עם הירידה בתחלואה יסיים תא"ל רלי מרגלית את תפקידו בראש מפקדת אלון. יחליף אותו אל"מ שלומי בן מוחה שיועלה לדרגת תא"ל ויכהן בתפקיד, בנוסף לתפקיד כמפקד חטיבת החילוץ וההדרכה בפיקוד העורף.
עם דעיכת הגל הרביעי וחרף הצהרתו של ראש הממשלה נפתלי בנט כי כלל המערכים יישארו פתוחים ובהיקף מלא, תא"ל בן מוחה צפוי לכהן בתפקיד החשוב ב"נוסף על תפקידו" השגרתי וינסה לנהל את שתי המשימות החשובות שעליהן הוא אמור לפקד.
תא"ל מרגלית מונה לתפקיד לפני כתשעה חודשים, בשלהי חודש פברואר. לפני כן כיהן במפקדה הצבאית כמפקד מערך החקירות האפידמיולוגיות של מפקדת אלון. קודם לכן כיהן כמפקד מחוז חיפה בפיקוד העורף, סגן מפקד עוצבת הפלדה ומפקד חטיבת קרייתי. הוא שוחרר משירות קבע לפני חודשים ספורים ומאז עמד בראש המפקדה במסגרת שירות מילואים פעיל.
בחודש אפריל, עם דעיכת הגל השלישי, פעילות המפקדה צומצמה משמעותית בשל הירידה בתחלואה, ואנשי מילואים רבים שגויסו לשורותיה שוחררו. בשיא פעילותה שירתו במפקדת אלון כאלפיים חיילים במילואים ובסדיר, והיא ניהלה מערך של כ־3,000 חוקרים אפידמיולוגיים. מערך כוח האדם במפקדה קוצץ גם במאות תקנים של חיילי חובה, והם שוחררו ליחידות הסדירות ששירתו בהן לפני המגפה. עם תחילת הגל הרביעי תוגברה המפקדה משמעותית.
