אחרי כיבוש ירושלים בשנת 1516 השקיעו הסולטנים העות'מאנים מאמצים וכספים רבים כדי לבנות מחדש את עיר הקודש, אך עשו מעט מאוד כדי לשמור במצב תקין את כיפת הסלע ומסגד אל־אקצה. כשהחיילים הבריטים כבשו את העיר ב־1917, הם מצאו את הר הבית במצב של הזנחה מוחלטת. כיפת הסלע ומסגד אל־אקצה היו כמעט על סף קריסה. אין תיעוד של אנשי דת חשובים או מלכים מוסלמים משמעותיים שהתפללו בהר הבית במהלך יותר מ־400 שנות השלטון העות'מאני (1516־1917). גם ההמונים המוסלמים לא הגיעו להתפלל בהר באותן השנים.
במשך מאות שנים היה הר הבית פתוח רק למוסלמים. שומרים חמושים הרחיקו בכוח כל מי שאינו מוסלמי. ספר אחד מאמצע המאה ה־19 מתאר את הסגירה באופן הבא: "בכל שער של הר הבית נראים דרווישים מוסלמים המגיעים מברברי שבאפריקה… חמושים בחניתות, עומדים זקיף יום ולילה, כדי למנוע מכל אדם טמא, כלומר כל אחד מלבד מוסלמים, להיכנס לקודש זה".
ובכל זאת, אין ספק שהיה מספר קטן של יהודים שהמשיכו לבקר בהר הבית. רובם לא השאירו תיעוד על ביקורם, כך שאיננו יודעים מה מספרם המדויק של העולים היהודים להר. ידוע לנו מארכיוני בתי המשפט על מעטים שנתפסו, ומעטים נוספים שהזכירו את ביקורם בהר הבית בכתביהם.
למשל, רבי זכריה אלזהרי (1519־1585), אחד המשוררים היהודים המפורסמים מתימן, ביקר בירושלים באמצע המאה ה־16. שהותו הקצרה בירושלים באה לאחר מסעות נרחבים בהודו ובמזרח התיכון. בצפת שהה שנים רבות. על שהותו הקצרה בירושלים כתב לקונית: "הלכתי בהר הבית". אלזהרי חזר לתימן בסביבות 1567.
האיסור המוחלט על כניסה לשטח הר הבית למי שאינו מוסלמי נשאר בתוקף עד סוף מלחמת קרים (1853־1856). עם זאת, "תאונות" אכן קרו. בוקר אחד בשנת 1833 מצאו השומרים המוסלמים צעיר יהודי שבילה כל הלילה בהר הבית. הוא גרם נזק גדול למנורות ולפנסים וכדומה, אבל במהרה הבחינו השומרים שהוא חסר דעת. המוסלמים גררו אותו מההר והשליכו אותו לכלא, שם הכו אותו ללא רחם כל היום כי חשבו שחובה דתית לעשות כן.
הם ביקשו משליט הארץ, מחמוד עלי פאשה ממצרים, לאשר את העונש הרגיל, והוא העלאה על המוקד. אך התשובה לבקשתם לא הייתה זו שציפו לה. עלי פאשה כתב שהשומרים הם האחראים למחדל וראויים להיענש על רשלנותם. את היהודי, קבע, יש להוציא לחופשי מכיוון שהוא נימול, ולכן הוא דומה במידה מסוימת למוסלמי. אומנם, אין לאפשר לו להיכנס חופשי לקודש. בכל מקרה, הכריע, לא מגיע לו עונש מוות.
עם ירידת כוחה של האימפריה העות'מאנית במאה ה־19, הצליחו כמה יהודים חשובים לקבל אישור רשמי לעלות להר הבית. בין אלה היה סר משה מונטיפיורי, מלווה באשתו ובג'יימס פיין, הקונסול הבריטי בירושלים. מונטיפיורי, יהודי שומר מצוות, היה מודע להתנגדותה של הרבנות לעליית יהודים על הר הבית. הוא חשב שיוכל להתגבר על איסורה אם יגיע למקום בקופסה סגורה, במה שמכונה הלכתית "שידה, תיבה או מגדל". כך חשב שלא יעבור על האיסור לעלות בטומאה.
במלחמת קרים נלחמו מדינות ההסכמה (בריטניה, צרפת והאימפריה העות'מאנית) נגד רוסיה. המלחמה הייתה חלק מתחרות ארוכת שנים בין המעצמות האירופיות על השפעה בתחומי האימפריה העות'מאנית המידרדרת. אחת ההשלכות הרבות של תבוסת רוסיה במלחמה הייתה פתיחת הר הבית לכל אדם, לא משנה מהי דתו – ויתור שהבריטים המנצחים התעקשו עליו. לפי הסכם השלום, העות'מאנים התחייבו שהר הבית יהיה פתוח מעתה למי שאינם מוסלמים מדי יום, למעט בימי שישי.
בתגובה לפתיחת הר הבית לכולם, רבני ירושלים הוציאו שוב תקנה שאסרה על יהודים לעלות להר הבית. כל יהודי שהעז להתעלם מהתקנה עמד בפני תגובה אלימה מצד הקהילה היהודית, לרבות איום בחרם. אולם תקנת הרבנות לא התקבלה על כל היהודים, אפילו לא על כל הדתיים שבהם.
ד"ר לודוויג אוגוסט פרנקל, משורר אוסטרי ומזכיר הקהילה היהודית של וינה, הגיע לירושלים בשנת 1856 כדי לפתוח את ביה"ס למל, בית הספר היהודי הראשון בירושלים שהיו אמורים להילמד בו מקצועות חילוניים. פרנקל היה מודע לכך שהרבנים מנהיגי היישוב הישן התנגדו לבית ספרו. הוא גם הכיר את תקנתם שאסרה על עלייה להר הבית, אך לא היה יכול לעמוד בסקרנותו.
מכיוון שלא רצה לפגוע ביהודים שהוא ניסה למשוך את ילדיהם לבית ספרו החדש, הוא קבע את ביקורו להר הבית בשבת בבוקר, כשרחובות העיר ריקים מכל היהודים שהיו אז בתפילה בבתי כנסת. כך הוא קיווה להימלט מהזעם של יהודי ירושלים.
הברון אדמונד בנימין ג'יימס דה־רוטשילד, שתרומותיו הנדיבות תמכו מאוד במוסדות הציוניים בעשורים הראשונים של שיבת ציון, עלה להר הבית בביקורו בירושלים באפריל 1887. הוא עלה שוב בביקורים מאוחרים יותר, אף שנודע לו על התנגדות הרבנים לביקורים כאלה.
בנימין זאב הרצל הגיע לירושלים באוקטובר 1898 כדי לזכות בתמיכתו של הקייזר הגרמני וילהלם השני במפעל הציוני. הוא רצה מאוד לבקר בהר הבית אבל החליט לכבד את רגשות הקהילה היהודית בירושלים, אף שהוא עצמו היה יהודי חילוני לחלוטין. לכן הוא צפה על הר הבית רק מגג בית הכנסת תפארת ישראל בעיר העתיקה.
הברון רוטשילד וד"ר לודוויג פרנקל לא היו היהודים היחידים שביקרו בהר הבית בשנים שלפני מלחמת העולם הראשונה. העיתון "המוריה" דיווח ב־1914 שיהודים רבים מ"היישוב החדש", כלומר יהודים חילונים, ביקרו בגלוי בהר הבית והלכו משער אחד למשנהו, אפילו נכנסו למבנים השונים. ב־1913 כתב הרב קוק להנהלת גימנסיה הרצליה החדשה בתל־אביב וביקש ממנה לא להעלות את תלמידיה להר הבית כשיצאו לטיול השנתי לירושלים.
ראש עיריית ירושלים מסר כתב כניעה לצבא הבריטי ב־9 בדצמבר 1917. יומיים לאחר מכן נכנס לעיר הגנרל אלנבי ככובש הנוצרי הראשון שלה מאז מסעי הצלב. הגנרל אלנבי ניסה להפגין את רצונו הטוב של הממשל הצבאי כלפי כל תושבי העיר. כשהוא עומד על מדרגות מגדל דוד לקבל את כניעת העיר הודיע כי "כל בניין קדוש, מקום קדוש, קבר קדוש, אתר מסורתי, הקדש, או מקום תפילה של שלוש הדתות ימשיכו להיות מנוהלים לפי המנהגים והנוהלים הקיימים".
אלנבי דיווח לממונים עליו בלונדון שהר הבית עכשיו "בשליטה מוסלמית, ובסביבת המסגד הוקם מחסום צבאי של קצינים וחיילים מוחמדים [מוסלמים הודים]. הוצאה פקודה שאסרה על כל מי שאינו מוסלמי לעבור את המחסום ללא רשות מהמושל הצבאי והמוסלמי האחראי".
הצו ביטל את המדיניות הבריטית המסורתית שדרשה גישה חופשית להר הבית לכולם. צו הסגירה נענה במחאה נחרצת מצד נוצרים באנגליה שרצו לחזק את הנוכחות הנוצרית בירושלים, אולם לא נרשמו מחאות מיהודים. שלושה חודשים לאחר מכן ציווה הקבינט הבריטי על אלנבי לבטל את הצו, ולאפשר שוב גישה חופשית להר הבית לכולם.
זמן קצר לאחר מאורעות תרפ"ט (1929) סגר המופתי של ירושלים, חאג' אמין אל־חוסייני, את שערי ההר לכל היהודים. ממשלת המנדט הבריטית, ככל הנראה, הסכימה עם האיסור הזה. מאז נאסרה העלייה ליהודים למשך 38 השנים הבאות.
מאיר לבנברג הוא פרופ' אמריטוס בבית הספר לעבודה סוציאלית באוניברסיטת בר־אילן