כמעט 12 שנה לאחר שסיים את כהונתו בתפקיד מנכ"ל בתי הדין הרבניים חוזר הבוקר (א') הרב אלי בן דהן לשמש בתפקיד. הרב בן דהן, אשר שימש במהלך 12 השנים הללו בין היתר כחבר כנסת, וכסגן שר במשרד לשירותי דת ומשרד הביטחון, מונה לתפקיד פה אחד על ידי הוועדה לבחירת דיינים שהתכנסה בזום, בהתאם להצעת השר לשירותי דת מתן כהנא.
השר כהנא אמר בישיבת הוועדה כי "הנסיון העשיר של הרב אלי בן דהן בשירות הציבורי ובמנגנוני שירותי הדת הם מה שנחוץ כעת לבתי הדין הרבניים. האמון לו זוכה הרב אלי מהרב הראשי, נשיא בתי הדין הרב לאו שליט"א יביא ברכה גדולה לבתי הדין. אני מודה לרב דוד מלכה, המנכ"ל היוצא על כל פועלו בבתי הדין בשנים האחרונות".
הרב אלי בן דהן אמר בישיבה, "אני מודה לשר כהנא, לרב הראשי הרב לאו וחברי הועדה על האמון שנתנו בי. אני מקבל על עצמי בחרדת קודש את המשימה החשובה ומקווה לרומם את בתי הדין למקום הראוי להם".
מיד לאחר המינוי שוחח הרב בן דהן טלפונית עם נשיא בית הדין הגדול, הרב דוד לאו, והודה לו על המינוי. הרב הראשי איחל לבן דהן הצלחה וסייעתא דשמיא בתפקידו לטובת בתי הדין הרבניים.
נציין כי בשנת ה'תשמ"ט מונה הרב בן דהן לראשונה לתפקיד מנהל בתי הדין הרבניים על ידי שר הדתות דאז, זבולון המר, ולבקשת נשיא בית הדין הרבני הגדול באותם ימים, הרב מרדכי אליהו זצ"ל. הרב בן דהן שימש בתפקיד במשך 21 שנה, בהן חולל מהפך במערכת בתי הדין, בין היתר באמצעות הפיכתם ליחידת סמך עצמאית שאיננה חלק אינטגרלי ממנגנון משרד הדתות. הרב בן-דהן הקים במסגרת מערכת בתי הדין את היחידה לטיפול בעגונות וקרן הסיוע לעגונות, אשר החלו בהפעלת חברות חקירה פרטיות כדי לאתר סרבני גט בישראל ומחוצה לה. כמו כן, קידם את כניסתן של הטוענות הרבניות לפעילות בבתי הדין. בשנת 2010 הוחלט לקצוב את כהונתו והוא עזב את המערכת. בשנת 2013 נבחר לכנסת כחלק ממפלגת האיחוד הלאומי ברשימת הבית היהודי, ולאחר הבחירות מונה לסגן השר לשירותי דת נפתלי בנט. בעקבות קשריו ההדוקים עם בנט התמודד לקראת הבחירות ב-2015 בפריימריס של מפלגת הבית היהודי ושובץ במקום הרביעי ברשימה. לאחר הבחירות מונה לסגן שר הביטחון וכיהן בתפקיד במשך כארבע שנים.
