תנועות הג'יהאד האסלאמי וחמאס מתחו ביקורת על קבלת הפנים שנערכה בטורקיה לנשיא יצחק הרצוג ואת מאמצי אנקרה לשפר את היחסים עם ירושלים. בהצהרה לעיתונות אמרו בג'יהאד האסלאמי כי הארגון "מגנה בחריפות את קבלת הרצוג בטורקיה לאור פעולותיה הקיצוניות של ישראל בירושלים, והעובדה שביקור כזה מייצג הטיה חיובית כלפי האויב (ישראל) במדינה על חשבון הפלסטינים".
בג'יהאד האיסלאמי התמקדו בעם הטורקי ושיבחו את "העמדות החזקות של העם המוסלמי הטורקי, שדוחה את הביקור כי הוא חורג מעמדת העם הטורקי בתמיכה בזכויות העם הפלסטיני".
ארגון חמאס הצהיר כי הוא "עוקב בדאגה רבה אחר ביקוריהם של פקידים ומנהיגים ישראלים במספר מדינות ערביות ואיסלאמיות, שהאחרון שבהם הוא ביקוריו של הרצוג במספר מדינות מוסלמיות באזור", מבלי להזכיר את טורקיה. חמאס הביע אכזבה "מאותם ביקורים אצל אחינו במדינות ערב והאסלאמיות, שאנו רואים בהם עומק אסטרטגי לעם הפלסטיני ולמטרתו הלאומית הצודקת".
עוד נאמר בהצהרה שכאמור אין לטורקיה כל אזכור בה כי "אנחנו חוזרים על עמדתנו העקרונית לדחות כל צורות של נורמליזצייה עם אויבנו המפר את קדושותינו, מחלל את ירושלים ואל-אקצא, וממשיך במצור ובתוקפנות נגד עמנו ברצועת עזה".
צריך לציין כי לחמאס יש יחסים טובים עם טורקיה, שנוהגת לארח את מנהיגי התנועה באופן קבוע ומזדמן, בניגוד לעמדתה של ישראל. נשיא טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן קיבל את הרצוג באנקרה, על רקע המאמצים בין שתי המדינות לשים קץ לשנים של מתיחות ביחסים.
