הקרן החדשה לישראל, עמותה ותיקה ועתירת תקציבים התומכת במאות ארגוני שמאל בארץ, הקפידה עד היום לא לסייע בכל צורה שהיא למתיישבים היהודים מעבר לקו הירוק. ואולם, בעת האחרונה היא חורגת ממדיניותה המוצהרת ומושיטה סעד מוסרי לתושבים אחדים ביישוב המעורב מגדלים שבתחומי המועצה האזורית שומרון.ב
מדוע דווקא להם? כי מאבקם המקומי למען שמירת הצביון החילוני ביישוב עולה בקנה אחד עם תוכנית ההיערכות של הקרן החדשה לבחירות הקרובות לרשויות המקומיות. הקרן מעניקה סעד תקציבי לעשרות ארגונים חילוניים והתארגנויות מוניציפליות חילוניות לקראת הבחירות הללו. היא רואה בהם ראש חץ למאבקה בגרעינים התורניים של הציונות הדתית, ב"הדתה" בבתי הספר, בהדרת נשים לכאורה במרחב הציבורי ובחוקי שמירת השבת במרחב העסקי.

באתר האינטרנט הטרי של ארגון 'שתיל', מיסודה של הקרן החדשה, ממפה הקרן את כל אתגרי המאבק בנושאי דת ומדינה בערים ברחבי הארץ. דגש רחב ניתן למאבק בגרעינים תורניים. למשל, הקרן מסייעת לפעילים בנתניה להיאבק בגרעין התורני בעיר. תחת הכותרת "מאבק בגרעין התורני" נכתב שהמטרה תושג באמצעות "מאבק בתקציבים ובתמיכה העירונית בגרעין התורני".
הקרן גם מציעה סיוע לתושבים שרוצים להיאבק בכוחה ההולך וגדל של הקהילה הדתית־לאומית במצפה־רמון. באתר 'שתיל' מסופר שלמצפה־רמון "נדדה הישיבה החרדית־לאומית 'ועליתם בנגב', שהיא "מחוברת לזרם ישיבת הר המור של הרב טאו, ושהיא הפלג הקיצוני ביותר של הציונות הדתית-לאומית". הקהילה הדתית־לאומית ביישוב, כך כותבים אנשי הקרן החדשה, היא היום "שליש מהיישוב, אך מאחר שתלמידי הסדר אינם רשומים במשרד הפנים כתושבי מצפה־רמון, כוח הבחירה של הקהילה החרדית מגיע לשני מושבים מתוך תשעת מושבי המליאה של המועצה המקומית. כדי לסבר את האוזן – 9 מ־11 גני הילדים של משרד החינוך במצפה רמון הם גנים ממלכתיים־דתיים שבחלקם מתקיימת הפרדה מגדרית כבר בגיל טרום חובה".
הקרן החדשה, שייסדה בעת האחרונה את ארגון 'פורום ערים חופשיות' לטובת "קידום סביבה מוניציפלית חופשית, שוויונית, מכבדת וסובלנית", עורכת גם השתלמויות לפעילים שמעוניינים לקחת חלק במלחמות התרבות שהיא מתכננת. פעיל ארגון 'נאמני תורה ועבודה' תני פרנק מוזכר באתר כיועץ לובי של ארגון 'שתיל'. פרנק מעביר השתלמויות בנושא שירותי דת בעיר והקשר שלהם לתקציב. בהרצאותיו הוא מתיימר לבחון את התקציבים שמקבל הגרעין התורני בנתניה. נוסף לכך, פרנק מעביר השתלמות על "מיפוי שחקנים פוליטיים בעיר" וכן בסוגיית "תושבים שלא מצביעים – איך אפשר להשפיע עליהם?"
באתר של 'שתיל' והקרן החדשה מובאות תמציות של כנסים שונים שעמדו אף הם בסימן היערכות לבחירות הקרובות ברשויות המקומיות, מתוך הנחה שאפשר לנצל את הבחירות לצמצום השפעתם של הדתיים על הוויית החיים ברשויות אלו. בין השאר אפשר ללמוד מהאתר שבכנס "דת ועיר" שהתקיים לפני כמה חודשים נועדו נציגי הארגון הרפורמי, הפורום החילוני ונאמני תורה ועבודה ועסקו בסוגיות שארגון 'פורום ערים חופשיות' מקדם. הנציגים הרפורמים העלו בכנס לדיון את מה שהם רואים כ"בעיה" בקניית נכסי נדל"ן על ידי אנשי חב"ד. במאמץ להתמודד עם אנשי חב"ד הועלתה הצעה לפעול כ"גוף ולא כפרטים" מול אנשי חב"ד, לפעול לקידום תביעות קטנות ובקשות לחופש מידע, להיעזר בארגונים רפורמיים ולייצר מחקר בסגנון תחקירי ארגון 'מולד' "על ארגונים דתיים במערכת החינוך – בתחום הנדל"ן והמשפט".

ח"כ מוטי יוגב מהבית היהודי אומר בתגובה להתארגנות של הקרן החדשה לקראת הבחירות המקומיות ומאבקה בגרעינים התורניים כי "הקרן החדשה לישראל מציגה את עצמה כקרן למען כבוד אדם ושוויון זכויות, אך בפועל היא מנהלת מלחמה נגד כל סממן יהודי במרחב הציבורי במדינת ישראל. התוכנית של הקרן להפוך את הבחירות לרשויות המקומיות ולערים, למאבק של פירוד בין דתיים לחילונים לא תצלח. ישראל היא מדינה יהודית, וככזו היא החליטה באופן דמוקרטי, על פי רצון רוב העם, לשמר את הצביון היהודי במרחב הציבורי של מדינת ישראל, ללא כפייה על הפרט".
מהקרן החדשה נמסר בתגובה: "'שתיל' והקרן החדשה לישראל תומכים בפעילים ובפעילות למען זכויות הציבור הפלורליסטי בערים השונות, ובמאבק נגד כפייה דתית וחלוקת משאבים שאינה הולמת את צביון העיר.
"פורום ערים חופשיות מזמין את התושבים לקחת חלק ולפעול למען קידום חיים פלורליסטיים בעירם. בערים אלו, חשוב שהציבור הדתי יוכל לחיות על פי אורחות חייו, אך לצד זאת, ללא כפייה דתית על תושבים שאינם דתיים והדתה במרחב הציבורי.
"האתר והמפה המוצגת בו מציגים תמונת פעילות כללית על כל מקום שיש בו פעילות במאבק לחופש דת ופלורליזם. הקרן החדשה לישראל והארגונים הנתמכים על ידה לא מקבלים תמיכה לפעילות מעבר לקו הירוק. המפה המוצגת באתר מציגה קבוצות פעילות בנושא שלא כולן שייכות לפורום ערים חופשיות, ואינן זוכות לשום תמיכה, ייעוץ או מענק כספי. מובן שהתארגנויות שעומדות ברוח הקרן החדשה לישראל זוכות לייעוץ וליווי".