1. יהושע בן יהוצדק
משנת 538 לפנה"ס
נכדו של שריה בן עזריה, הכוהן הגדול האחרון בבית הראשון, מונה לראשון הכוהנים הגדולים בבית השני. נמנה על בני צדוק ממשמרת ידעיה. אביו יהוצדק היה מגולי בבל, והומת שם בידי נבוכדנצר.
2. יויקים
ראשית המאה החמישית לפנה"ס
בנו של יהושע בן יהוצדק (נחמיה י"ב, י').
3. אלישיב
אמצע המאה החמישית לפנה"ס
נכדו של יהושע בן יהוצדק (נחמיה י"ב, י').
4. יוידע בן אלישיב
סוף המאה החמישית לפנה"ס
נינו של יהושע בן יהוצדק (נחמיה י"ב, י'). אחד מבניו היה חתנו של סנבלט החורני, מבכירי צרי יהודה, ונחמיה טרח לגרשו מעל פניו וכנראה גם מירושלים (נחמיה י"ג, כ"ח).
5. יונתן (במקום אחר: יוחנן) בן יוידע
תחילת המאה הרביעית לפנה"ס
בן נינו של יהושע בן יהוצדק (נחמיה י"ב, י"א).
6. ידוע
350־330 לפנה"ס
נכד נינו של יהושע בן יהוצדק (נחמיה י"ב, י"א). הכוהן הגדול האחרון המוזכר בתנ"ך. לפי יוסף בן מתתיהו, הוא קידם את פני אלכסנדר מוקדון בכובשו את הארץ בשנת 333 לפנה"ס, הצליח להפר את עצת השומרונים (הכותים) נגד המקדש ופתח לפני אלכסנדר את שערי המקדש. בתלמוד מיוחס הסיפור לנכדו שמעון הצדיק.
7. חוניו הראשון
330־310 לפנה"ס
כמו אביו ידוע, נאבק בשומרונים. ב"קדמוניות היהודים" מצוטטת התכתבותו עם מלך ספרטה.
8. שמעון הצדיק ("הראשון")
משנת 310 לפנה"ס
בן חוניו הראשון. יורשו היה אחיו, משום שבנו חוניו השני היה צעיר כשנפטר, לפי יוספוס, ולכן לא מונה לכוהן הגדול.
9. אלעזר אחי שמעון
ראשית המאה השלישית לפנה"ס
יש האומרים שהוא גם רבי אלעזר בן חרסום, שעל פי חז"ל שימש במשך 11 שנים ככוהן גדול. בתלמוד תואר כעשיר עצום. למשל: "אמרו עליו על ר' אלעזר בן חרסום שעשתה לו אמו כותונת משתי ריבוא [דינרים]". נאמר עליו גם שהיו ברשותו אלף עיירות ואלף ספינות בים.
10. מנשה דוֹד אלעזר
אמצע המאה השלישית לפנה"ס
אחיו של חוניו הראשון. לאחר שאלעזר נפטר, נמסר התפקיד למנשה דודו. רק לאחר פטירת מנשה מונה חוניו השני לתפקיד.
11. חוניו השני
אמצע המאה השלישית לפנה"ס
תקופת המאבק האזורי בין בית תלמי במצרים לבית סֵלֵאוּקוּס בסוריה. חוניו השני, שהאמין בניצחון בית סלאוקוס, סירב לשלם לתלמי השלישי מס של עשרים כיכר כסף. בן אחותו, יוסף בן טוביה מבית טוביה העמוני, ניצל את ההזדמנות והציע לתלמי סכום כסף גדול כדי לקבל את זכות גביית המיסים, והיא הועברה אליו.
12. שמעון השני
סוף המאה השלישית לפנה"ס
בן חוניו השני. שיקם את ירושלים אחרי שסקופס, שר צבאו של תלמי הרביעי, פרע בתושבי ירושלים. העיר ידעה אז גם סכסוך פנימי עקוב מדם בין יוסף בן טוביה שתמך במצרים ובין מתנגדיו. שמעון תמך בסלאוקים, ואכן בסוף ימיו, לאחר קרב בניאס בשנת 200 לפנה"ס, כבש אנטיוכוס השלישי את ירושלים.

13. חוניו השלישי
ראשית המאה השניה לפנה"ס
בנו של שמעון השני. לחוניו היה יריב פוליטי שנקרא שמעון, שלפי חשמונאים ב' היה "נגיד בית המקדש". שמעון הביא למעצרו בידי אפולוניוס, הנציב הסלאוקי של סוריה. אחיו המתייוון של חוניו, יאסון, ניצל את המצב ותמורת הגדלת המס המובטח ל־440 כיכר כסף זכה בכהונה הגדולה. בשנת 171 לפנה"ס נרצח חוניו באנטיוכיה בידי מנלאוס אחי שמעון.
14. יאסון
175־172 לפנה"ס
שמו העברי: יהושע. אחיו של חוניו השלישי. בשנת 172 לפנה"ס שלח את מנלאוס לאנטיוכוס ועמו סכומי כסף להשלמת חובו למלך, אולם מנלאוס הציע לאנטיוכוס סכום כפול ובתמורה מונה בעצמו לכוהן הגדול. יאסון נמלט לעבר הירדן; בשנת 168 לפנה"ס ניסה את מזלו ועלה לירושלים בראש צבא של אלף לוחמים, הדיח את מנלאוס וטבח בתומכיו, אך בסופו של דבר נאלץ לסגת. אנטיוכוס הטיל אז על היהודים את גזירות הדת שהובילו לפרוץ מרד החשמונאים.
15. מנלאוס
172־164 לפנה"ס
חילל את בית המקדש ובזבז את אוצרותיו. לפי התרגום הלטיני למכבים ב', מנלאוס השתייך למשמרת בילגה, שאכן נענשה בעקבות נטייתה למתייוונים. העם התמרד וחיילי מנלאוס בסיוע הצבא הסורי טבחו בנתינים היהודים. בסופו של דבר חיסל אנטיוכוס החמישי את מנלאוס בצפון סוריה.
16. יהודה המכבי
164־160
שחרר את ירושלים ואת המקדש בשנת 164 לפנה"ס. ב־160 לפנה"ס נהרג בקרב אלעשה בידי לוחמי בקכידס. לפי יוסף בן מתתיהו, יהודה "מת לאחר שהחזיק בכהונה הגדולה שלוש שנים".
17. אלקימוס
160־158 לפנה"ס
מונה בידי המלך הסלאוקי דמטריוס הראשון, ככתוב במכבים א': "וישלח את אלקימוס הרשע ויקיים לו את הכהונה ויצווהו לעשות נקמה בבני ישראל". לפי מכבים א' אלקימוס לקה באילמות, שותק ולבסוף מת בייסורים. בקדמוניות היהודים מאת יוספוס נכתב שמותו בא מיד לאחר שהחל להרוס את חומת המקדש.
?
158־152 לפנה"ס
במשך כשש שנים שרר ביהודה מצב פוליטי לא ברור: יונתן הוופסי, צעיר בני מתתיהו, שימש מעין שליט, אך לא ברור מי שימש אז – אם בכלל – ככוהן הגדול.
18. יונתן הוופסי
152־143 לפנה"ס
בשנת 152 לפנה"ס פנה ליונתן אחד מתובעי הכתר הסלאוקי, אלכסנדר באלאס, בבקשה שיכרות עמו ברית. יונתן נעתר ובתמורה זכה במשרת הכוהן הגדול. הוא נרצח בידי השליט הסלאוקי טריפון בשנת 143 לפנה"ס.
19. שמעון התרסי
143־134 לפנה"ס
כנראה השני מבני מתתיהו. אחרי רצח יונתן כרת ברית עם אויבו של טריפון, דמטריוס השני. בזכות הברית נעשתה יהודה לממלכה עצמאית משנת 142 לפנה"ס. בשנת 134 לפנה"ס רצח את שמעון חתנו תלמי בן חבוב, מקורבו של אנטיוכוס השביעי, במהלך סעודת חג. בנו, יוחנן הורקנוס הראשון, לא השתתף בסעודה, וירש את הכהונה הגדולה.
20. יוחנן הורקנוס הראשון
134־104 לפנה"ס
כמו אביו נשא הן בתואר נשיא ישראל והן במשרת הכוהן הגדול. בצוואתו הורה לפצל בין הכהונה הגדולה ובין הנשיאות. את אשתו מינה למושלת ואילו את בנו הבכור אריסטובולוס לכוהן גדול, אך לאחר מותו כלא אריסטובולוס את אמו עד שמתה וכלא גם את שאר אחיו (מלבד אחד, אנטיגונוס, שאותו הרג מאוחר יותר) ולקח לידיו כאביו וכסבו את שתי המשרות.
21. יהודה אריסטובולוס הראשון
104־103 לפנה"ס
בנו הבכור של יוחנן הורקנוס, והראשון מאז שיבת ציון שהכתיר את עצמו למלך. בתקופת שלטונו הקצרה, שארכה שנה בלבד, הספיק לכבוש את עמק יזרעאל ולגייר את תושבי הגליל העליון. מת ממחלה.
22. אלכסנדר ינאי
103־76 לפנה"ס
לאחר מות אריסטובולוס, אלמנתו שלומציון שחררה את אחיו האסורים ונישאה למבוגר שבהם – יהונתן אלכסנדר ינאי. היא מינתה אותו למלך ולכוהן גדול. רוב ימיו היה בעימות מר עם הפרושים. מלחמת אחים שערך נגדם הסתיימה ב־50 אלף הרוגים. על פי יוספוס, ינאי נרגם באתרוגים כשהחליט לנסך את המים בחג הסוכות על גבי רגליו, במקום לתוך הנקבים שבמזבח.
23. הורקנוס השני
76־67 לפנה"ס
לאחר שמת ינאי התפלגה ירושתו. אשתו שלומציון נטלה כתר מלוכה; בכורה הורקנוס השני היה לכוהן גדול; הפיקוד על הצבא נמסר לבן הצעיר, אריסטובולוס השני. עם מותה של שלומציון בשנת 67 לפנה"ס עלו אריסטובולוס וצבאו על ירושלים. הורקנוס ויתר על הכהונה הגדולה אולם התחרט על כך ופתח במלחמה נגד אחיו.
24. אריסטובולוס השני
67־63 לפנה"ס
אריסטובולוס התבצר בבית המקדש. "בכל יום היו משלשלין דינרים בקופה ומעלים להם תמידים (קורבנות). היה שם זקן אחד… אמר להם: 'כל זמן שעוסקים בעבודה אינם נמסרים בידכם'. למחרת שלשלו להם דינרים בקופה – והעלו להם חזיר". כשכבש פומפיוס הרומי את העיר בשנת 63 לפנה"ס השיב את הכהונה להורקנוס וכלא את אריסטובולוס.

הורקנוס השני (כהונה שנייה)
63־40 לפנה"ס
הורקנוס הוסיף לשמש ככוהן גדול תחת חסות הרומאים. בשנת 40 לפנה"ס הגיע מתתיהו אנטיגונוס השני, בנו הצעיר של אריסטובולוס, במסגרת מסע כיבושים של הפרתים שעמם כרת ברית, והכריז על עצמו כמלך. הורקנוס הוגלה לבבל. כדי שלא יוכל עוד לכהן ככוהן הגדול, קצץ אנטיגונוס את אוזניו, שכן בעל מום פסול לכהונה הגדולה.
25. מתתיהו אנטיגונוס השני
40־37 לפנה"ס
אחרון מלכי בית חשמונאי ובנו הצעיר של אריסטובולוס השני. הומלך בחסות הפרתים. בשנת 37 לפנה"ס הטיל הורדוס מצור על ירושלים ולבסוף כבש אותה. אנטיגונוס נכנע, נלקח בשבי והוצא להורג באנטיוכיה.
26. חננאל הבבלי/חנמאל המצרי
37 לפנה"ס
הורדוס בחר בו כי נמנה על יהודי התפוצות, ולא על יהודי הארץ ששנאו אותו. אשתו של הורדוס, מרים החשמונאית, לא ראתה בעין יפה את אי מינוי אחיה לכהן, והורדוס נאלץ למנות במקומו את אחי מרים, אריסטובולוס השלישי. לאחר שאריסטובולוס נרצח, השיב הורדוס את חננאל למשרת הכהונה הגדולה.
27. אריסטובולוס השלישי
37־36 לפנה"ס
אחרון הכוהנים הגדולים מבית חשמונאי, נכדם של הורקנוס השני ואריסטובלוס השני ואחי מרים אשת הורדוס. היה בסך הכול בן 17 כשמונה בידי הורדוס לכוהן גדול אחרי הבסת מתתיהו אנטיגונוס. הורדוס קינא בו וחשד בו ולכן הביא להטבעתו בבריכה.
חננאל הבבלי (כהונה שנייה)
35־30 לפנה"ס
28. יהושע בן פיאבי
30־23 לפנה"ס
הכוהן הגדול הראשון ממשפחת בית פיאבי.
29. שמעון בן ביתוס
23־6 לפנה"ס
הבַּיְתוֹסים היו בני משפחת כוהנים עשירה שמוצאה ממצרים. שמעון, ראשון הכוהנים הגדולים במשפחה, זכה במינוי מידי הורדוס לאחר שהתאהב בבתו, מרים, והתחתן איתה. בשנת 6 לפנה"ס, כשהורדוס האשים את אשתו שידעה על ניסיון הרעלה שעבר והעלימה זאת ממנו, הדיח את שמעון ממשרתו.
30. מתתיהו בן תאופילוס
6־4 לפנה"ס
אחריו מונה חתנו, מתתיהו בן תאופילוס. הוא ייסד את שושלת בית קתרוס.
31. יועזר בן ביתוס (כהונה ראשונה)
4 לפנה"ס
בסוף ימי הורדוס הוא הוציא להורג את מסירי נשר הזהב שתלה בכניסה למקדש, הדיח את מתתיהו, כמי שנשא באחריות על המעשה, ומינה במקומו את גיסו יועזר בן שמעון, אחי מרים, אף הוא מבית ביתוס.
32. אלעזר בן ביתוס
4־3 לפנה"ס
כשעלה ארכלאוס בן הורדוס לשלטון דרש העם את הדחת יועזר. ארכלאוס סירב, ופרץ נגדו מרד; אך ארכלאוס חשד ביועזר, הדיח אותו והחליף אותו באחיו אלעזר.
33. יהושע בן שי
3 לפנה"ס־5 לספירה
מונה גם כן בידי ארכלאוס בן הורדוס.
יועזר בן ביתוס (כהונה שנייה)
5־6 לספירה
לאחר הדחת ארכלאוס בידי הרומאים, הוחזר יועזר לתפקיד הכוהן הגדול.
34. חנן בן שת
6־15 לספירה
ראשון הכוהנים משושלת בית חנן הצדוקית. יוספוס כתב עליו בקדמוניות היהודים: "היה איש מצליח מאוד: שכן היו לו חמישה בנים וכולם היו כוהנים גדולים לא־לוהים".
35. ישמעאל בן פיאבי הראשון
15 לספירה
לפי יוספוס, מינוי של הנציב הרומי ואלריוס גראטוס. "משמת ישמעאל בן פיאבי, בטל זיו הכהונה", נאמר עליו במשנה. וגם: "מעשה בישמעאל בן פיאבי שעשתה לו אמו כותונת ממאה מנה והיה עומד ומקריב על גבי המזבח".
36. אלעזר בן חנן
16־17 לספירה
בנו של חנן בן שת. מונה בידי גראטוס.
37. שמעון בן קמחית
17־18 לספירה
מונה אף הוא בידי גראטוס. בתלמוד נכתב: "שבעה בנים היו לה לקמחית וכולם שימשו בכהונה גדולה". על פי מקורות חז"ל אפשר להסיק שחלקם שימשו יום אחד בלבד.
38. יוסף בר קַיָפָא
18־36 לספירה
עוד מינוי של גראטוס. בן בית קתרוס, חתנו של חנן בן שת. במקורות הנוצריים, בפניו נידונו ישו ואנשיו; קיפא שלח את ישו לנציב העליון פונטיוס פילאטוס, שיוציאו להורג.
39. יונתן בן חנן
36־37 לספירה
גיסו של יוסף בר קיפא ובנו של חנן בן שת. בשנת 52 נרצח בירושלים בידי הסיקריים.
40. תאופילוס בן חנן
37־41 לספירה
אחיו של יונתן. מינוי של ויטליוס.
41. שמעון קנתרא
41־43 לספירה
בשנת 41 לספירה העביר אגריפס הראשון את הכהונה הגדולה מתאופילוס לשמעון בן ביתוס, שכונה קנתרא.
42. מתתיה בן חנן
43־44 לספירה
אגריפס הראשון רצה להשיב את יונתן בן חנן לכהונה הגדולה אולם יונתן סירב והמליץ על אחיו מתתיהו שייטול את כתר הכהונה.

43. אליהועיני בן קנתרס
44־46 לספירה
מונה בידי אגריפס הראשון. הוא כנראה אליהועיני בן הקוף, שמוזכר במשנה כמי ששחט פרה אדומה. יש המציעים שכינויו "בן הקוף" מכוון להיותו בנו של יוסף בן קיפא.
44. יוסף בן שמעון קמי (או קבי)
46־48 לספירה
יש הסוברים שקמי אינו אלא קיצור של קמחית, ואם כן זהו עוד אחד משבעת בניה ששימשו כאמור ככוהנים גדולים.
45. חנניה בן נדבאי
48־59 לספירה
מונה לכהונה הגדולה בידי הורדוס מלך כלקיס, אחי אגריפס הראשון. נזכר בברית החדשה כמי שעמד בראש שופטי פאולוס. מוזכר גם בתלמוד, בלעג מה: "אמרו עליו שהיה אוכל 300 עגלים ושותה 300 גרבי יין ואוכל ארבעים סאה גוזלות בקינוח סעודה. כל ימיו לא נמצא נותר (קרבן שנותר אחר זמנו המותר, א"ס) במקדש". נרצח בידי הקנאים במרד הגדול.
46. ישמעאל בן פיאבי השני
59־62 לספירה
מונה לכהונתו בידי אגריפס השני. בזמן כהונתו הגיע מעמד הכהונה הגדולה לשפל. יוספוס: "אז התגלע ריב בין הכוהנים הגדולים ובין (שאר) הכוהנים וראשי העם שבירושלים, וכל אחד מהם עשה לעצמו גדוד של אנשים עזי נפש ביותר ורודפי מהומות והיה להם למנהיג והם התנגשו והתנצחו אלה עם אלה ורגמו (אלה את אלה) באבנים. ולא היה מי שימחה בידם".
בשנת 62 יצא עם נכבדי העיר לפגישה ברומא עם הקיסר נירון. פופיאה, אשת הקיסר, הותירה את ישמעאל בארמון כבן ערובה. בזמן המרד הגדול הומת ישמעאל בהתזת ראשו. רציחתו הייתה כנראה יסוד המסורת על מות רבי ישמעאל כוהן גדול, מהרוגי מלכות.
47. יוסף בן שמעון קבי
62 לספירה
יש הסוברים שהוא יוסף בן שמעון מבני משפחת קמחית, אולי אותו אחד שכבר שימש בכהונה הגדולה קודם לכן.
48. חנן בן חנן
62 לספירה
צעיר בניו של חנן בן שת. בשנת 62 ניצל את מות הנציב פסטוס והשתלט על משרת הכוהן הגדול. הוציא להורג בסקילה את יעקב אחי ישו, ולכן פוטר בידי אגריפס השני. נרצח במרד הגדול בידי האדומים. יוסף בן מתתיהו כתב ש"במות חנן החלה מפלת העיר", אחרת היה מביא לסיום המרד בדרכי שלום.
49. יהושע בן דמנאי
62־64 לספירה
מונה בידי אגריפס השני אחרי הדחת חנן.
50. יהושע בן גמלא
64־65 לספירה
בעלה השני של מרתא בת ביתוס. היא קנתה לו את הכהונה הגדולה ב"שלושה קבים של דינרים". בין אנשיו לאנשי קודמו התחוללו קרבות ברחובות ירושלים. נרצח בידי האדומים במהלך המרד הגדול.
51. מתתיהו בן תאופילוס השני
65־67 לספירה
מונה בידי אגריפס השני. בזמנו פרץ מרד החורבן. כנראה בנו של תאופילוס בן חנן ונכדו של חנן בן שת.
52. פנחס בן שמואל מכפר חבתא
67־70 לספירה
מונה בהגרלה בידי הקנאים במהלך המרד הגדול. בניגוד לכל קודמיו זה כמאה שנה לא בא ממשפחות הכהונה, אלא היה איכר עני ובור.