אגף ההנדסה והבינוי במשרד הביטחון ושירות בתי הסוהר החלו הבוקר (ב'), בתום שבועות של תכנון והערכות, בהזרמת חומר בינוי ייחודי למילוי ועיבוי החללים בתת הקרקע, שבמתחם כלא גלבוע. חומר המילוי הוכן מראש על ידי מהנדסי משהב"ט ומומחי בינוי.
עם השלמת עבודות ההכנה, הגיעה הבוקר לכלא שיירת מכליות, שהזרימו כ-1200 קו"ב של חומר מילוי לנקודות תורפה שונות, שאותרו במבנה הכלא ובתשתיות. זאת על מנת למנוע אפשרות לניסיונות בריחה בעתיד.
פרויקט מיגון כלא גלבוע מבוצע במשותף ע"י משרד הביטחון, שירות בתי הסוהר והמשרד לביטחון הפנים. הוא צפוי להימשך מספר שבועות.

אחרי אירוע הבריחה אמרו גורמים בשב"ס כי כלא גלבוע נבנה באופן בזק ולא תוכנן כראוי, ועל כן כדי להפוך אותו למאובטח ומוגן יותר יש צורך בעבודות תשתית משמעותיות.
לצורך ביצוע עבודות המיגון פונו כ-140 אסירים מאגפים מסוימים והועברו לבתי כלא אחרים ברחבי הארץ, עדל השלמת העבודות.