הרבנות הראשית לא חיכתה לתום מלחמת ששת הימים כדי לקיים דיון עקרוני על מדיניותה כלפי הר הבית. עוד במהלך מלחמת ששת הימים, יומיים אחרי שחרור ההר, התיישבו בכירי רבני ישראל בדור ההוא כדי לגבש את אופן ההתייחסות הראוי להר. מהדיון ההוא מוכר בעיקר כרוז הרבנות הראשית שלא השתנה מאז ועד היום, הקובע שאין לעלות להר הבית מפאת קדושתו. הרבנים קבעו כך לנוכח הנהירה העצומה אל ההר, שלא פסקה מרגע שחרורו ונעשתה ללא כל הגבלה או הבחנה בין דרגות הקדושה שם, כולל הכניסה למקום המקדש עצמו.
מהדיון ההוא מוכרות פחות התבטאויות הרבנים על ההכרח לקבל את האחריות על ההר. הנוכחים בדיון הוטרדו מאוד מהמחשבה שהאתר ישוב להיות מסגד בלבד, ונלחמו בממשלה ואף בשר הדתות, איש המפד"ל זרח ורהפטיג, שלחצו להעביר את ההר כולו, במהירות, לשליטה דתית זרה.
הנה מבחר ציטוטים.
הרב הראשי יצחק נסים: "דברים עומדים להיעשות בהר הבית ובכותל המערבי, דברים שגם מטעמים פוליטיים וגם מטעם הקדושה אסור לנו לוותר עליהם ולעבור עליהם בשתיקה. היינו רוצים (מההמשך מתברר שכוונתו שהממשלה רוצה, א"ס) להעמיד על הר הבית גויים כשומרים. אני חלקתי על דעת ראש הממשלה ושר המשפטים בעניין זה. היום אני רואה שמוסרים את זה לשר הדתות והוא כבר מינה ועדה נוצרית. על זה האפיפיור יטען ויצדק שזו הודאה שאין לנו שום עניין וחלק בזה (בהר, א"ס) ושורש וענף להיאחז בו. גם כלפי האו"ם זו סכנה, ולכן מוכרחים למנות גם יהודים לשמירת הר הבית כי זה גם שלנו".
חבר בית הדין הגדול, הרב בצלאל ז'ולטי: "לפי הדין מצווה לשמור על הר הבית, רק הבעיה היא איך אפשר. צריכים להיות מאוד זהירים ולא למסור את העניין למשרד הדתות".
הרב נסים: "עלינו להודיע לשר הדתות שהשומרים על הר הבית יהיו לפחות בשותפות איתנו".
הרב ז'ולטי: "הפיקוח יהיה רק לרבנות וצריך להעמיד מחיצה ולהקים ועדה לברר הלכה ולהעמיד שומרים. יש לעמוד בקשר עם חיים הרצוג (המושל הצבאי הראשון של "הגדה המערבית", א"ס) בהקדם והוא יעמוד איתנו ביחד על המשמר כדי למנוע שחס ושלום לא להפוך את המקום לאתר תיירות".
הרב הראשי איסר יהודה אונטרמן: "כבאי כוח ישמשו מכל המגזרים, ולכן כדאי שמקום המקדש יהיה שייך לרבנות. ולא כל השטח שייך למסגד".
הרב כתריאל פישל טכורש, חבר מועצת הרבנות הראשית: "(את) כל הר הבית צריך למסור לרבנים, והם יחליטו בדיוק איך ומה אפשר לבצע בענייני השמירה וכולי".
הרב שאול ישראלי: "תיקבע בהקדם השמירה על ידינו, ואנו נקים שומרים משלנו חוץ משלהם (של המוסלמים, א"ס) שהם נכנסים לתחומם".
הרב אליעזר גולדשמידט: "להעמיד משמר כבוד על ידי רבנים, וחשוב שזה יראה את יוקרת המקום כמו למקומות קדושים בכל העולם. ולא יעשו (שם) שום טקס בלי רשות הרבנות הראשית".
דבר מכל מה שדובר בישיבה ההיא לא התקיים. הממשלה עם שר הדתות החובש כיפה מיהרה למסור את ההר כולו לידיים מוסלמיות. הווקף שב לשלוט בהר כמעט מיד עם שחרורו, כמובן בלי שותפות של שומרים מטעם הרבנות הראשית. ייתכן שכבר בעת ישיבת הרבנים המדוברת היה מאוחר מדי. המעשה נעשה. כל שנותר לזכרון לדורות מהישיבה ההיא – מסיוון תשכ"ז ועד סיוון תשפ"א – הוא האיסור שגזרה הרבנות על עליית יהודים ההרה.
