מצרים מוגדרת רפובליקה, אף שלמעשה היא מונהגת בידי שלטון יחיד. עד שנת 1952 שרר במצרים שלטון מלוכני. המלך פארוק היה אחרון המלכים, וסגנון חייו הראוותני והבזבזני היה אחד הגורמים הבולטים שהובילו להדחתו בידי הצבא המצרי, במה שנודע כ"מהפכת הקצינים החופשיים". הקצינים בחרו בגנרל מוחמד נגיב לעמוד בשלטון, ושנתיים מאוחר יותר תפס את מקומו גמאל עבד אל־נאצר. הוא כיהן כנשיא מצרים עד שנת 1970. את נאצר החליף אנואר סאדאת, ולאחר הירצחו בשנת 1981 בעקבות הסכמי השלום שחתם עם ישראל החליף אותו חוסני מובארק, ראש "המפלגה הלאומית הדמוקרטית". הוא שלט במצרים לא פחות מ־31 שנה, עד למהפכת "האביב הערבי" ב־2011.
הנשיאוּת היא המוסד העליון במצרים. הנשיא נבחר לתקופה של ארבע שנים, ובניגוד לימי מובארק, כאשר הנשיא היה יכול לשמש בתפקיד שנים ארוכות, החוקה הנוכחית, שהתקבלה ב־2014, מגבילה אותו לשתי קדנציות בלבד. כל אזרח מצרי יכול להעמיד עצמו למשרת הנשיא, לאחר שישיג 30 אלף חתימות של תומכים מהמחוזות השונים במדינה, או לחלופין חתימות של 30 חברי פרלמנט. אפשרות נוספת היא לעמוד בראש מפלגה שיש לה מושב אחד לפחות בבית המחוקקים.
החוקה הראשונה של הרפובליקה המצרית אומצה בשנת 1971 ותוקנה בשנת 1980. היא התבססה על מערכת המשפט האנגלי ו'קוד נפוליאון', המשמרים את עקרונות המהפכה הצרפתית ומבטיחים חירות פרט, חופש דת ומצפון ושוויון בפני החוק. החוקה הכריזה על מצרים כעל רפובליקה ערבית בעלת מערכת דמוקרטית. בהתאם לכך, הבחירות במצרים הן רב־מפלגתיות.
עם זאת, ארגוני זכויות בינלאומיים התלוננו כי בניגוד להצהרות החוקה המצרית, בפועל אין במדינה חופש ביטוי וחירויות אזרח. מובארק, שכאמור שלט במדינה במשך שלושה עשורים, ניסה לחקות את שלטון משפחת אסד בסוריה ולהוריש את משרת הנשיאות לבנו גמאל. בנוסף, הוא ביקש לחזק את כוחו וסמכויותיו של מוסד הנשיאות באמצעות הכנסת 34 תיקונים לחוקה. תיקונים אלה קבעו, בין השאר, כי לא יתאפשר למפלגה בעלת אופי דתי להתמודד בבחירות במצרים – חוק שפגע קשות בכוחם של מתנגדיו העיקריים, תנועת האחים המוסלמים. עוד נקבע כי הנשיא יוכל לפזר את הפרלמנט בלי לערוך משאל עם, וכך למעשה לשלוט בגוף שאמור לחוקק את חוקי המדינה ולפקח על הנשיא. השינויים אושרו במשאל עם, שלטענת האופוזיציה היה מזויף. חוקה זו, שהעניקה לנשיא כוח מופרז, הובילה בין היתר לתסיסה העממית ולהפלת שלטון מובארק בקיץ 2011.

מפלגות קרטון
האחים המוסלמים, שתפסו את השלטון, איבדו אותו אחרי שנתיים לטובת עבד אל פתאח א־סיסי. בעקבות ההתפתחויות הללו, זרמים אידאולוגיים שונים הוצאו מחוץ לחוק ואינם זוכים לייצוג פוליטי, ובהם. מפלגת 'החירות והצדק' של האחים המוסלמים. בד בבד, מפלגות של מהפכנים צעירים שהיו פעילות מאוד בימי סילוק מובארק מהשלטון, נעלמו מהמפה ולא זכו להגשמה פוליטית. 'המפלגה הדמוקרטית הלאומית', שהייתה המפלגה השלטת במצרים במשך 31 שנות כהונתו של מובארק, נקלעה לסכסוכים פנימיים והתפוררה. יוצאיה הקימו שתי מפלגות – מפלגת 'אל־מועמר', שהריצה את שר החוץ עמרו מוסא לבחירות לנשיאות ב־2014, ומפלגת 'התנועה הלאומית', שהריצה אז את אחמד שפיק. גם שתי המפלגות הללו לא שרדו.

יותר ממאה מפלגות פועלות היום במצרים, חלקן מכונות 'מפלגות קרטון', שכן הן אינן מייצגות איש ולא מקיימות פעילות. הפרלמנט הנוכחי מונה 596 חברים, ולמפלגה הגדולה ביותר, 'המצרים החופשיים', יש 65 מושבים בלבד. אחריה ניצבת מפלגת 'עתיד המולדת' עם 53 מושבים, והשלישית בכוחה היא מפלגת 'אל־ופד' הוותיקה, שהוקמה עוד במאה העשירית ומחזיקה היום ב־35 מושבים. רוב הכוח בפרלמנט, 351 מושבים, נתון בידי מועמדים עצמאיים ומקומיים ללא שיוך מפלגתי, שכן הבחירות במצרים נחלקות ל־29 מחוזות.
החוקה הנוכחית, שאושרה במשאל עם בשנת 2014, גובשה על ידי ועדה מיוחדת בשם 'ועדת החמישים', שבראשה עמד שר החוץ והמועמד לנשיאות לשעבר עמרו מוסא. החוקה אושרה בפרלמנט, ומאוחר יותר במשאל עם. על פי החוקה, הנשיא יכול למנות עשרה אחוזים מחברי הפרלמנט כראות עיניו. זכות זו נוצלה כדי להכניס לבית המחוקקים מיעוטים שאינם מיוצגים בו כמעט, כמו נשים וקופטים – זרם נוצרי מקומי.
הממשלה במצרים נבחרת בידי הנשיא, וצריכה לקבל את אישור הפרלמנט. כל חוק שהממשלה רוצה להעביר צריך לקבל את אישור הפרלמנט. בין החוקים הכלולים בחוקה: החובה להגן על המיעוטים במדינה – נוצרים ויהודים – ולאפשר להם חופש דת, אף שכיום חיות במצרים שבע נשים יהודיות בלבד. לנשים מובטח שוויון זכויות אזרחי מלא וייצוג בפוליטיקה, בכלכלה, בחברה ובתרבות, והן מוגנות על ידי בית המשפט לחוקה. על המדינה לדאוג לייצוג נשי במוסדות החוקה והפרלמנט ובמשרות הממשלתיות, ולהגן על נשים מאלימות מילולית ופיזית לסוגיה.
צבא העם
בתי המשפט במצרים מפוזרים ברחבי המדינה ומחולקים על פי ערכאות שיפוטיות. הערכאה הגבוהה ביותר היא בית המשפט העליון, ואדם המעוניין לערער על עונש שקיבל בערכאה נמוכה יכול לגשת למוסד זה ולשטוח בפניו את טענותיו. בית המשפט העליון נענה לא פעם לעותרים וקובע לא פעם כי העונש אינו עולה בקנה אחד עם החוקה המצרית. בית המשפט איננו יכול לבטל חוק שאושר בפרלמנט, אבל הוא יכול לפסוק שחוק מסוים אינו רלוונטי ועל כן אין ליישמו.
מאז רצח סאדאת ב־1981 מוכרז מצב חירום במדינה מדי שנתיים. הוא מאפשר לשלטונות להטיל פיקוח צמוד על התקשורת, להפעיל צנזורה על כל פרסומיה ואף לסגור אמצעי תקשורת, לעצור אזרחים "המסכנים את הסדר הציבורי" או כאלה שחשודים בטרור או בסחר בסמים, להחזיקם במעצר ממושך ולשפוט אותם בבתי דין מיוחדים ללא זכות ערעור.

במצרים קיים עקרון הפרדת הרשויות. בעת משבר, מתפקידו של הנשיא לפשר בין הרשויות השונות. במסגרת החוקה החדשה הנשיא מכהן גם כמפקד הכוחות העליונים, אך אינו יכול לפטר את הרמטכ"ל או את שר הביטחון, והוא ממונה על ידי המועצה הצבאית העליונה.
מקומו של הצבא במצרים משמעותי מאוד. השירות הצבאי הוא חובה, ולכן מדובר בגוף שמייצג בראש ובראשונה את העם ואת ההגנה עליו. הצבא סירב להשתמש בכוחו כדי לסיים את הפגנות המיליונים שקראו למובארק ללכת הביתה, ולמעשה הצבא הוא שאילץ את מובארק להתפטר מתפקידו.
הצבא המשיך למלא תפקיד מרכזי בשורת המהפכות שהתחוללה במצרים בשנים האחרונות. אחרי המהפכה ב־2011, המועצה הצבאית העליונה, גוף המונה 20 קצינים בכירים, שלטה בפועל במדינה. הגנרל מוחמד חוסיין טנטאווי, שעמד בראשה, הורה לפזר את הפרלמנט ולבטל את השינויים בחוקה שהכניס הנשיא המודח. כמעט שנה שלמה כיהן טנטאווי כנשיאה בפועל של מצרים עד שהתקיימו בחירות לנשיאות, ובהן ניצח מוחמד מורסי, נציג האחים המוסלמים.
כחלק מהרפורמות שביצעו האחים המוסלמים במצרים פיטר מורסי את טנטאווי מתפקידו, ומינה במקומו את הגנרל עבד אל־פתאח א־סיסי לשר ההגנה והמפקד העליון של הכוחות המצריים. האחים המוסלמים ניסו להשפיע גם על הפרלמנט, על החוקה ועל בית המשפט המצרי, ולכפות את חוקי השריעה על מערכת המשפט המצרית. הדבר עורר שוב מהומות במצרים והוציא עשרות מיליונים לכיכר תחריר ולרחובות הערים. הדרישה לסיים את משטר האחים המוסלמים נתקלה באלימות שלטונית קשה. הצבא הפעיל שוב את כוחו, ובסופו של דבר סיסי, שכאמור מונה בידי מורסי, הדיח אותו מתפקידו. מאוחר יותר הכניסה מערכת המשפט את מורסי ואת בכירי האחים המוסלמים לכלא.

