מאז שהחל גל הטרור בתחילת מרץ ניסו במערכת הביטחון, בצה"ל ובשב"כ להבין מה עומד מאחורי ההסלמה הגוברת. בצה"ל ובמשרד הביטחון חשבו שהדלת שפתח השר בני גנץ בפני אבו־מאזן, זו שהביאה את יושב ראש הרשות עד לבית השר בראש־העין, תייצב את השטח ותאותת לרחוב הפלסטיני על התחלה של תהליך שלום. גנץ הבטיח לאבו־מאזן שככל שהשקט יישמר ישראל תקדם עוד ועוד מחוות שיחזקו את שלטונו, ואחד הסימנים לכך היה שבחג פורים לא הוטל סגר, לראשונה זה שנים.
באשר לרצועת עזה, מערכת הביטחון המליצה לדרג המדיני להרחיב את המחוות ההומניטריות, וביום ראשון הממשלה אכן אישרה מתן 20 אלף היתרים ליציאת פועלים מעזה. המסר שעבר דרך מצרים היה ש"השקט ביום האדמה יכריע לאן פנינו". גורם מדיני מבהיר שההיתרים טרם ניתנו במלואם, ומספר הפועלים שנכנסים לישראל עומד על 14 אלף לערך. היו אפילו גורמים במערכת הביטחון שראו באופק עסקת שבויים מתונה, והאמינו ששחרור מחבלים פלסטינים "יעבור" בציבוריות הישראלית.
אך גל הטרור טרף את תקוותיהם של בכירי מערכת הביטחון. מאז הפיגוע בבאר־שבע תהו שם מהי הסיבה לגל הרצחני ומי אחראי להסלמה, ואתמול גורם ביטחוני האשים את חמאס: "זו לא הפעם הראשונה שהארגון מגייס משאבים ועושה מאמצים גדולים להתסיס את השטח, ולצערנו הפעם זה הצליח לו".
לדבריו, המסרים של חמאס היו שהוא רוצה רגיעה והסדרה בעזה – אבל באותו הזמן הוא עשה הכול כדי להעיר את השטח ביהודה ושומרון. "ידענו שפרק הזמן הזה של רמדאן, חגי האביב והפסחא, ובהמשך יום העצמאות ומה שהם מגדירים 'הנכבה הפלסטינית', הוא תקופה רגישה מאוד. ידענו לשים אצבע גם על העיתוי של ההליך המשפטי בנושא חאן אל־אחמר ונערכנו להסלמה, אבל חשבנו שהיא תגיע ממקום אחר". במערכת הביטחון גם לא העריכו שהפיגועים יהיו חמורים כל כך, הוא אומר.
כוחות הביטחון נערכים לקראת סוף השבוע, בדגש על דריכות בירושלים ובהר הבית. מבט נוסף מופנה לעבר עוטף ירושלים. המשטרה תתגבר את כוחותיה בבירה מהבוקר, ומג"ב יתגבר את הכוחות בעוטף ירושלים – בשיתוף צה"ל, שהכריז על עוצר יציאות לכל היחידות הלוחמות ביהודה ושומרון. רק לקראת יום רביעי הבא ידונו במערכת הביטחון בביטול ההקלות שבכירי המערכת תכננו להמליץ עליהן לדרג המדיני.
באופן חריג, צה"ל יצא למבצע מעצרים ביהודה ושומרון לאור יום, כדי להביא אל חדרי החקירות של השב"כ עשרות פעילי טרור, רובם אנשי חמאס וחלקם בעלי זיקה לדאעש. לפי הגורם הביטחוני, מאחורי המבצע עמד מידע מודיעיני על סייעני המחבל שיצא למסע הרג בבני־ברק; הערכת מצב העלתה שהמעצרים ילוו בירי חי, והמבצע המוקדם נועד לסכל את הניסיון להפוך את המעצרים לזירות קרב בלילה ולמנוע את הימלטותם של היעדים.
במבצע השתתפו מאות לוחמים, רובם מדובדבן, סיירת גולני, יחידת המסתערבים (ימ"ס) של איו"ש ולוחמי שב"כ. נעצרו בו 31 מבוקשים, ובהם כמה החשודים בסיוע לפיגוע הירי בבני־ברק. במהלך הפעילות התרחשו כמה היתקלויות, והן הסתיימו במותם של שלושה חמושים שתקפו את חיילי צה"ל. רס"ל א׳, צלף מיחידת דובדבן, נפצע קל מירי, טופל טיפול ראשוני בשטח, ופונה במסוק.