בישיבת הממשלה שנערכה הבוקר (א') אישרו השרים הקמת ועדת חקירה ממלכתית בנושא רכישת הצוללות וכלי השיט מגרמניה בתקופת ממשלת נתניהו.
ההצעה שקידם שר הביטחון גנץ התקבלה לא בלי התנגדות מצד שרים בממשלה. שרת הפנים איילת שקד הודיעה עוד לפני ישיבת הממשלה כי תתנגד. במהלך הישיבה אמרה: "אי אפשר להתעלם שיש כאן חברים ממפלגות אחרות שהלכו עם הנושא של הצוללות בליבת קמפיין הבחירות שלהם לאורך כמה מערכות בחירות. אבל צריך להגיד שהיועמ"ש ופרקליט המדינה קבעו שלא הייתה כאן שחיתות. יש אנשים שנוח להם להקשיב להם – כשנוח להם, וכשלא נוח להם – לא מקשיבים להם, גם זה בעיניי מעורר שאלות".
עוד אמרה שקד כי "ועדות חקירה כמעט אף פעם לא בודקות את תפקוד הממשלה הקודמת. הקמנו שתי ועדות על תפקוד ממשלות קודמות, אני מרגישה שהממשלה לא משתמשת בכלי הזה במשורה"
שרת הפנים תירצה את התנגדותה בכך שמתוך 14 ועדות החקירה הממלכתיות עליהן החליטו ממשלות ישראל לדורותיהן, אף אחת מהן לא הייתה על מעשים של שלטון קודם. כך למשל בוועדת כהן – ממשלת בגין בדקה את עצמה (סברה ושתילה). בוועדת אגרנט – ממשלת גולדה בדקה את עצמה (יום כיפור). בוועדת אור – ממשלת ברק בדקה את עצמה (אירועי אוקטובר).
השרה שקד הסבירה כי ועדת חקירה שכזו קובעת פרוצדורות והלכות שבסופן יצמצמו את מרחב הפעולה של הדרג המדיני, וכי לוועדות כאלה יש אפקט מצנן מאד על מקבלי ההחלטות. עדות לכך לשיטתה, היא מה שקרה למשטרה כתוצאה מוועדת אור. את ההשפעה של ועדת החקירה על אסון מירון לדבריה, ניתן היה לראות כבר בהילולת הבבא סאלי שהתקיימה לאחרונה. ההילולה השנה עלתה 2.5 מיליון שקלים במקום חצי מיליון שקלים, מכיוון שהמשטרה, לדברי שקד, רצתה להגן על עצמה.
שר התקשורת יועז הנדל שהצביע בעד אמר במהלך ישיבת הממשלה כי ״ועדת חקירה תפקידה לבחון אזורים בהם אנחנו לא סומכים על המערכות שתחתינו. כלי לחשיפת האמת ולהפיק לקחים כדי לשפר, לכן צריך קרטריונים ברורים מתי מקימים. אני בעד הקמת ועדת חקירה לצוללות, אבל אל תתבלבלו, מה שמעניין את התושבים בבאר שבע, בנגב או בגליל זה אם יזרקו אבנים על מסילת הרכבת או ישרפו רכבים ליד הבית שלהם. האיום הממשי היום על מדינת ישראל זה חוסר המשילות, בנגב, בגליל ובערים המעורבות. המחדל המרכזי הוא איך הגענו למציאות בה ישנן אוטונומיות במדינת ישראל תוך התעלמות מוחלטת של ממשלות ישראל בעשור האחרון ואת זה חייבים לתחקר. כדי שהמראות של אירועי ׳שומר החומות׳ לא יחזרו על עצמם חייבים לתחקר כדי לשפר. אם משתמשים בכלי של ועדת חקירה אז צריך להתשמש בכלי הזה גם בנושא חוסר המשילות״.
שר החוץ ויו"ר יש עציד יאיר לפיד הוציא הודעה בה נאמר כי "קומבינת הצוללות וכלי השיט היא כתם על ביטחון המדינה ועל הנהגת המדינה. לפני חמש שנים הבטחנו ועדת חקירה ממלכתית לחקירת הפרשה, ולמרות כל הלחצים וההתנגדויות היום זה קורה. למען חיילי צה"ל, למען מפקדי צה"ל, למען ביטחון מדינת ישראל אנחנו נחקור את הפרשה הזאת עד תום".
על אף ההשערה שהשר זאב אלקין יצביע נגד החקירה לאור עתידו הפוליטי, הוא הצביעה בעדה. במהלך הדיון התנה את הצבעתו בשלושה דברים: הבהרה של השר גנץ לא לפגוע בנושאי ייסוד ביטחוניים, תיקון נוסח ההצעה – במקום בדיקה רק של הדרג המדיני גם בדיקה של הדרג המקצועי, "למנוע עריפת ראשים" והשבת האמון. אלקין הסביר בישיבה כי זו צריכה להיות המטרה: "אני לא חסיד גדול של ועדות חקירה אבל במקרה הזה יש עננה גדולה כך שהוועדה תבדוק, תמצא את מה שצריך והאמון הציבורי יחזור".
מהליכוד נמסר בתגובה: "הדבר הראשון שהוועדה צריכה לבדוק זה איך כל מי שהתנגדו כל השנים לקניית שלוש צוללות נוספות – פתאום מאשרים את הרכישה, ובתוספת של מיליארדי ש״ח על חשבון הציבור, שהיו נחסכים לו הצוללות היו נרכשות בזמן.
"רכש הצוללות חיוני לשמירה על ביטחון ישראל, וזאת שערוריה שהוא התעכב עד עכשיו בגלל פוליטיקאים כושלים שפגעו בביטחון המדינה כדי לשרת טענות סרק פוליטיות".
