מדינת ישראל השמידה את הכור הגרעיני בסוריה בקיץ 2007 – כך הותר הבוקר לפרסום. אחרי שנים ארוכות של שתיקה מפרסמת לראשונה מערכת הביטחון פרטים רשמיים על מבצע 'מחוץ לקופסא', שבו הותקף והושמד הכור באזור דיר א-זור שבצפון מזרח סוריה. בלילה שבין ה-5 ל-6 בספטמבר תקפו מטוסי קרב של חיל האוויר את הכור שהיה בשלבי הקמה מתקדמים ונבנה בסיוע מומחי גרעין מצפון קוריאה.
מבנה של שמונה מטוסים – רביעיית F-15 ורביעיית F-16, שהמריאו מבסיסי חיל האוויר בחצרים וברמון, טסו אל הכור שנבנה באזור דיר א-זור, 450 ק"מ צפון מזרחית מדמשק, והשלימו את המלאכה, אחרי חודשים ארוכים של איסוף מודיעין על הכור והפעילות המתקיימת בו. אחרי עבודה נרחבת, קבעו באגף המודיעין כי הכור יהפוך מבצעי לקראת סוף שנת 2007, ובתגובה החליטו בדרג המדיני להיערך לתקיפה של היעד המדובר.
על פי חומרים שמפיץ לראשונה צה"ל, כבר משנת 2005 זיהו גורמי המודיעין של הצבא את פרויקט הגרעין הסורי, ובשיתוף פעולה עם המוסד, גיבשו תמונה ברורה שהצביעה על הפעילות הגרעינית המתנהלת בסוריה. בחטיבת המחקר הוקם צוות גדול שעסק באיתור מודיעין על הפעילות בכור ובניתוח האסטרטגיה הסורית בתחום הגרעין במהלך חודש מרץ 2007 התגלה האקדח המעשן, בזכות מבצע חשאי של סוכני מוסד שהצליחו להשתלט על חומרים מפלילים בנוגע להקמת הכור – כפי שפורסם בניו-יורקר.
סוכני המוסד פעלו באחת ממדינות אירופה והצליחו להשיג את החומרים, ובזכות פעילות מוצלחת החל לנוע גלגל השיניים הישראלי. בתחילת ספטמבר 2007 יצא לדרך המבצע לתקיפת הכור, ובלוח זמנים קצר, תוך מספר שעות, נערכו בחיל האוויר לעלות לאוויר ולצאת לדרך. במקביל, במטה הכללי הוצגו תרחישים של התדרדרות והסלמה במצב הביטחוני בעקבות התקיפה ומתוך חשש לתגובה חריפה של הסורים על הפעילות הישראלית.

בלילה שבין ה-5 וה-6 בספטמבר, מעט אחרי חצות, הגיעו אל בור חיל האוויר בקריה ראש הממשלה אהוד אולמרט, שר הביטחון אהוד ברק, שרת החוץ ציפי לבני, הרמטכ"ל גבי אשכנזי וקצינים בכירים נוספים שעקבו מקרוב אחר התקיפה, ראו על מסכים את תנועת המטוסים ושמעו את אמצעי הקשר. את התקיפה בפועל ביצעו אמנם שמונה מטוסים, אך באוויר באותן שעות היו מטוסי קרב נוספים לחיפוי ומטוסי תדלוק.
בצה"ל זכה הכור לכינוי "עין הבשור" ובשעה 22:30 יצא לדרך המבצע "מחוץ לקופסא". בשעה 2:30 הוא הסתיים אחרי שהוטלו בשטח 18 טון של חומר נפץ, ומטוסי חיל האוויר נחתו בשטח ישראל. באגף המודיעין העריכו לאחר התקיפה כי הכור נפגע לחלוטין וכי בעקבות התקיפה הוא כבר ללא יכולת שיקום. במערכת הביטחון החליטו לאחר התקיפה שלא לפרסם אותה ובטח שלא ליטול עליה אחריות, עד הבוקר.
"הגדרת המשימה הצה"לית הייתה סיכול הכור, מניעת התדרדרות למלחמה וחיזוק ההרתעה. אני חושב שעמדנו בשלושת המטרות האלה בצורה יפה, לפחות לעת הזו, בכל אחד משלושת המרכיבים שלה", אמר גבי אשכנזי, הרמטכ"ל באותם הימים, בשיחה עם מפקדי הטייסות. גם אחת עשרה שנים לאחור ברורה חשיבות הפעולה הישראלית, בייחוד לאור העובדה כי עד לפני כמה חודשים שלטו באזור דיר א-זור כוחות של המדינה האסלאמית.

"אני מלא הערכה לתכנון, לביצוע וליוזמה, לתחבולה ולהפתעה", הוסיף אשכנזי. "האופן שבו המשימה בוצעה מוכיח יכולות למשימות נוספות ובהתראות יחסית קצרות. אני שמח על קבלת ההחלטה, שהייתה חשובה למדינת ישראל וגם על אופן הביצוע. זו מערכה שיש לה יותר משלב אחד. לא מדובר רק בסיכול הכור אלא גם במה שקורה אחר כך. בסיכומו של דבר אני חושב שהמשימה בוצעה באופן מקצועי ועל הצד הטוב ביותר".
אהוד ברק, שהיה שר הביטחון באותה התקופה אמר באותו מפגש כי "המשימה הזו ואופן ביצועה הסירו איום ממשי עם חשיבות קונקרטית למדינת ישראל. המבצע העצים, חידש ושיקם את יכולת ההרתעה של ישראל גם ביכולת הביצוע גם דרך יכולת התכנון והכנה וגם דרך היכולת המודיעינית לזהות".