בית המשפט העליון החליט היום (ג') ברוב דעות להורות לשרת החינוך יפעת שאשא-ביטון לפעול על פי המלצתה של ועדת פרס ישראל, ולהעניק את פרס ישראל לשנת התשפ"א בתחום חקר המתמטיקה ומדעי המחשב לפרופ' עודד גולדרייך, שחתם על עצומה הקוראת לחרם על מוסדות אקאים ביו"ש. השופט נעם סולברג, בדעת מיעוט, סבר שאין עילה משפטית להתערבות בהחלטת שרת החינוך.
השופטת יעל וילנר, שכתבה את פסק הדין המרכזי, קיבלה את עמדת היועץ המשפטי לממשלה וקבעה כי לא היה מקום להתערב בהחלטת הוועדה המקצועית להעניק לפרופ' גולדרייך את הפרס. את החלטתה הסבירה השופטת וילנר בעיקר בכך שגם בהסכם שחתמה ממשלת ישראל עם האיחוד האירופי לשיתוף פעולה מדעי ותעשייתי, הוסכם להחריג מוסדות אקדמאים ביהודה ושומרון, אם כי באותו הסכם הובהר מפורשות כי הדבר לא מבטא דבר באשר לעמדתה העקרונית של ישראל ביחס לאותם אזורים.
בנוסף כתבה השופטת וילנר כי "פרס ישראל ניתן על בסיס מצוינות ותרומה מקצועית מובהקת, שנבחנות על-ידי ועדת מומחים, ולא על בסיס שיקולים חברתיים-ערכיים, שהגבול בינם לבין שיקולים פוליטיים – עמום". השופטת וילנר הבהירה כי לאורך השנים ועדת הפרס המליצה על מתן פרס ישראל לאנשים שונים בגין פועלם המקצועי, ושרי החינוך אישרו את ההמלצות חרף התבטאויות פוגעניות ומקוממות מצד חלק מהמועמדים.
לבסוף קבעה השופטת וילנר כי "הגם שאין להקל ראש בחומרת המעשה של פרופ' גולדרייך, וחרף החומרה היתרה שטמונה בקריאה לחרם – החלטת השרה שלא להעניק לפרופ' גולדרייך את פרס ישראל בגין חתימתו על העצומה, אינה מגעת כדי נסיבה חיצונית נדירה וקיצונית שניתן להביאה בחשבון כשיקול לבר-מקצועי".
לטענת וילנר, "שרת החינוך דיברה אפוא בשני קולות. האחד – במסגרת הסכם שיתוף הפעולה החריגה השרה בפועל, בהיותה חלק מהממשלה, את אזור יהודה והשומרון מתחולת שיתוף הפעולה האקדמי של ישראל והאיחוד האירופי. בקולה האחר – החליטה השרה לשלול מפרופ' גולדרייך את פרס ישראל בגין קריאתו לאותה החרגה".
לדבריה של וילנר הצטרף השופט השופט יצחק עמית שטען כי "קשה להלום שגורלו של פרס ישראל יהיה כפוף לנכונותם של השר או השרה לילך בתלם פסיקת בית המשפט, או יהיה כפוף לשיקול ערכי-חברתי-מוסרי-אידיאולוגי-פוליטי של שר החינוך בשנה נתונה, בניגוד לדין, מתכון בטוח לפוליטיזציה של הפרס. גבולות סמכותו של השר הותוו בפסיקה הנוגעת לפרס ישראל, ושרת החינוך, בהחלטתה במקרה דנן, חרגה מהן".
השופט סולברג כתב בדעת מיעוט כי הוא לא רואה עילה להתערב בהחלטה וכי "אין זה מתפקידו של בית המשפט לבחון מהי ההחלטה הנכונה שראוי לקבל, קרי – האם להעניק את הפרס או להימנע מהענקתו". לדברי סולברג, השרה לא חרגה מתחום סמכותהּ, לא טעתה בפרשנות של דין, לא הסיגה את גבולהּ של ועדת הפרס, לא התערבה בשיקול דעתה המקצועי, לא פעלה בשרירות, לא נקטה משׂוא פנים, לא נתנה ידה לאפליה, ולא שקלה שיקולים זרים. "זכות 'המילה האחרונה' נתונה לשרת החינוך, ואין זה מתפקידו של בית המשפט לבצע 'מקצה-שיפורים'".
השופט סולברג ציין, כי גם אילו החליטה השרה כן להעניק את הפרס לפרופ' גולדרייך, בהתאם להמלצת הוועדה, והייתה מוגשת עתירה שלא לתת את הפרס, הוא היה טוען כי אין להתערב בהחלטת השרה. לטענת סולברג, משניתנה החלטת שרת החינוך בסמכות, שיקולים רלבנטיים נשקלו, אין עילה להתערבות שיפוטית.
בתגובה לפסק הדין כתב יו"ר סיעת הליכוד ומרכז האופוזיציה, ח"כ יריב לוין, כי "אין מדינה בעולם שהייתה מעניקה את הפרס החשוב ביותר שלה לאדם שקורא להחרים אותה. אין בית משפט בעולם שהיה לוקח לידיו בניגוד לכל דין את הסמכויות של שרת החינוך, ומקבל החלטה כזו במקומה. הפסיקה המופקרת של בג״ץ, תוך רמיסת כל כללי שלטון החוק והמנהל התקין, ותוך מתן פרס ועידוד לאנשי ה- BDS ולתומכיהם, היא עוד חוליה בשרשרת החרפה של מערכת משפט שאיבדה כל כיוון".