במכתב חריף בן ארבעה עמודים הבהירה ביום חמישי האחרון שגרירת ישראל למוסדות האו"ם בז'נבה, מירב אילון-שחר, כי ישראל לא תשתף פעולה עם ועדת החקירה לאירועי שומר החומות שהקימה מועצת זכויות האדם של האו"ם. המכתב מפרט כי ישראל רואה בעצם הקמת הוועדה צעד מוטה ופוליטי כנגד ישראל.
נכתב בו כי ישראל משתפת פעולה באופן קבוע ושוטף עם ארגוני זכויות אדם בינלאומיים, אך מצפה מהם לפעול בתום לב וללא משוא פנים. במקרה הנוכחי, נכתב, אין סיבה להאמין כי ישראל תקבל יחס סביר, שוויוני או בלתי מפלה מהמועצה או מוועדת החקירה, שכן החברים שמונו אליה התבטאו בעבר באופן עוין וחד-צדדי כלפי ישראל. במקום לסייע לקורבנות הפרת זכויות אדם חמורות ברחבי העולם, טוען המכתב, המועצה מבזבזת את משאביה ואת אמינותה בשירות תעמולה אנטי-ישראלית המונעת ממניעים פוליטיים.
עצם הקמת ועדת החקירה, נכתב, כבר היא שלעצמה מעידה על הטיה, שכן זוהי הפעם התשיעית בה מועצת זכויות האדם ממנה גוף שיחקור את התנהלות ישראל, ובסך הכול כשליש מהחקירות שיזמה המועצה היו כנגד ישראל. בנוסף, בהחלטה על הקמת הוועדה אין כל אזכור לאלפי הטילים שירה חמאס במהלך מאי 2021 לעבר ריכוזי אוכלוסייה אזרחיים בישראל.
המכתב המופנה לנאווי פילאי שמונתה לעמוד בראשות הוועדה, מציין כי היא עצמה ידועה כדוגלת באופן אישי באג'נדה אנטי-ישראלית. באמתחתם של חברי הוועדה התבטאויות רבות נגד ישראל, כולל תמיכה ב-BDS, תיאור פעולות ישראליות במונחים כמו "טיהור אתני" ו"טבח", וכן "הוצאת דיבה מבישה בהשוואה בין ישראל לאפרטהייד ששרר בדרום אפריקה".
נציין כי מועצת זכויות האדם של האו"ם אישרה ביולי את הצעת פקיסטן להקים את ועדת החקירה. מטרתה המוצהרת של הוועדה היא בדיקת כל האירועים ב"שטחים הכבושים הפלסטינים, מזרח ירושלים וישראל", כולל "שורשי הסיבות לאפליה השיטתית ודיכוי על בסיס זהות לאומית, אתנית, גזעית ודתית". כלומר, מנדט הוועדה הוא לבדוק לכאורה גם את ההתפרעויות הערביות בערים המעורבות, ולא רק את הלחימה מול עזה.
ארגון NGO MONITOR, מפרט כי נאווי פילאי שמונתה לעמוד בראש הוועדה, הייתה אחראית להקמת ארבע וועדות חקירה שעסקו אך ורק בישראל. הייתה אחראית לפרסום דוח גולדסטון, חתמה על מינוי הפעיל האנטי-ישראלי ריצ׳ארד פאלק לשליח המיוחד לענייני הפלסטינים ואישרה את קיומה של ועידת דרבן 2, בהשתתפות נשיא איראן לשעבר, מחמוד אחמדינג׳אד.
חבר נוסף בוועדה, מילון קוטארי, נכנס לישראל לפני 20 שנה במסווה של ביקור אקדמי, על מנת לכתוב דו"ח אנטי-ישראלי בשיתוף מספר ארגונים קיצוניים. בפרסום הוא התעלם מפיגועי ההתאבדות של הפלסטינים באותה תקופה והגדיר אותם כהתנגדות לגיטימית. גם הוא האשים את ישראל ב"טבח" ו"טיהור אתני", ואמר כי "האופי התיאוקרטי הבסיסי של המערכת המשפטית בישראל ייסדה תנאים אתניים על מנת ליהנות מזכויות מלאות". עוד חבר, כריס סידוטי, עובד ב-15 השנים האחרונות עם ארגוני חברה אזרחית פלסטיניים, שחלקם עד היום מזינים את האו"ם במידע חד-צדדי על הסכסוך.
ההערכה היא כי מטרת הוועדה היא לייצר "עדויות" שיאפשרו לה לקבוע שישראל היא מדינת "אפרטהייד", כחלק מהמהלך אל מול בית הדין הפלילי הבינלאומי.