אנשי הארכיון המרכזי לתולדות העם היהודי שבספרייה הלאומית חשפו לאחרונה כתב יד מהמאה ה־18, המתעד את משפטי הטריבונל של האינקוויזיציה הפורטוגזית. כתב היד, בן כ־60 עמודים, מתאר בשפה הפורטוגלית את המשפטים שניהלו אינקוויזיטורים לאורך כ־130 שנה, בעיקר בליסבון, בין השאר כנגד משפחות האנוסים, שהואשמו כי המשיכו לקיים את מצוות היהדות בסתר. המשפטים כללו עונשים אכזריים ובהם העלאה פומבית על המוקד.
בשנת 1536 הקימה הכנסייה הקתולית בפורטוגל אינקוויזיציה, לפי בקשתו של המלך ז'וּאָאוּ השלישי, בעקבות זרם המוני של אנוסים שברחו למדינה מאימת האינקוויזיציה הספרדית במדינה השכנה. בעקבות הרדיפות והמרות הדת הכפויות שהובילה האינקוויזיציה הפורטוגלית, מאות אלפי יהודים נותקו באכזריות מדתם.
כתב היד, שכותרתו "זיכרון של כל האוטוס־דה־פה אשר התרחשו בליסבון", הוא מעין כרוניקה תמציתית של מעשי האוטו־דה־פה, טקסי ענישה פומביים של "כופרים", שהתנהלו בעיקר בליסבון בירת פורטוגל אך גם בעיר טומאר, בין השנים 1540־1669. מצוינים בו תאריכים מדויקים, מקום המשפט ושֵם הכומר שנשא דרשה בתחילתו. דרשות אלה היו מרכיב משמעותי בתהליך המשפט ושימשו אמצעי לחינוך ההמון הנוצרי. הן זכו להפצה והנצחה גם בדפוס. החיבור מציין את מספר הגברים והנשים שהואשמו בכפירה, ואת מספר העולים על המוקד.
טקסט מעמוד 9 בכתב היד, בתרגומה של ד"ר עליזה מורנו מהספרייה הלאומית, מדווח ביבשושיות מצמררת: "שנת 1576 אוטו־דה־פה בעיר ביום 23 למאי, תחת האינקוויזיטור הראשי אדון ד. דה מנרס. יצאו 28 אנשים, 23 גברים ו־5 נשים, מתוכם 8 הוצאו להורג". אף שמדובר במשפטים שנערכו במאות ה־16 וה־17, כתב היד עצמו מתוארך למאה ה־18. השערת החוקרים היא כי מדובר בהעתקה של טקסטים ששרדו מהמאות הקודמות. הוכחה לכך היא העובדה שכתב היד כולו נכתב בעת אחת.
בין העומדים למשפט נמצאו "הנוצרים החדשים" שהואשמו ב"התייהדות", אולם הרדיפות לא נעשו על רקע דתי בלבד. גם "נוצרים ישנים" הורשעו במעשי סדום, בביגמיה, בהחזקת ספרים אסורים ובחילול הקודש. העונש שקיבלו היה הגליה ל"ספינת המשוטים", שמשמעותו הייתה עבודת פרך כעבדים.
ד"ר יוחאי בן־גדליה, מנהל הארכיון המרכזי לתולדות העם היהודי בספרייה הלאומית, אומר ש"כתב היד מספק עדות מוצקה על פעילות האינקוויזיציה ועל שימור החיים היהודיים בידי האנוסים. קיים ויכוח עד כמה סיפור האנוסים הוא מציאות היסטורית, או שמא בדיה שהאינקוויזיציה הגתה כדי שתהיה לה 'עבודה'. האמת כנראה באמצע, וכתב היד ממחיש אותה".
הגילוי החדש מתכתב עם ממצאים נוספים שאיתרו חוקרי הארכיון במהלך השנים. "אנחנו פועלים רבות בארכיונים בחו"ל כדי לאתר מידע על חיים יהודיים, ועשינו עבודה רבה גם בארכיונים בפורטוגל ובספרד, סביב האינקוויזיציה", מציין ד"ר בן־גדליה. "פעמים רבות אנחנו מחפשים תיעוד במקורות יהודיים, וזו אחת הדוגמאות לכך שתיעוד נרחב מגיע דווקא ממקורות לא יהודיים. תגליות כאלה שופכות אור על מציאות חיים סבוכה ועל מסירות הנפש של יהודי ספרד לשמירה על מצוות הדת גם בעת צרה".