צוות המכון למדיניות ואסטרטגיה (IPS) בראשות אלוף (מיל.) עמוס גלעד פרסם את הדו"ח השנתי על כלל אתגרי הביטחון של מדינת ישראל בכלל הזירות.
הדו"ח שנכתב על ידי צוות המכון מעמיד בראש סדר האתגרים את תוצאות השיחות הגרעין בין איראן למעצמות: "בפתח שנת 2022 ישראל מתמודדת עם אתגרים אסטרטגים מתעצמים לביטחונה הלאומי, ובראשם האיום האיראני בגרעין ובאזור, ונפיצות הסוגיה הפלסטינית ביהודה ושומרון וברצועת עזה" נכתב בדו"ח. "האסטרטגיה האיראנית עקבית ופועלת במטרה לבסס השפעה אזורית, לערער את היציבה האמריקאית במזרח התיכון ולסדוק את הברית הסונית-ישראלית, לצד הפיכתה למדינת סף גרעינית דה-פקטו. האסטרטגיה הישראלית מצויה במלכוד נוכח שתי אפשרויות גרועות: הסכם גרעין חדש-ישן יעניק לאיראן לגיטימציה בינלאומית, ויחזק את כלכלתה באופן שיאפשר למשטר להעצים את פעילותו במזה"ת, ולהדק את טבעת החנק על ישראל באמצעות הקמת בסיסי אש אזוריים, וחיזוק המיליציות והשלוחים האיראניים בסוריה, לבנון ועזה. מנגד, פיצוץ שיחות הגרעין עלול להוביל את איראן להחלטה על האצת פרויקט הגרעין, והעשרת אורניום לרמה צבאית עבור פצצה תוך שלושה שבועות בהינתן החלטה מדינית. בתרחיש זה, הכלים הנמצאים ברשות ישראל לבלום פריצה זאת מוגבלים. יתירה מזאת, ובכל תרחיש – קפיצת המדרגה בידע, במחקר ובפיתוח, בבניית הצנטריפוגות המתקדמות וביכולות הטכנולוגיות המתקדמות שצברה איראן, ביססו תשתית גרעינית מדינתית מפותחת שתשמש אותה בטווח הזמן הקצר או הארוך".
בחלק של ההמלצות כותבים המומחים כי נכון יהיה שישראל תיערך לתרחיש של חתימה על הסכם גרעין שלא יהיה בהלימה עם האינטרסים הביטחוניים-אסטרטגיים שלה. במסגרת זאת, ירושלים צריכה למנף את ההסכם כדי להגדיל את הסיוע הביטחוני מוושינגטון, ולהצטייד בפלטפורמות שיבססו את היתרון האיכותי של צה"ל.
"ישראל צריכה להאיץ את תהליך בניין הכוח והעלאת הכשירות המבצעית לתרחיש של תקיפת אתרי הגרעין. מהלך זה יחזק את ההרתעה הישראלית, ויאפשר גמישות בתהליך קבלת ההחלטות בהינתן הצורך" נכתב בדו"ח.
בהקשר הפלסטיני נכתב בדו"ח מעריכים כותבי הדו"ח כי האתגרים לשנת 2022 מתעצמים נוכח החולשה הגוברת של הרשות הפלסטינית, החשש מן "היום שאחרי" אבו מאזן, התגברות טרור הבודדים, הניכור של הדור הצעיר מהממסד הרשותי, והנפיצות הגוברת נוכח התחזקות חמאס והעדרה של אסטרטגיה ישראלית כוללת.

"הביקור של יו"ר הרש"פ, בביתו של שר הביטחון הישראלי היה הביקור הראשון מזה עשור בפגישה מדינית רשמית בישראל. למפגש עצמו יש חשיבות בשימור צירי התקשורת פתוחים, בביסוס מעמדו של יו"ר הרש"פ בזירה הפלסטינית, ובחיזוק היציבות הביטחונית. עם זאת, למרות החשיבות הקונקרטית של המפגש, המהלכים של ישראל לא חורגים מן המדיניות הנגלית בעשור האחרון שבבסיסה חיזוק הרש"פ וניהול הסכסוך".
באשר לארגון הטרור חמאס נכתב כי "חמאס מנסה למנף את החולשה של הרשות ולחזק את מעמדו בזירה הפלסטינית, באמצעות הסתה מאורגנת, "קניית לבבות" באיו"ש וירושלים, ובניסיון לפתח תשתיות טרור ביהודה ושומרון. האסטרטגיה של חמאס ארוכת טווח וחותרת להשתלטות מלאה על הזירה הפלסטינית, והמשך המאבק נגד ישראל. עם זאת, האינטרס המשותף והזמני של הצדדים בשלב זה לא להיגרר להסלמה נשמר, ומבליט בעיקר את חוסר נכונותה של ישראל לעצב משוואה חדשה מול הארגון, נוכח המחירים האפשריים, והצורך להתמקד בסוגיה האיראנית. לצד זאת, הנפיצות נשמרת, וההתכנות להסלמה בעקבות מיסקלקולציה או ניצול הזדמנות של חמאס להוביל סוגיה לאומית פלסטינית (סוגיית האסירים למשל) נשמר".
גם השנה הדו"ח מצביע על כך שישראל לא מגבשת אסטרטגיית ביטחון לאומי כוללת כדי לתת מענה לאתגרים המורכבים בגבולותיה ובמעגל השלישי, ולמצות עד תום את ההזדמנויות בזירה האזורית והבינלאומית.
עוד ממליצים במכון לחזק את התיאום הביטחוני ואת הסיוע האזרחי-כלכלי, תוך חיזוק המשילות של של הרשות הפלסטינית, ובלימת ההתבססות של חמאס בשטח. המומחים ממליצים ברצועת עזה להמשיך בתהליך ההסדרה, אך להיערך למערכה צבאית נגד חמאס. בהיבט ארוך הטווח, ישראל צריכה לגבש אסטרטגיה כוללת המצביעה על אופק מדיני למימוש תפיסת ההפרדה, כדי לבלום את התהליך הזוחל של התממשות "המדינה האחת" תחת כסות "ניהול הסכסוך", "והשלום הכלכלי".
המלצה אחת בדו"ח כבר מיושמת "ישראל צריכה להדק את יחסיה האסטרטגיים עם ירדן" זאת נכתב לפני ביקורו של שר הביטחון בני גנץ אצל מלך ירדן עבדאללה השני. כמו כן המכון קורא לדרג המדיני לחזק קשרים עם מצרים ומדינות המפרץ נוכח התגברות האיום האיראני באזור. הקשרים האסטרטגיים חיוניים ליכולת של ישראל להקרין כוח אזורי, לפתח עומק אסטרטגי, ולגבש קואליציה אזורית לבלימת איראן ולבידודה. השת"פ האזורי של ישראל עם העולם הסוני צריך להתבסס על אינטרסים ביטחוניים-צבאיים, אך להתרחב להקשרים כלכליים-תרבותיים רחבים יותר בשאיפה לקדם נורמליזציה ביחסים הבילטראלים. עם זאת, ההתקרבות של מדינות המפרץ לאיראן ממחישה את "תקרת הזכוכית" ביחסים האסטרטגיים בין הצדדים, ואת מגבלות השת"פ האזורי.
בהיבט ההתקפי קובע המכון כי המב"מ (המערכה בין המלחמות) מהווה כלי חיוני בבלימת ההתבססות האיראנית באזור ובחיזוק ההרתעה הישראלית, אותו נדרש לבסס ואף לפתח.