נקודת תורפה משמעותית בממשלת בנט־לפיד מתגלה בימים האחרונים בנושאי דת ומדינה הנפיצים. בשל הרגישות הזו, אין הסכמות במסמך קווי היסוד שנחתם בין הצדדים, אך אליהם יצורף נספח שיעסוק בין היתר בפתיחת מרשם הזוגיות, פתרון לחוק הגיור והצעה למתווה פשרה בכותל המערבי.
כלל ההסכמות בנושאים אלו נקבעו מזמן, עוד לפני מבצע שומר החומות. מתוך הבנה שלשני הצדדים יש וטו, הוחלט שלא לקדם סוגיות שנויות במחלוקת, מלבד מקרים בהם כן מצליחים להגיע לפשרה.
אחד מנושאי הפשרה שאולי יזכו לקידום הוא ברית הזוגיות, שמבקשת להעניק פתרון למנועי חיתון חסרי דת, בהמשך לחוק שקידמה ישראל ביתנו בכנסת ב-2018. האוכלוסיות שירוויחו מההצעה הן קהילת הלהט"ב, עולי ברית המועצות שלא מוגדרים כיהודים ושאר פסולי חיתון.
ההצעה מכילה אפשרות למרשם אזרחי למי שנחשבים חסרי דת, שתכלול את כל מי שלא יכולים להתחתן על פי היהדות. בשל התנגדות רע"ם להכרה בקהילת הלהט"ב, עלתה האפשרות לסייג שמדובר בבתי דין של הרבנות הראשית בלבד ולדלג על בתי הדין השרעיים, אך ייתכן שסעיף כזה יושמט מהניסוח הסופי.
נושא הכשרות יעבור הליך דומה לפתיחת אזורי רישום לנישואים, שעברה בימי ברית האחים בין בנט ללפיד ב־2013. מוסמכים להעניק תעודות כשרות יוכלו לתת אותן בכל הארץ ולא רק באזור אחד, צעד שיצור תחרות, יעלה את רמת השקיפות וייטיב את השירותים שהם נותנים לציבור.
בעניין חוק הגיור, לא התקבלה הסכמה על המתווה שהציע השר לשעבר משה נסים. מצד אחד הוא לוקח חלק מהכוח של הרבנות, אך מצד שני הוא פוגע בגיורים הפרטיים. בעקבות כך, הוחלט על ביזור סמכויות הגיור גם לרבני ערים. עם זאת, כיוון שמדובר בשאלה פוליטית רחבה, עלתה האפשרות שבנושא זה יתאפשר חופש הצבעה.
נקודת המוצא במתווה הכותל היא שהחזרה שלו לסדר היום יכולה לפתור את שלל העתירות שהוגשו על ידי ארגוני רפורמים מחד וארגוני חרד"לים מאידך. השינוי המרכזי יבוא לידי ביטוי בהקמת מועצה ציבורית בראשות יו"ר הסוכנות שתמנה אחראי לנושא. אם במתווה המקורי ביקשו להעניק ייצוג לרפורמים, קונסרבטיבים או כל זרם אחר, כעת לא קובעים שחייב להיות ייצוג כי לא רוצים לקבע מעמד של זרם כזה או אחר. זה עוזר למי שלא רוצה שהמילים "רפורמים" או "קונסרבטיבים" יופיעו, אך מהותית זה לא ישנה המון.
ביטול חוק המרכולים הופיע גם הוא בנספח, אולם בימינה ביקשו שלא יעלה בנוסח הסופי ובהתאם לכך גם כנראה לא יקודם.

בנוסף, עם הפנים לבחירות לרבנות הראשית למדינת ישראל ב־2023, במטרה שייבחר רב ראשי ציוני-דתי, הוחלט על תיקון האסיפה הבוחרת לרבנות הראשית. בין היתר: הוספת נשים, ייצוג לתושבי יהודה ושומרון ועוד.
המועצה, שמבוססת על ראשי מועצות דתיות ורבני ערים, תהיה חרדית ברובה. גם בבחירות 2013 וגם ב־2003, כשישבו המפלגות החרדיות באופוזיציה – ניצחו החרדים בבחירות לרבנות כי הגוף הבוחר נשאר זהה. כעת ישנה הסכמה ששינויו הינו צעד הכרחי להצלחה בהליך המינויים.
בתוך כך, בהסכם נכתב כי סיעות הקואליציה מתחייבות לתמוך בחקיקת חוק גיוס כפי שאושר בקריאה ראשונה בכנסת ה־20, כולל הוראת שעה לתקופת המעבר, כך שגיל הפטור יעמוד על 21. בנוסף וכדי למצוא פתרון כולל לבעיה, ראש הממשלה ושר הביטחון יבחנו הפעלה של מודל חדש שיכלול שירות לאומי־אזרחי. לצורך כך תוקם ועדה בראשות נציג ראש הממשלה ונציג שר הביטחון, וזו תציג את מסקנותיה לממשלה בתוך 90 יום.
"אנחנו הולכים באופן כללי לפוליטיקה של מציאת פתרונות ולא פוליטיקה של מאבק על זהות", אמרה ח"כ תהלה פרידמן בתגובה למהלכים המתוכננים. "אף אחד לא ייצא מרוצה לגמרי. ובמקום שבו נאבקים על זהות, אני בעד שאף אחד לא ינצח".
לדבריה, המהלכים הקטנים יחסית שמתוכננים הם סיבה לאופטימיות. "גם אם לא יפתרו את כל הבעיות, יש פה אפשרויות לקידום, יש ערך למשהו גם אם הוא לא הדבר השלם".
תני פרנק, מתנועת נאמני תורה ועבודה, מסכים עם פרידמן, ואומר כי "הממשלה המסתמנת אולי לא תבצע שינויים גדולים בתחום דת ומדינה אבל נראה שפתרונות רכים, המהווים קונצנזוס רחב בציבור הישראלי, יכולים דווקא בממשלה הזו להיות מקודמים לאחר שנים של קיפאון".
לדבריו, אין סיבה "להקשיב להפחדות" לגבי הממשלה הבאה, שכן הזהות היהודית של המדינה רק תתחזק אם יצליחו לגבש הסכמות: "האופן שבו אנחנו חיים כאן יחד. צמצום הכפייה הדתית, יצירת תחרות ושידוד מערכות בשירותי הדת יוכלו לאחות מעט מן השסע ונקווה שהמלים שיופיעו בהסכמים הקואליציוניים לא ייוותרו על הנייר, אלא יהפכו לתכנית פעולה ממשית אשר תקודם בזריזות וביעילות, עוד במסגרת מאה הימים הראשונים לפעילותה של הממשלה".