בורות 1 ו־2: לדעת פרופ' רוני רייך אלה מקוואות מים מימי בית שני. לדעת פרופ' דן בהט, לעומת זאת, אלה היו בתי השער של שערי חולדה – שערי ההר המרכזיים בימי בית שני, בטרם הורחב ההר דרומה בידי פועלי הורדוס. גם לדעת בהט ייתכן שהם הוסבו לאחר הרחבת ההר לשמש כמקוואות.
בור 3: הגדול בבורות הר הבית. מסוגל להכיל כשני מיליון ליטרים, כעשרים אחוזים מספיקת כל בורות ההר יחדיו. קיבל את מימיו מאמת המים שהגיעה עוד מימי החשמונאים ובמשך אלפיים שנה מאזור גוש עציון. לדעת חוקרים זהו "הבור הגדול" המתואר במקורות.
במסכת יבמות (קכא, ב) מסופר על בתו של נחוניא חופר שיחין, הממונה על אספקת המים לעולי הרגלים בסוף ימי הבית השני, שנפלה לבור הגדול, ואף שלא ידעו בתחילה מה עלה בגורלה בישר להם רבי חנינא בן דוסא שתצא בשלום. זאת, לדבריו, כי לא ייתכן שבתו של הממונה על אספקת המים לעולי הרגלים תטבע בבור המיועד לספק להם מים. ואכן כך היה.
בור 4: חוקרים הציעו שהבור הזה, כמו בור 3, נחצב כדי לספק את אבני הבניין למקדש ואחר כך הפך לבור מים שסיפק את המים הדרושים לעולי הרגל. הארכיאולוג לין ריטמאייר מציין שהבור מכונה בידי הערבים "הים", ומציע שזהו אותו "ים" שמוזכר בספר בן סירא בתור הבור שנחצב בימי שמעון הצדיק.
בור 5: ככל הנראה זהו בור חקר המוזכר במסכת עירובין, בור המים של מצודת החקרא ההלניסטית, שמנעה מהיהודים להגיע למקדש. שמעון החשמונאי כבש אותה בשנת 141 לפנה"ס, והותיר ממנה רק את בור המים, שהוא השריד האחרון ממנה.
בור 6: מצוי בחלקו מתחת למעבר השער המשולש, שהוא כנראה מימי בית שני. הבור מקושר למנהרות מילוט היוצאות אל מחוץ למתחם ההר מתחת מפלס השער שבכותל הדרומי. משערים שאלה מחילות מילוט מימי חורבן הבית השני.
בור 7: חללו קטן יחסית לחללי הבורות המרכזיים של ההר: עומקו שמונה מטרים וקוטרו ארבעה. זמנו ושימושו המקוריים אינם ברורים. הבור מצוי בכניסה למנהרת השער הכפול – שער כניסה מרכזי להר בשלהי ימי בית שני.
בור 8: מכונה בערבית "בור העלה", על שם צורתו. עומקו כמעט עשרים מטרים מתחת לרחבת ההר. ייתכן שהיה מחובר במקורו לבור הגדול – בור 3.
בור 9: בור קטן מתחת למסגד אל־אקצה, ועומקו כשבעה מטרים. זמנו וייעודו המקוריים אינם ברורים.
בור 10: שמו בערבית "באר המוגרבים", כשם השער הסמוך לו. ייתכן שהיה מחובר בעבר לבור 11 והמשך ישיר שלו.
בור 11: זהו חללו של שער מימי הבית השני שכונה "שער ברקלי" על שם מגלהו בשנת 1852, הארכיאולוג האמריקני ג'יימס טרנר ברקלי. חלל בית השער נמצא מצידו הפנימי של חדר בקצה הדרומי של עזרת הנשים שברחבת הכותל.
בור 12: עוד בית שער מימי הבית השני, שנקרא "שער וורן" על שם החוקר הבריטי בן המאה ה־19 צ'רלס וורן. לפני כאלף שנה שימש בית השער התת־קרקעי הזה כבית הכנסת המרכזי של ירושלים, שכונה "המערה". בשנת 1099, עם הכיבוש הצלבני, נשרפו יהודי ירושלים חיים בבית הכנסת הזה, ולאחר מכן הוא הוסב בידי הכובשים לבור מים. בשנת 1981 ביקש הרב גץ לחדש את בית הכנסת שם, אולם נבלם בידי המדינה והווקף. הוא ממשיך עד היום לשמש כבור מים.
בור 13: בור קטן בקוטר של כשני מטרים וחצי ובעומק של כ־11 מטרים מתחת לרצפת רחבת הר הבית. לפי מהנדס העיר ירושלים באמצע המאה ה־19, ארמטה פיירוטי, צינור מחבר בין הבור הזה ובין חללי אבן השתייה בכיפת הסלע.
בור 14: במקורו הבור הזה אינו אלא מערת קבורה מהמאה ה־23 לפנה"ס, כלומר עוד קודם לעקידת יצחק. בתקופה ההיא שימש הר הבית בתור בית הקברות העירוני. ריטמאייר העלה את הרעיון שאלפי שנים אחר כך, בתקופה החשמונאית, הבור סיפק את צורכי המים של השומרים במגדל שהתנשא מעליו, והגן על קצהו הצפון־מזרחי של הר הבית שניצב בדיוק בנקודה הזו.
בור 15: בור שהשתייך כנראה לבאריס – הלא היא "הבירה", מצודה הלניסטית שנבנתה כדי להשגיח על הנעשה במקדש עוד זמן רב קודם למרד החשמונאים. ייתכן שאף הוא מערת קבורה קדומה מהמאה ה־23 לפנה"ס.
בור 16: בור קטן יחסית בקוטר כשלושה מטרים ובעומק של כמעט 12 מטרים מתחת לרחבת הר הבית. קונרד שיק, החוקר בן המאה ה־19, סבר שזהו בור מעשה ידם של המכבים, אולם ייתכן שגם הוא בור מבורות המים של הבאריס ההלניסטית.
בורות 17־18: לפי פרופ' דן בהט אף אלו בורות של מצודת הבאריס ההלניסטית, שנהרסו בחלקם בידי פועלי הורדוס בעת הרחבת הר הבית צפונה.
בור 19: בור קטן שמגיע עד לעומק של כשבעה מטרים מתחת למפלס רחבת ההר. לדעת ריטמאייר הוא נכרה בימי הביניים, ולפיכך חדש למדי ביחס לרובם המוחלט של בורות ההר האחרים.
בור 20: בור רחב עטור קמרונות שתחתיתו עמוקה כעשרה מטרים מתחת לרחבת ההר. נראה שאף הוא נבנה בימי הביניים.
בור 21: בור קטן יחסית שאף הוא מתוארך כנראה לימי הביניים.
בור 22: נקרא בערבית "בור הנחש" או "בור החבשים", קוטרו כשלושה מטרים ועומקו כ־12. לדעת ריטמאייר הבור סיפק מים למגדל שניצב על חומתו הצפונית התלולה של הר הבית החשמונאי, בטרם הרחבתו צפונה בימי הורדוס.
בור 23: בור בקוטר לא גדול של כחמישה מטרים וחצי, ובעומק שנע בין עשרה ל־11 מטרים. לדעת דן בהט ייתכן ששימש בהר הבית בעידן שלפני הורדוס.
בור 24: המוסלמים מכנים אותו "בור דרוויש". זהו חלל מרובע שממדיו כעשרה על עשרה מטרים ועומקו קרוב לתשעה מטרים. לא ברורה תכליתו ומתי נחצב.
בור 25: מכונה בפי המוסלמים "בור היונה". ממדיו כתשעה על תשעה מטרים ועומקו 12 מטרים. לא ברורה תכליתו ומתי נחצב.
בור 26: "בור השייח'" בפי המוסלמים. עומקו כ־14 מטרים מתחת למפלס ההר. החוקר בן המאה ה־19 קונרד שיק תארך את הבור לתקופה הכנענית, עוד קודם לבניין המקדש היהודי בהר.
בור 27: בור שצמוד לרחבת כיפת הסלע. לפי סרט תעודה דובר רוסית של סרגיי גרנקין משנת 2010, גרנקין וצוותו נכנסו אליו דרך מחילה שפִּתחה מצפון להר הבית. לדבריו זו מחילה מימי הורדוס שאף שימשה את הרומאים לפלוש להר בט' באב בשנת 70 לספירה.
בור 28: קונרד שיק – ולא רק הוא – סבר שזהו "בור הגולה", מקור אספקת המים העיקרי למקדש, וכנראה גם הבור שכיור המקדש שוקע בו מדי לילה. הבור מתוארך למאה העשירית לפנה"ס, לימי מלכות שלמה.
בור 29: מכונה בפי המוסלמים "בור האבן". עומקו כ־14 מטרים מתחת לרחבת כיפת הסלע. יש שהציעו שאף הוא במקורו מערת קבורה מימי ירושלים היבוסית – המאה ה־23 לפנה"ס, הרבה לפני עקדת יצחק.
בור 30: שמו הערבי הוא "בור הציפורים". עומקו כ־14 מטרים מתחת לרחבת כיפת הסלע. לא ברורה תכליתו ומתי נחצב.
בור 31: לפי כמה חוקרים, למשל פרופ' דן בהט, זו "המסיבה ההולכת תחת הבירה" המתוארת במשנה, המחילה שכהנים שנטמאו טבלו בה, ודרכה כנראה יצאו מהמקדש.
בור 32: צ'רלס וורן במאה ה־19 – ובעקבותיו חוקר זמננו לין ריטמאייר – הציע שכאן היה מקווה טהרה לכהנים שנטמאו. בור 32 היה מחובר ככל הנראה לבור 31.
בור 33: הערבים מכנים אותו "בור עבדאללה". קוטרו כארבעה מטרים ועומקו כ־11 מטרים מתחת לרחבת ההר. ייתכן שגם הבור הזה במקורו הוא מערת קבורה קדומה מימי היבוסים.
בור 34: אף הוא ככל הנראה קבר פיר קדום מהתקופה היבוסית, שבה הר הבית שימש בתור בית הקברות העירוני.
בור 35: בור קטן שתיאר קונרד שיק, החוקר בן המאה ה־19, שלא היה יכול לציין כמה עומקו מכיוון שלדבריו היה מלא בזבל. לא ברור מתי נחצב ולמה שימש.
בור 36: מכונה גם "מערת הרוחות". ייתכן שקיים חיבור בינו ובין הבור שבתחתית כיפת הסלע, שהמוסלמים מכנים גם כן באותו הכינוי. למעשה זהו חדר ולא בור מים, שהפך לחלל תת־קרקעי כשרחבת כיפת הסלע הורחבה מערבה לפני יותר מאלף שנה. החוקר בן המאה ה־19 קלוד קונדר כתב שהקיר המזרחי של החדר אינו אלא מדרון הסלע המערבי של ההר, והוסיף שזהו גילוי חשוב "שאין ספק שיהווה מוקד בתיאוריות עתידיות בנוגע למקדש".
בור 37: לדעת לין ריטמאייר ייתכן שזהו שריד של "מנזר בית המקדש" שהוקם שם בתקופה הצלבנית – אולי תאי כלא ששכנו במרתף המנזר.
בור 38: מכונה בפי המוסלמים "כיפת ח'ידר". זהו למעשה חדר שמידותיו כ־13 על שבעה מטרים, ולא בור מים. לא ברור מתי נבנה, אך סביר שנוצר בעת הרחבת רחבת כיפת הסלע מערבה בתקופה המוסלמית הקדומה.
בור 39: מהנדס העיר ירושלים במאה ה־19 ארמטה פיירוטי הוא היחיד שתיאר אותו, והוא לא הוזכר בידי חוקרי ההר האחרים בני תקופתו. גודלו לטענת פיירוטי כ־17 על 22 מטרים. לא ברור מתי נחצב, למה שימש והאם הוא באמת קיים.
בור 40: גם הבור הזה מופיע רק במפותיו של פיירוטי, ולכן יש מי שפקפקו בקיומו, בשל הנטייה שלא לרחוש אמינות לעדויותיו של האיש.
בור 41: עוד בור שרק פיירוטי מתאר: הוא שרטט כאן בור גדול שממדיו כ־22 על 28 מטרים בערך. צ'רלס וורן ניסה לאתר את הבור הזה, אך ללא הצלחה.
בור 42: מופיע רק במפתו של החוקר מלכיור דה־ווג משנת 1864. לא ברור אם הוא אכן קיים, מתי נחצב ולמה שימש.
בור 43: בור קטן שמופיע במפתו של קונרד שיק משנת 1872. ייתכן שאיננו אלא פיר כניסה למנהרה העוברת מתחת לרחבת ההר. לא ברור מתי נחצב, בידי מי ומדוע.
בור 44: פתח של פיר, שקונרד שיק איתר וציין שהוא חסום באדמה. שיק הניח שהפתח מתחבר למעבר תת־קרקעי המוביל מזרחה, אל מתחת לרחבת ההר.
בור 45: מתואר במפתו של החוקר מלכיור דה־ווג משנת 1864. ייתכן שזהו למעשה מעבר נסתר, צמוד לקיר קדום מימי הבית, ואולי אף חלק ממתחמי המקדש עצמו.
בור 46: בור בקוטר של עשרה מטרים לפחות, שנוצר כנראה בתקופה ההלניסטית. נחשף בידי פרופ' דן בהט, הטוען שהבור נהרס בידי פועלי הורדוס עם הרחבת ההר ובניית הכותל המערבי.
הדברים לקוחים מתוך הספר Below the Temple Mount in Jerusalem שכתבו שמעון גיבסון ודיוויד ג'ייקובסון, מהספר "הר הבית – המתחם הקדוש בירושלים" מאת פרופ' דן בהט וכן מהספר The Quest מאת הארכיאולוג לין ריטמאייר. הרחבה על בורות המים בהר ובכלל על ההר מובאת בספרי "הבית" בהוצאת סלע מאיר
