כבר בשעות הראשונות לכהונתו, החל ראש ממשלת ישראל הנכנס נפתלי בנט לעסוק בסוגיות הביטחוניות של המדינה. בנט ביקש משר הביטחון בני גנץ לאפשר את המשך כהונתם של המזכיר הצבאי של הממשלה תא"ל אבי בלוט ושל ראש המל"ל מאיר בן־שבת.
בן־שבת נחשב לאחד הגורמים החשובים במערכת הביטחון. בזמן כהונת נתניהו הוא הפך לאחד האנשים הדומיננטיים בהתוויית המדיניות הביטחונית של מדינת ישראל. בנט מודע היטב ליכולותיו של בן־שבת ולגודל ההישגים שלו, ולכן ביקש להשאירו בתפקיד לעת עתה כדי לאפשר רציפות ביטחונית ויציבות.
בין המשימות הראשונות שביצע ראש הממשלה הטרי הוא תדרוך ביטחוני. אתמול (א'), לאחר הטקסים, ישבו ראש הממשלה, ראש המל"ל והמזכיר הצבאי לשיחה בשש עיניים בלשכתו הצנועה של ח"כ בנט, שטרם נכנס ללשכת ראש הממשלה בכנסת. במהלך השיחה קיבל בנט לראשונה בחייו את התדריך הביטחוני המסווג ביותר ונחשף לסודות המדינה הגדולים ביותר.
השיחה התקיימה בעיקר בראשי פרקים והשלושה קבעו סדר יום לפגישת עומק משמעותית יותר. בנט הביע הערכה מלאה על פועלם של השניים וביקש את הישארותם בתפקיד עד להודעה חדשה.
עם כינוס ישיבת הממשלה הראשונה צפוי שר הביטחון בני גנץ להביא לאישורה את הארכת כהונתו של הרמטכ"ל אביב כוכבי. בנט כמובן לא יתנגד לכך וכהונת כוכבי תוארך עד ינואר 2023. זירה נוספת שבנט יצטרך להתמודד איתה במערכת הביטחון היא שירות הביטחון הכללי, ומינויו של ראש שב"כ חדש.
בפני בנט עומדות מספר אפשרויות. לבחור באחד מבין שני הסגנים של ראש השב"כ היוצא, נדב ארגמן. שניהם מכונים ר'. אפשרות נוספת היא בחירה באדם מחוץ לארגון, כזה שהיה חלק מהשב"כ, השתחרר ויחזור בדלת הראשית לפקד עליו.
בזמן כהונתו של נתניהו עלה בין היתר שמו של מאיר בן־שבת לתפקיד. כעת יש סבירות גדולה שזה כבר לא יקרה, בין היתר כי בנט לא ירצה להסתכסך עם שר בכיר בממשלתו, אביגדור ליברמן, שסוחב משקעים רעים עם בן־שבת מאז היה שר הביטחון.
ארגון המוסד, שלא היה תחת סמכותו של בנט כשכיהן כשר הביטחון, ייכנס כעת תחת סמכותו בכהנו כראש הממשלה. בנט יצטרך ללמוד מחדש את הארגון, להעמיק ביכולותיו ובמבצעים שהיו ויהיו בשנים הקרובות – בהם המלחמה הגדולה בגרעין האיראני. בפגישתו הראשונה עם צמרת מערכת הביטחון ילמד בנט דברים שלא ידע עד היום על האויבת הגדולה של ישראל ורק מעטים יודעים.
זווית ביטחונית־מדינית נוספת שבנט יצטרך להיכנס אליה במהרה היא מערכת היחסים של הממשלה עם השותפות במצרים, בירדן וגם עם בעלת הברית הרחוקה רוסיה ומנהיגה ולדימיר פוטין.
מערכת היחסים עם מצרים היא קריטית לייצוב הביטחון במזרח התיכון, בדגש על הגבול עם מצרים והיחסים עם חמאס. השכנה ממזרח, ירדן, משמשת גם היא חלק מייצוב הביטחון באזור. מערכות היחסים בין המדינות ידעו עליות ומורדות, אבל היציבות שלהן היא חלק בלתי נפרד מתפיסת הביטחון של מדינת ישראל.
צלע נוספת שחולקת עם ישראל גבול בשנים האחרונות היא רוסיה של ולדימיר פוטין, שהשפעתו ניכרת בעיקר באזור סוריה ובתמיכתו במשטר האיראני שממשיך להתבסס במזרח התיכון כולו. נתניהו ידע לשמור על מערכת יחסים חמה עם פוטין ולעצום עיניים כשרוסיה לא נעמדה לצד ישראל. מערכת היחסים הזו סבוכה ודורשת תמרון מדיני רחב, בטח נוכח היחסים החמים עם האמריקנים.
דבר אחד כבר הוסדר בהסכמים הקואליציוניים והוא תקצוב תר"ש תנופה שהביא הרמטכ"ל כוכבי וכבר יצאה לדרך. בנט יתמוך בכוכבי ובתוכניתו, והדבר אף עוגן בהסכמים עליהם חתומים שר הביטחון בני גנץ ושר האוצר אביגדור ליברמן. בפעם הראשונה, בצמרת שלושת המשרדים החשובים לצה"ל, מכהנים מי שהיו שרי ביטחון בעבר וראו מקרוב את חשיבות החיזוק התקציבי של צה"ל במציאות הביטחונית הסבוכה.
