המערה השלישית בגודלה בישראל, מערת איילון, ממוקמת באזור מפעל נשר, סמוך ללוד. היא נחשפה באביב 2006 על ידי ישראל נעמן, סטודנט לתואר שני לגיאולוגיה באוניברסיטה העברית, בהדרכתם של פרופ' עמוס פרומקין ופרופ' חיים גבירצמן. מדובר ב־2,700 מטרים של רשת מחילות טבעית שהתגלו מתחת לפני הקרקע והיממו את החוקרים. אחרי סקר ראשוני נתגלה שהמערה עשירה במינים אנדמיים, כאלה שלא קיימים בשום מקום אחר בעולם, ומתקיימים על מקורות אנרגיה ששוררים במערה בלבד.
"כאנשי מערות אנחנו נכנסים מדי פעם למקומות שרגל אדם לא דרכה בהם, וזו מין תחושת ניל ארמסטרונג להלך ראשון במקום לא נגוע. אבל הפעם זה היה מיוחד", משחזר פרומקין, מייסד המרכז לחקר מערות בישראל ואיש המכון למדעי כדור הארץ באוניברסיטה העברית, מן הראשונים שביקרו במקום. "אנחנו צועדים מתחת לאדמה ונתקלים במערכת שרוחשת בעלי חיים, כשהכול מנותק מפני השטח. זה היה מדהים כבר בעת הגילוי, עוד לפני שהמחקרים חידדו עוד את ייחודו של המקום.
"מצאנו בעלי חיים מחוץ למים ובתוך המים, והבנו שזה אתר שאין לו אח ורע בעולם. ערכנו מסיבת עיתונאים גדולה, ואפילו נייצ'ר, כתב העת המדעי המוביל בעולם, פרסם ידיעה על גילוי המערה. אני עוסק במערות למעלה מחמישים שנה, וזו אחת החוויות הגדולות עבורי אם לא הגדולה שבהן".
במערה נמצאו שלל בעלי חיים עיוורים ונטולי צבע שעברו אבולוציה והסתגלו לחיי המערות. אחד מהם הוא עקרב נטול עיניים שאין לו אח ורע בעולם – למעט קרובי משפחה רחוקים ומנווני עיניים מאזור הקו המשווה. בעקבותיו הוגדרה משפחה חדשה למדע; לא מין חדש, דבר שמתרחש מפעם לפעם, אלא משפחה.
רק לאחרונה פורסם בכתב העת מאמר אקדמי מאת פרומקין, נעמן וד"ר חנן דימנטמן, שעסק בחשיבות האקולוגית המכרעת של יושבי המערה. המאמר שופך אור על ההיסטוריה הביו־גיאוגרפית והגיאולוגית בת מיליוני השנים של אזור המזרח התיכון, ומחדד עוד את חשיבותה של המערה.
אלא שעל פי תוכנית התשתיות הלאומיות 33 א' שפורסמה לא מכבר, שעיקרה הוספת מסילות ברזל לרכבת, בעתיד הלא רחוק יש כוונה להזרים מי שיטפונות למחצבת נשר.

הדבר יגרום לחלחול מים לרשת המערות הייחודית ולערבוב המים החיצוניים עם מי המערה, שניחנו בהרכב ייחודי ובעל משמעות קריטית במערכת האקולוגית הייחודית שמתקיימת שם.
"מדובר בכמויות אדירות של מים, מיליוני מטר קוב בכל פעם, כאשר בתוך המערה עצמה יש בסך הכול עשרות עד מאות קוב מים", מסביר פרופ' פרומקין. "מי המערה מכילים גופרית המזינה מיקרואורגניזמים, והיא למעשה תחליף לאור השמש בתוך המערה המנותקת לחלוטין מתנאי העולם החיצון.
"יש שתי שרשראות מזון שמתבססות על אותה גופרית ועל החיידקים שניזונים ממנה – אחת במים ואחת מחוץ למים. אנחנו לא מכירים אף מערכת קדומה כל כך שאינה חשופה לאור השמש ונעדרת כניסת אנרגיה מבחוץ".
עם פרסום התוכנית להזרמת מי שיטפונות למחצבות נשר, מיהרו חוקרי המערה ומדענים אחרים הנוגעים בדבר לשגר מכתבי התרעה למשרדים המופקדים על קידום התוכנית. פרופ' אוריאל צ'יפמן, ראש החוג למדעי החיים באוניברסיטה העברית, כתב יחד עם עמיתים לתחום, ש"שינוי כזה יביא בוודאי להרס המערכת האקולוגית הייחודית הכוללת פרוקי רגליים הקיימים רק במערה הזו. הנזק שייגרם כתוצאה מן ההזרמה עצום ובלתי הפיך".
בפנייה אחרת כתב שלומי אהרון, דוקטורנט מאוספי הטבע הלאומיים באוניברסיטה, ש"יהיה זה אבסורד אדיר לפגוע באתר הזה לטובת פתרונות תשתית. כמו לסתום בזהב חורים בצנרת הביוב, פשוט מפני שהזהב אולי זמין רגעית.
"אנו מבקשים מכם להוריד מסדר היום את תוכניות האיגום במחצבה, כמו את תוכניות החדרת השיטפונות, ואנו קוראים לרשות הטבע והגנים ולגופים הרלוונטיים להמשיך ולפעול בכל הכוח להכרזת המערה כשמורת טבע, ולשמור על הנכס הייחודי בקנה מידה עולמי שזכינו בו".
פרומקין חותם: "האסון האקולוגי שמאיים על המערה הוא ברמה של ייבוש החולה, לא פחות. גם אם קנה המידה שונה, אין בעולם כמו המערכת האקולוגית של מערת איילון, ובממד הייחודי הזה, האסון העתידי בהחלט עולה על זה של החולה".
מהמשרד להגנת הסביבה נמסר: "המשרד תומך בקידום פתרונות של השהיה ואיגום במעלה כדי למזער את הצורך בקידום תשתיות פחות סביבתיות לניהול מי הנגר ופתרון לניקוז. הועבר לתשומת ליבנו בימים האחרונים כי התוכנית עלולה לפגוע במערת איילון, ואנו פועלים לבחון כיצד למנוע פגיעה במערה הייחודית הזו".