ההכרזה של שר הביטחון בני גנץ על שישה ארגוני זכויות אדם פלסטינים כארגוני טרור נתקלה בהתנגדות משותפיו בקואליציה, ח"כים ממרצ והעבודה, על אף שמדובר בהחלטה ביטחונית ולא מדינית.
ח"כ יאיר גולן פקפק באמיתות ההחלטה וביקש בדיקה חוזרת. "נכון להביא את הנושא לוועדת החוץ והביטחון, לאפשר לכנסת לפקח על פעולות הממשלה ולוודא מעל לכל ספק שמדובר בפגיעה בארגונים עם קשר לטרור ולא ארגוני חברה אזרחית שהאינטרס שלנו הוא דווקא לחזק אותם".
בדרישה דומה, יצאה גם ח"כ נעמה לזימי (העבודה): "אלא אם כן קיים מידע מודיעיני שבגינו הוכרזו ארגוני זכויות אדם פלסטיניים כארגוני טרור, מדובר במהלך חמור ולא מובן מצד ישראל, מדינה ריבונית חזקה שלא צריכה להירתע מארגוני זכויות אדם. יותר מכל מדובר באקט בלתי מוסרי שרומס זכויות לחינם". לזימי התחייבה לדרוש תשובות לגבי ההחלטה התמוהה ותוציא לשר הביטחון שאילתה בנושא.
"החלטה לא נכונה, לא במקום, צריך לדעת איך להתמודד עם ביקורת", אמר השר עיסוואי פריג'. "זו החלטה שחסרונותיה ונזקיה יותר גדולים מיתרונותיה למדינת ישראל. אני מאוד מקווה ששר הביטחון וראש הממשלה יבינו את חומרת ההחלטה והיא תוקפא. אין שום קשר בין הארגונים לטרור".
המחלוקת המתחדשת בין גורמים במשרד הביטחון לגורמים במרצ ובעבודה, הציתה עימות בין הח"כים. ח"כ יעל רון בן משה מכחול לבן יצאה להגנת היו"ר גנץ והקניטה את לזימי. "כבוגרת שב"כ לבוגרת שלום עכשיו – אצלנו היו בודקים, מבצעים ורק אז, אם צריך, מתבטאים. כשהשב"כ, משרדי הביטחון והמשפטים חוקרים ומוצאים ארגונים שמממנים טרור, שמוציאים לפועל פעילות טרוריסטית ושבכיריהם נעצרים על פעילות טרור מובהקת – עדיף לשתוק, לא לצייץ".
ההחלטה של גנץ, לצד מהלכים נוספים בהם נקטה הממשלה כמו הקמת אביתר, אישור אלפי יח"ד ביהודה ושומרון והשוואת תיקוני חקיקה בין הרשויות ביו"ש לבין הרשויות בתוך הקו הירוק, חושפת את היעדר יכולתם הח"כים ממרצ והעבודה להכפיף עצמם למדיניות השרים.
על אף שמדובר בהחלטות ביטחוניות ולא ימניות־בהכרח של שרי הממשלה, תפיסתם של הח"כים בקואליציה משונה מאוד, ומבטאת חוסר הבנה ביחסי העבודה והסתגלות למקומם החדש. כביכול הם עדיין יושבים על הטריבונה ולא שחקנים במגרש הקואליציוני, הרי לדרישתם יכול ראש הממשלה להביא את ההחלטה לדיון בהרכב מורחב בממשלה, מה שיגרום לעיכובה ולכרסום בסמכויותיו של שר הביטחון.