טקס הכניעה של ראשי עיריית ירושלים בפני הגנרל הבריטי אדמונד אלנבי התקיים ביום שלישי בבוקר, 11 בדצמבר 1917, ליד שער יפו בעיר העתיקה. אלנבי היה הכובש הנוצרי הראשון של עיר הקודש מאז שהצלבנים עזבו אותה. במשך יותר מ־700 שנה הייתה העיר נתונה לשליטה מוסלמית בלבד. העברת השליטה בירושלים לשליט חדש עוררה דאגה וחשש בקרב התושבים. הם חששו מפני הבאות, ורצו לדעת אילו שינויים יביא איתו השליט הנוצרי החדש הזה. בטקס שנערך על מדרגות המצודה ("מגדל דוד") הודיע אלנבי שלעת עתה יינתנו הארץ והעיר בידי ממשל צבאי. הוא הבטיח לכולם שהסטטוס־קוו יישאר בתוקף כדי שכל חלקי האוכלוסייה יוכלו להמשיך לממש את זכויותיהם המסורתיות בכל האתרים הקדושים שלהם.
"היות שחסידי שלוש הדתות הגדולות של האנושות חשים חיבה לעירכם, ואדמתה קודשה בתפילות ובמסעות העלייה לרגל של אנשים אדוקים משלוש הדתות הללו במשך מאות רבות בשנים", הוא אמר, "לפיכך הריני לידע אתכם כי כל מבנה מקודש, יד זיכרון, מקום קדוש, מקדש, אתר מסורתי, הקדש, אתר ירושה דתית או מקום תפילה מסורתי מכל צורה שהיא, של כל שלוש הדתות, יישמר ויוגן על פי המנהגים והאמונות הקיימים של אלו שלדתם הוא מקודש".
אך בתוך כמה שעות ממתן ההצהרה ההיסטורית הזו שינה הגנרל אלנבי את כללי הגישה להר הבית, שהתקיימו יותר משבעים שנה. במברק שנשלח לקבינט המלחמה בלונדון הוא פירט את פקודותיו בנוגע להר הבית: "שומרים הוצבו על המקומות הקדושים. מסגד עומר וסביבתו הונחו תחת שליטה מוסלמית, וסביב המסגד הוקם משמר צבאי של קצינים וחיילים מוסלמים מהודו, שקיבלו פקודה ששום לא מוסלמי לא יעבור ללא אישור המושל הצבאי והמוסלמי האחראי".
ההחלטה לסגור את הגישה להר הבית לכולם מלבד למוסלמים הייתה שינוי גדול בסטטוס־קוו. זה היה שינוי דרמטי כי הוא חרג ממדיניותה המסורתית של בריטניה במאה ה־19, כאשר היא לחצה על הסולטאן העות'מאני לכבד את זכויותיהם של בני כל הדתות ולאפשר לכולם גישה חופשית להר הבית. גם במשא ומתן בינלאומי בקשר עם הסכמי השלום אחרי מלחמת קרים, התעקשה בריטניה על חופש הגישה להר הבית לכולם, גם לנוצרים וליהודים.
למעשה התקנה לא שרדה זמן רב. בתוך שלושה חודשים הסכים קבינט המלחמה בלונדון לבטל את האיסור על עליית לא מוסלמים, בגלל לחצים של כמה כנסיות פרוטסטנטיות אנגליות שדרשו להחזיר את המצב לקדמותו ולאפשר לכל מי שאינם מוסלמים להיכנס להר הבית. בעקבות זאת נאלץ אלנבי לבטל את פקודתו בנידון, ולא מוסלמים נהרו שוב להר הבית לפי הכללים שהיו לפני הכיבוש הבריטי.
אף על פי כן, ניהולו השוטף של האתר נותר בידי הווקף. השליטה המוסלמית בהר הבית התחזקה עוד יותר בשנת 1922, כאשר המופתי חאג' אמין אל־חוסייני, שהיה גם נשיא המועצה המוסלמית העליונה, העביר את משרדו מבניין ממשלתי במרכז העיר אל הר הבית. כעת היו מקרים רבים שבהם נמנעה כניסת יהודים ונוצרים לאתר הקדוש. הרשויות הבריטיות הסכימו בשתיקה או במעשה לסגירת הר הבית במקרים כאלו.
כאשר הלורד ארתור ג'יימס בלפור (שהיה נוצרי כמובן) בא לביקור בארץ ב־1925, מנע הווקף את עלייתו להר הבית בכך שסגר את כל שעריו, כחלק ממחאה ארצית שהכריז הוועד הפועל של הקונגרס הערבי הפלסטיני נגד ביקורו של בלפור "הציוני". משטרת המנדט לא נקטה פעולות כלשהן כדי לאפשר את ביקורו בהר הבית, וטענה כי התקבלו איומים רבים על חייו. בשנת 1929 סגר הווקף את הר הבית לחלוטין בפני יהודים. ההוראה הזו נותרה בתוקף עד כ"ח באייר תשכ"ז.
מארכיוני ממשלת בריטניה מימי מלחמת העולם הראשונה עולה שהרעיון להגביל את הכניסה להר הבית או להעביר את השליטה בשעריו למוסלמים לא היה יוזמה פרטית של גנרל או של בירוקרט מסוים, אלא תוצאה של שינוי מדיניות וסדרי עדיפויות ברמות השלטון הגבוהות ביותר.
מיום שנכנסה האימפריה העות'מאנית למלחמת העולם הראשונה לצד גרמניה, בנובמבר 1914, הכפילה הממשלה הבריטית את מאמציה לא להרגיז את נתיניה המוסלמים בשום צורה שהיא. במלחמה נגד העות'מאנים, הייתה האימפריה תלויה במיוחד בתמיכתה של האוכלוסיה המוסלמית הגדולה בהודו. מקבלי החלטות בכירים הבינו מוקדם מאוד שאם בריטניה תהיה אחראית לפגיעה כלשהי באחד האתרים הקדושים לאיסלאם, אף מוסלמי בעולם לא יוכל לסלוח לה על כך.
ביום כניסת טורקיה למלחמה, הכריז הח'ליף העותמני על ג'יהאד וציפה שכל המוסלמים בעולם יתמכו במאבק נגד בריטניה ובעלות בריתה. התגובה המיידית של בריטניה לג'יהאד הייתה לעודד את הלאומיות הערבית. היא הבטיחה עצמאות לכל הערבים לאחר שהשלטון העות'מאני יסולק מארצותיהם. דוגמה חשובה אחת למאמץ הזה אפשר למצוא בחילופי מכתבים בין השריף של חג'אז, האמיר חוסיין בן עלי, ובין סר הנרי מקמהון, הנציב העליון הבריטי בקהיר. בעקבות ההתכתבות הסכימה בריטניה באוקטובר 1915 לתמוך במדינה ערבית עצמאית בתור פרס להשתתפות המלך במרד בריטי־ערבי משותף נגד הצבא העות'מאני.
הבטחת העצמאות הלאומית לאמיר חוסיין שיקפה את המלצתה הקודמת של ועדת דה־בונסן, ועדה בין־מחלקתית שהקימה ממשלת בריטניה בראשית 1915 לגיבוש יעדי האימפריה למלחמה במזרח הקרוב. הדו"ח הסופי של הוועדה הופץ ביוני 1915, אך נשמר בסוד במשך יותר מ־50 שנה. אחת השאלות שוועדת דה־בונסן דנה בהן בהרחבה הייתה אם בריטניה צריכה להביא בחשבון את השאיפות הפוליטיות החזקות שרווחו בעולם המוסלמי או להתחשב רק באינטרסים הדתיים של המוסלמים. הוועדה גיבשה תשעה יעדים לאזור המזרח הקרוב לאחר תבוסת טורקיה. היעד השביעי קבע שהמקומות הקדושים למוסלמים צריכים "להישאר תחת שלטון מוסלמי עצמאי".
כמה שבועות לפני כניסת הצבא הבריטי לירושלים, בפיקודו של גנרל אלנבי, הורה קבינט המלחמה להכריז "בכל העולם המוסלמי שאנו מגינים על הדת המוסלמית ומכבדים את כל המקומות הקדושים של המוסלמים". ההבטחה חלה בייחוד על "מה שמכונה מסגד עומר, שכל המוסלמים רואים בו את המקום השלישי בקדושתו לאסלאם אחרי מכה ומדינה". נוסח הכרוז אושר בקבינט המלחמה בישיבתו ב־19 בנובמבר 1917.
בתחילת 1918, שבועות ספורים לאחר שכבש גנרל אלנבי את ירושלים, דן קבינט המלחמה בלונדון בדאגותיו של האמיר חוסיין לגבי עתידו של העם הערבי. הלורד בלפור, שר החוץ, הציע תשובה בת שלושה סעיפים. בסעיף הראשון הוא הציע להקים משטר בין־לאומי שבאחריותו יהיו כל המקומות הקדושים לכל הדתות.
הוא הוסיף ש"מסגד עומר יהיה תחת שליטה מוסלמית בלעדית ולא יהיה כפוף, במישרין או בעקיפין, לשום רשות שאינה מוסלמית". המסר הזה הועבר לאמיר חוסיין וכנראה גם לגנרל אלנבי, ובתוך זמן קצר זה הפך לקו המנחה הבלתי כתוב של הממשל הצבאי ומאוחר יותר של הממשלה המנדטורית האזרחית של פלשתינה.
לאחר מכן דן קבינט המלחמה בשאלה כיצד ליישם את ההנחיות. ב־24 בינואר 1918 שלח הלורד בלפור לסר רג'ינלד וינגייט, המושל הבריטי של מצרים, מברק ובו הנחיות למדיניות שיש לנהוג בה "כדי להשיג את מלוא התועלת מעמדתנו בסוגיית פלשתינה". הסעיף השישי משבעת הסעיפים במברק עסק בביטחון ובשמירת הסדר במקומות הקדושים. בלפור המליץ להשתמש ב"משטרה אזרחית, בשליטת בריטניה, שתגויס מהעדות השונות שיש להן אינטרס דתי בשמירה על המקומות הקדושים".
מועצת חבר הלאומים תמכה במדיניות זו, וכאשר הפקידה את המנדט על פלשתינה בידי ממשלת בריטניה בשנת 1922 היא קבעה במפורש ש"דבר בסעיף זה (סעיף 13, העוסק בחופש הפולחן, מ"ל) לא יתפרש כהתערבות של שלטונות המנדט במרקם או בניהול של המקומות המוסלמים הקדושים, אשר חסינותם מובטחת".
אף שההחלטה של אלנבי על סגירת הר הבית בפני מי שאינם מוסלמים בדצמבר 1917 בוטלה בתוך שלושה חודשים, כל מה שקרה בשנים שלאחר מכן הצביע על כך שלא בוטלה המדיניות הבריטית החדשה שראתה בהר הבית אתר קדוש למוסלמים בלבד. כתוצאה ישירה ממדיניות זו איבדה ממשלת המנדט את השליטה בהר הבית בשנים הבאות. למשל, המופתי חאג' אמין אל־חוסייני אמר לוועדת שאו ב־4 בדצמבר 1929 שלקהילה המוסלמית אוטונומיה מלאה וסמכות על כל אתריה הקדושים, כולל אל־חרם אל־שריף (הר הבית) ואל־בוראק (הכותל המערבי). כמנהיג העדה המוסלמית הוא הפעיל סמכות שיפוט בלעדית, והחליט מי רשאי להיכנס להר הבית ומי אינו רשאי.
תקרית שאירעה כמעט עשור לאחר מכן אישרה את דיוק הצהרתו של המופתי. כאשר לואיס אנדרוז, עוזר נציב המחוז הבריטי בגליל, נרצח באוגוסט 1937, החשד לאחריות לפשע נפל על המופתי ומפלגתו הפוליטית. המופתי, שהיה בסכנת מעצר, מצא מקלט בהר הבית, ושם גוננו עליו שומרי ראשו. המשטרה הבריטית לא העזה לעצור אותו.
כיצד הגיבו היישוב והעולם היהודי לסגירת הר הבית ליהודים? אף שהיישוב הישן והיישוב החדש היו שונים לחלוטין בהשקפות העולם שלהם ובגישותיהם, תגובתם לסגירת הר הבית הייתה דומה להפליא, גם אם נבעה מנקודות מוצא שונות. שתי הקבוצות התנגדו לביקור יהודים בהר הבית.
רבני היישוב הישן אסרו על יהודים לעלות להר. הם לא הסתפקו באיסור ההלכתי אלא אף הכריזו חרם על העולים להר הבית. בשנת 1921 פרסם הרב הראשי הראי"ה קוק זצ"ל מחדש את האיסור שהכריזו רבני ירושלים בשנות החמישים של המאה ה־19. לפני החגים נהג הרב קוק לפרסם כרוז אזהרה בעברית ובאנגלית כדי להזהיר את כל המבקרים מפני עלייה להר הבית.
האסטרטגיה של המנהיגים הציוניים התבססה על הנחות יסוד אחרות. שם התמקדו בתמיכה במפעלי ההתיישבות של היישוב החדש. ירושלים בכלל והר הבית בפרט לא היו בראש מעייניהם, ומכיוון שהם חשבו שהר הבית עשוי להפוך לנקודת מחלוקת בין היהודים לערבים, הם ויתרו מראש על כל טענה ביחס אליו.
הדבר התבטא במפורש במסמכים כמו ההסכם בין חיים ויצמן, נשיא ההסתדרות הציונית, לאמיר פייסל, בנו של האמיר חוסיין ממכה ומנהיג תנועת העצמאות הערבית, הקובע שהמקומות הקדושים לאסלאם יהיו תחת שליטה של מוסלמים בלבד. ההסכם הוגבל לשטח הר הבית ולא כלל את הכותל המערבי או את ירושלים.
כבר בדצמבר 1917 כתב חיים ויצמן, נשיא הפדרציה הציונית הבריטית, להרברט סמואל, חבר הקבינט הבריטי, שלימים יהיה לנציב העליון הבריטי הראשון בפלשתינה (א"י), כדי להפריך את השמועות שהציונים החליטו לוותר על כל תביעה בירושלים – אבל על הר הבית הוא היה מוכן לוותר. במקום זאת, ויצמן העביר את "בית המקדש" מהר הבית להר הצופים, שם הוא היה שותף להקמת האוניברסיטה העברית שבמכתב לאשתו כינה "בית המקדש השלישי". גם בקרב יהודי חו"ל לא נמצאה התנגדות ניכרת לסגירת הר הבית ליהודים.
התגובה היהודית – ולמעשה היעדרה – הקלה על הרשויות הבריטיות להתמודד עם דרישות הערבים לשליטה בהר הבית. אף שרוב הציונים היהודים והלא יהודים האשימו את הממשל הצבאי בהיותו אנטי־ציוני או אנטישמי, במקרה של הר הבית לא הוזכרה האשמה זו. ההחלטות הבריטיות חפפו את עמדות כל היהודים.
