"מדובר בהישג מודיעיני מהגדולים שידעה מדינת ישראל" – כך אמר ראש הממשלה בנימין נתניהו בפתיחת מסיבת העיתונאים שבה הציג את ארכיון הגרעין הסודי של איראן. הפרסומים לאחר מכן, שבהם דווח כי צוות של המוסד הישראלי, הצליח לחדור לאתר הסודי של האיראנים באישון לילה ולהעביר החומרים לישראל עוד באותו היום, העלו על נס את הפעילות החשובה שביצעו ומבצעים אנשי הצללים לאורך שבעים שנות קיומה של מדינת ישראל ואשר הפכו את קהיליית המודיעין הישראלית לאחת הנחשבות בעולם. להן חלק מהפעולות שהתרחשו במשך השנים והותרו לפרסום
חשיפת נאום חרושצ'וב
ההישג המודיעיני של השב"כ והמוסד בשנות החמישים של המאה הקודמת, ששם את ישראל על מפת קהיליית המודיעין העולמית. בלילה שבין ה-24 ל-25 בפברואר 1956, נשא המזכיר הראשון של המפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות ניקיטה חרושצ'וב, את נאום "על פולחן האישיות והשלכותיו", שבו יצא נגד המנהיג יוסיף סטאלין ופשעיו. הנאום שכונה "הנאום הסודי", נישא במושב סגור של הוועידה ה-20 של המפלגה הקומוניסטית-סובייטית, בפני כ-1,400 איש – כולם נציגי הוועידה החיים בתוך בריה"מ. שאר חברי הוועידה הוצאו מהאולם מוסקבה, כדי לשמור על סוד הדברים.
הנאום נשמר בסוד ותוכנו עסק במדיניות האלימה של המשטר הקומוניסטי תחת סטאלין. במשך ארבע שעות דיבר חרושצ'וב על פולחן האישיות של סטאלין, על הדיכוי והרדיפות נגד בני עמו ועוד פשעים שבוצעו תחת ידו.
למרות בעולם ידעו כי במוסקבה נישא נאום היסטורי, לא הצליחו בקהיליות המודיעין של המערב לשים את ידם על נוסחו המלא. ב-13 באפריל, כחודשיים לאחר הנאום, הגיע הנאום המלא לראש השב"כ עמוס מנור וזה העבירו לסוכנות הביון האמריקנית ה-CIA והנאום המלא אף פורסם בעיתון "הניו יורק טיימס".
פרסום נוסחו המלא של עורר תדהמה במדינות רבות ובייחוד במדינות הגוש הקומוניסטי וחשף בפני רבים את מעשה הזוועה של סטאלין. תוצאת פעולת המודיעין הישראלית, הביאה להוקעה של הסטליניזם ויש שגורסים כי השפעתה גרמה עם השנים גם לנפילתו של המשטר הקומוניסטי.

לכידת אדולף אייכמן
בתום מבצע מורכב, שנמשך כמה שנים והיה חוצה יבשות, הצליחה קהיליית המודיעין של ישראל לשים את ידה על הפושע הנאצי אדולף אייכמן ולהביאו למשפט בישראל. עם סיום המלחמה נמלט אייכמן לארגנטינה, שם השתמש בזהות בדויה כריקרדו קלמנט. המידע שלפיו הפושע הנאצי נמצא בבואנוס-איירס, נמסר ב-1957 למוסד ולמשטרת ישראל וב-1960 החל המבצע לתפיסתו.
באתר שירות הביטחון הכללי נכתב כי המבצע ללכידת אייכמן בוצע בחמישה שלבים: הראשון, איסוף המודיעין לבירור זהותו וכתובתו, תוך אימות המידע שהצביע על קלמנט כאייכמן; השני, איסוף מודיעין לפני המבצע, שליחת חולייה לארגנטינה, ותכנון חטיפתו והבאתו לארץ; השלישי, שלב הביצוע; הרביעי, החזקתו בארגנטינה והעברתו במטוס לישראל; השלב החמישי, העמדתו לדין והוצאתו להורג לאחר שנגזר עליו עונש מוות.
את המבצע ביצעו שני צוותים שכללו עשרה אנשי מוסד ורופא, שהרדים את אייכמן לאחר לכידתו והבאתו לבית מבטחים בארגנטינה. המבצע נחשב לנועז ביותר, והכוח הצליח לפעול מתחת לאפם של השלטונות בארגנטינה. על המבצע עצמו נאמר בעבר: "כזאת עוד לא הייתה ספק אם עוד תהיה".
המרגל אלי כהן
"מעשיו של אלי כהן חסכו למדינת ישראל חטיבות רבות של חיילים, והמידע שהביא לפני מלחמת ששת הימים היה מידע שלא יסולא בפז, והביא לניצחון הגדול במלחמת ששת הימים", כך תיאר לוי אשכול, ראש הממשלה במלחמת ששת הימים, את פועלו של המרגל הישראלי שפעל בסוריה והוצא להורג ב-18 במאי 1965.
כהן נולד במצרים ב-1924 ולמד בבית הספר היהודי בעיר אלכסנדריה. ב-1957 עלה לישראל ואחרי 3 שנים גויס ליחידה המבצעית של אגף המודיעין בצה"ל, שם הוכשר כמרגל. ב-1961 נשלח לארגנטינה, שם אימץ לעצמות דמות בדויה של גולה סורי בשם כאמל אמין ת'אבת. אחרי שנה הוא "חזר" לדמשק, בנה לו שם של פטריוט והתיידד עם אנשי צבא ובכירים מהצמרת הסורית.
ב-1964 כהן הועבר לפיקוח של המוסד, וחשף תוכניות של סוריה לחבל במוביל הארצי, ולעזור בהקמת אש"ף ובחימושו. סוריה אף ניסתה להטות את מי מקורות הירדן באזור הבניאס, אך ישראל הגיבה בירי מדויק בזכות המידע שמסר.
בינואר 1965 כהן נעצר בביתו, כאשר הגרסאות בדבר תפיסתו סותרות. טענה אחת היא שכהן נתפס בזמן ששידר לישראל, לאחר שהצבא הסורי השקיט את אמצעי הקשר שלו כדי להחליפם למכשירים חדישים יותר, וכך בעצם עלו עליו. לפי עדויות אחרות כהן נתפס במיטתו אחרי שעורר חשד, כשרק בחיפוש של הצבא נמצאו מכשירי השידור והקליטה, כמו כן אמצעי חבלה.
בפברואר 1965 נערך משפטו של המרגל הישראלי בסוריה, ועל אף מאמצים רבים של מדינתנו להציל את חייו והצעות שכללו כסף, מידע וציוד, המשטר בדמשק החליט לתלות אותו. כהן ייזכר כאחד המרגלים הגדולים בתולדות המדינה, שתרם להיערכות של ישראל במלחמת ששת הימים ולהשתלטות על רמת הגולן.
שיחת נאצר-חוסיין
ביום השני של מלחמת ששת הימים, ה-6 ביוני 1967, נערכה שיחת טלפון בין נשיא מצרים דאז גמאל עבד אל-נאצר ומלך ירדן המנוח חוסיין. השניים התכוונו להציג מצג שווא, שלפיו ארה"ב ובריטניה משתפות פעולה עם ישראל בלחימה וכי מטוסי קרב של אותן המדינות המריאו מנושאות מטוסים במזרח הים התיכון ותקפו את שדות התעופה של מצרים וירדן.
שיחת הטלפון, שהתקיימה בקו אלחוטי, נקלטה על ידי חייל ביחידה 515 (כיום 8200) ותוכנה הועבר להנהגה הישראלית. למחרת החלו במצרים ובירדן לקיים את מה שנאמר בשיחת המנהיגים. החל משידורים ברדיו, המשך בניסיון של קהיר לערב את מוסקבה במלחמה בשל המעורבות של האויבת האמריקנית ובפעולות נגד אניות אמריקניות ועוד. בשל כך החליט שר הביטחון דאז, משה דיין, לפרסם את השיחה והיא אכן נחשפה בשידור בגלי צה"ל.
פעולת יירוט השיחה הפכה לאחד מהישגי אותה מלחמה ונחשבת לאחד מסיפורי ההצלחה הגדולים של אמ"ן, שהצליח לחשוף שיחה בין שני מנהיגים שנחשבו לבעלי השפעה רבה באותן שנים.
מבצע אופרה
בערב חג השבועות תשמ"א (7 ביוני 1981) יצאו שמונה מטוסי F-16, ושישה מטוסי F-15 למבצע מורכב מעל אדמת עיראק שמטרתו – השמדת הכור הגרעיני "תמוז". ההחלטה התקבלה על ידי ראש הממשלה דאז, מנחם בגין, שעוד ב-1979 קיבל הערכה מראש אגף המודיעין, יובל נאמן, על כך שמשטרו של סדאם חוסיין יוכל לייצר כארבע פצצות פלוטוניום מדי שנה.
סא"ל (מיל') ד"ר רפאל אופק, מומחה לפיזיקה וטכנולוגיה של הגרעין, אשר שירת בעברו בקהיליית המודיעין הישראלית כחוקר, סיפר במאמר שכתב לאתר 'ישראל דיפנס' כי תשומת הלב המודיעינית הוסבה לסוגיה כבר ב-1974 ובשנים, שחלפו עד לתקיפה זוהתה כוונתה של בגדד לפתח תוכנית גרעינית למטרות צבאיות בשיתוף פעולה עם צרפת ואיטליה.

השקתו של הפרויקט הגרעיני אוסיראק והסכם שנחתם בין עיראק לאיטליה לשיתוף פעולה גרעיני "למטרות שלום", הדליקו נורת אזהרה בקרב קהיליית המודיעין ואז החלה עבודת איסוף חומרים סיזיפית למציאת האקדח המעשן נגד בגדד. לפי אופק, במלאכת איסוף החומרים השתתפה כל קהיליית המודיעין בראשם המוסד ויחידת 8200 שבשיתוף פעולה עם אמ"ן יירטו מברקים רלוונטיים לפרויקט העיראקי, בדגש על מסרים שהועברו בין פריז לבגדד. ככל שחלף הזמן, הצטברו בידי המודיעין הישראלי הוכחות להיבטיה ה
בנוסף, האיבה בין ישראל לחוסיין הייתה ידועה, אולם המידע המודיעיני על בניית הכור וקצב ההתקדמות שלו, ועל סיוע צרפתי לפרויקט בשל מניעים כלכליים, גרם לממשלת בגין להבין ב-1979 שאסור להישאר אדישים.
שנה לאחר מכן, ב-1980, חוסיין מתח את החבל כשאיים להשמיד את ישראל בהצהרות "יש לכתוש את תל-אביב בפצצות", ובממשלה תכננו תגובה הולמת. הרמטכ"ל רפאל איתן ז"ל בחן הצעות שונות וזו שנבחרה הייתה כאמור תקיפה אווירית. ראש האופוזיציה, שמעון פרס, התנגד וטען שיש למנוע פיתוח גרעיני בעיראק בהפעלת לחץ דיפלומטי על צרפת, אך למרות ההתנגדות שלו ושל גורמים בכירים נוספים, הוחלט לתקוף בעיראק.
התקיפה כאמור הסתיימה בהצלחה גדולה, כשטייסי חיל האוויר הטילו 16 פצצות, מתוכן 12 חדרו את מבנה הכור הגרעיני והשמידו אותו. שלושה שבועות לאחר מכן נערכו הבחירות לכנסת עשירית, שבהן ההפצצה הפכה לסוגיה מרכזית כשמנחם בגין נבחר שוב לראשות הממשלה, בעוד ב'מערך' הטילו שאלות בנוגע למועד המבצע.
השמדת הכור הסורי
ב-21 במרץ הותר לפרסום מבצע "מחוץ לקופסא", השמדת הכור הגרעיני הסורי בדיר א-זור על ידי כוחות חיל האוויר של ישראל. בלילה שבין ה-5 ל-6 בספטמבר 2007 תקפו מטוסי קרב של חיל האוויר את הכור שהיה בשלבי הקמה מתקדמים ונבנה בסיוע מומחי גרעין מצפון קוריאה.

כבר משנת 2005 זיהו גורמי המודיעין של הצבא את פרויקט הגרעין הסורי, ובשיתוף פעולה עם המוסד, גיבשו תמונה ברורה שהצביעה על הפעילות הגרעינית המתנהלת בסוריה. בחטיבת המחקר הוקם צוות גדול שעסק באיתור מודיעין על הפעילות בכור ובניתוח האסטרטגיה הסורית בתחום הגרעין במהלך חודש מרץ 2007 התגלה האקדח המעשן, בזכות מבצע חשאי של סוכני מוסד שהצליחו להשתלט על חומרים מפלילים בנוגע להקמת הכור.
סוכני המוסד פעלו באחת ממדינות אירופה והצליחו להשיג את החומרים, ובזכות פעילות מוצלחת החל לנוע גלגל השיניים הישראלי. בתחילת ספטמבר 2007 יצא לדרך המבצע לתקיפת הכור, ובלוח זמנים קצר, תוך מספר שעות, נערכו בחיל האוויר לעלות לאוויר ולצאת לדרך. ביום ה-5 בספטמבר 2007 בשעה 22:30 יצא לדרך המבצע "מחוץ לקופסא". בשעה 2:30 הוא הסתיים אחרי שהוטלו בשטח 18 טון של חומר נפץ, ומטוסי חיל האוויר נחתו בשטח ישראל.

תפיסת ארכיון הגרעין של איראן
ב-30 במאי 2018 חשף ראש הממשלה בנימין נתניהו במסיבת עיתונאים כי ישראל הצליחה להשיג את ארכיון הגרעין הסודי של הרפובליקה האסלאמית. מדובר ביותר ממאה אלף מסמכים, חלקם בקלסרים וחלקם בדיסקים שעל פי ההערכות שקלו כחצי טון.

בכיר ישראלי סיפר ל'הניו יורק טיימס' כי הפעולה להשגת המסמכים האיראניים בוצעה באישון לילה בחודש ינואר האחרון, לאחר שהמידע על המחסן שבו נמצא הארכיון היה בידי ישראל כבר בחודש פברואר 2016. לפי הדיווח, לוחמי המוסד, פשטו על המחסן, הוציאו את המסמכים המקוריים בשפה הפרסית והעבירו אותם לישראל.
"מדובר בכמות אדירה של חומר. מעולם לא הגיעה כזו כמות אדירה עם חומר חדש. מדובר באוצר בלום, ובאתגר מקצועי וטכני מורכב מאוד. המאמץ לפענח את המידע לא הסתיים ומה שהוצג הוא תובנות ביניים בלבד", ציין גורם מודיעיני בכיר. גורם מדיני הוסיף כי "קומץ אנשים באיראן ידע על קיומו של הארכיון והם טרחו למדר אותו ככל יכולתם. הם עשו מאמצים כבירים להסתיר את החומר אחרי חתימת הסכם הגרעין ב-2015 וההסתרה מלמדת עד כמה ייחסו לו חשיבות".