורק נטמן במחילות תת־קרקעיות המצויות תחתיו. כך כתב גם הרמב"ם (בית הבחירה ד, א): "ובעת שבנה שלמה את הבית וידע שסופו ליחרב בנה בו מקום לגנוז בו הארון למטה במטמוניות עמוקות ועקלקלות, ויאשיהו המלך צוה וגנזו במקום שבנה שלמה".
על פי מהנדס העיר ירושלים במאה ה־19, ארמטה פיירוטי, מחילות כאלו אכן מצויות מתחת לאבן השתייה שבכיפת הסלע. מתחת לסלע בפסגת הר הבית חצובה מערה ולטענתו ברצפת המערה קיים בור עמוק המכונה בפי המוסלמים "בור הרוחות". האם שם יש לחפש את ארון הברית?
ד. נגנז בידי ירמיהו בהר נבו

זו דעת ספר חשמונאים ב' (ב, ה-ח): "ויהי בבואם ההרה אשר עלה עליו משה לראות את הארץ, וימצא ירמיהו שם מערה ויסתר בה את האוהל ואת הארון ואת מזבח הקטורת ויסתום את פיה. ומקצת האנשים אשר הלכו אתו בקשו לעשות להם אות, וילאו למצוא את המערה. וישמע ירמיהו ויגער בם ויאמר: אל ידע איש את המקום, עד אשר יקבץ ה' את עמו ונתן להם רחמים. אז יגלה ה' את המקום, וכבוד ה' יופיע בענן, כאשר היה בימי משה ובימי שלמה בהתחננו אל ה' לקדשו".
ייתכן שהדברים מתבססים על פסוקים מפורשים בספר ירמיהו (ג, טז-יז) בהקשר של ארון הברית, שם נכתב שהארון איננו עתיד לחזור ולהתגלות: "והיה כי תרבו ופריתם בארץ בימים ההמה נאם ה', לא יאמרו עוד ארון ברית ה', ולא יעלה על לב, ולא יזכרו בו, ולא יפקדו, ולא יעשה עוד".
ה. באקסום, צפון אתיופיה

ארון הברית הוא מוקד חשוב בהשקפה של הכנסייה החבשית ובתרבות באתיופיה בכלל. העתקים של ארון הברית אפשר לראות בתהלוכות שנערכות במדינה הזאת מדי שנה. על פי ה"כְּבְּרַ נַגַשְׂתּ", הסיפור הלאומי המכונן של החבשים, שבגרסאות מסוימות רווח גם בקהילת ביתא ישראל, הבן המשותף של מלכת שבא ושלמה המלך שקרוי מנליק, בא לבקר את אביו שלמה בארץ הקודש. שלמה ניסה לשכנע את מנליק להישאר ולא לשוב לאתיופיה והעניק לו זהב, תכשיטים וכסף רב, אולם מנליק סירב להשתכנע. בעקבות זאת צירף אליו שלמה פמליה מקרב שבטי ישראל, אשר ליוותה את הבן לאתיופיה. המשלחת הזו כללה כוהנים ולויים רבים שעל פי המסורת הנוצרית האצולה האתיופית לדורות הורכבה מהם.
על פי ה"כבר נגשת", בעת הפרידה העניק המלך שלמה למנליק גם העתק של ארון הברית, אולם בנו של צדוק הכוהן שהתלווה למנליק החליף בין הארון האמיתי להעתק, וזה המקורי נלקח לאתיופיה ושוכן עד היום הזה ב"כנסיית גבירתנו מרים מציון" בעיר אקסום שבצפון ההררי של אתיופיה – הכנסייה החשובה במדינה הזאת ואחת העתיקות בה.
קיימים גם חוקרים עכשוויים שמקבלים את הטענה שהארון נלקח לאתיופיה, אם כי מאחרים את מועד לקיחתו לימי מנשה מלך יהודה בסוף ימי הבית הראשון. לפי ההשערה הזאת, הארון הוברח אז מבית המקדש למצרים, לאי יב – אלפנטינה – שעל הנילוס, שבו שכן באותה עת מקדש יהודי מתחרה לזה שבירושלים. לפי הגישה הזאת, משם המשיך הארון במסעו עד לאקסום שבאתיופיה.
ו. באתר קבר דוד

פרופ' יהודה אליצור ז"ל ציטט פסוק משונה מספר דברי הימים (ב, לה, ג) המתייחס למלך יאשיהו, אחד ממלכי בית דוד האחרונים, פסוק שמוזכר בהקשר לחגיגת הפסח התקדימית שערך יאשיהו לכל קהל ישראל: "ויאמר ללויים המבינים, לכל ישראל הקדושים לה', תנו את ארון הקודש בבית אשר בנה שלמה בן דויד מלך ישראל, אין לכם משא בכתף".
אליצור הסיק מכאן שארון הברית לא היה נתון באותה עת במקומו בקודש הקודשים, אחרת לא היה צורך להביא אותו ממקום אחר. מהיכן היה צריך להביא את הארון? הוא סבור שככל הנראה מאתר קברי מלכי בית דוד. קברי בית דוד המקוריים שכנו בעיר דוד, וככל הנראה מספר נחמיה שכנו סמוך לברכת השילוח, אבל החל מימי המלך מנשה, סבו של יאשיהו, לא קברו עוד שם, כנראה מחוסר מקום. במלכים ב' (כא, יח) נכתב על כך: "וישכב מנשה עם אבותיו, ויקבר בגן ביתו בגן עוזא". בהמשך נראה ששם נקברו גם אמון ויאשיהו שמלכו אחריו.
מנשה חצב אם כן קבר מלכותי חדש, ששימש גם את הבאים אחריו, ולדעת אליצור העביר לשם גם את קברותיהם של קודמיו, כמו גם האוצרות הרבים שנקברו עמם כנהוג בעת ההיא. יוסף בן מתתיהו העיד (קדמוניות יג 942) שהמלך החשמונאי יוחנן הורקנוס ציווה להוציא מקברי מלכי בית דוד אוצרות בסכום של 3,000 כיכר כסף כדי להתגבר על מצוקה כספית קשה. אליצור מתאר שהאזכור ההיסטורי הזה הביך היסטוריונים ופרשנים, שהתקשו להבין כיצד ייתכן שרב הטבחים הבבלי נבוזראדן לא נטל את האוצרות הללו עוד מאות שנים קודם ליוחנן הורקנוס. לו היה לוקח את אלו הדבר היה מן הסתם מוזכר בהרחבה בתנ"ך ובמקורות חיצוניים. אם נבוזראדן לא בזז את האוצרות הללו, מסיק אליצור, משמע שבימיו לא היו ידועים כלל משום שמערות הקבורה בעיר דוד היו אז ריקות.
היכן אותו גן עוזא – חלקת גדולי האומה החדשה שייסד מנשה? יש המציעים שזהו האתר המכונה בימינו "קבר דוד", שבהיותו בהר ציון ולא בעיר דוד בוודאי איננו האתר המקורי שבו נקבר מייסד השושלת. לגביו הרי נאמר "וייקבר בעיר דוד". אם נכונה הטענה שזהו מקום מערת הקבורה המלכותית מימי מנשה והלאה, הדבר מסביר מדוע נקרא כיום המקום "קבר דוד".
אם מנשה העביר אל אחוזת הקבר החדשה את קברי בני השושלת על האוצרות שבהם, משער אליצור, לא מופרך שהעביר לשם גם אוצרות אחרים, וליתר דיוק – את האוצר הלאומי בה' הידיעה: ארון הברית. לדעתו כרה שם מנשה מערת מבוך סבוכה שבה ביקש להסתיר את נכסי הממלכה – אלו הכספיים ואלו הרוחניים, ולהגן עליהם מפני ידם הארוכה של כובשים מצפון או מדרום. ארון הברית בוודאי לא נפל מכל האוצרות האחרים בחשיבותו – הוא הרי היה הן נכס כספי בהיותו עשוי זהב טהור, וללא ספק גם נכס לאומי, החפץ הראשון שהבבלים היו ששים להניח ידם עליו.
המאמץ, אם כן, הצליח. אנשי נבוכדנצר לא גילו את חלקת הקבר החדשה ולא נטלו את אוצרותיה עמם לבבל. פעם אחת בלבד, סבור אליצור, הובא הארון ממחבואו בידי "הלויים המבינים", כלומר אלו שידעו היכן הוא טמון, אל מקומו בקודש הקודשים – בחג הפסח בימי יאשיהו כאמור. מאז והלאה, הודיע המלך ללויים, "אין לכם משא בכתף". מעתה ייוותר הארון במחבואו. אולי עד היום הזה הוא עודנו שם.