עם התעצמות גל הפיגועים הנוכחי, המתמקד ביהודה ושומרון ובהתיישבות, החלו בשבועות האחרונים תושבים ביו"ש לקיים מפגני מחאה, לעיתים גדולים במיוחד שמנו מאות תושבים, בכניסות לכפרים הפלסטינים הגדולים ובצירים המרכזיים ביו"ש. נראה כי לא פעם כוחות הבטחון שמו להם למטרה של ממש לעצור בכל דרך, כולל באלימות קשה, את אותם מפגני מחאה.
תיעוד שהגיע לידי אתר מקור ראשון מראה כיצד מפגינים שעומדים בצומת בה"ד 3, סמוך למחסום חווארה, ומקיימים תפילה שקטה ועצרת מחאה, נתקלים לפתע בהשלכת רימוני גז מצד הלוחמים שהיו במקום בניסיון לפזר את ההפגנה. התושבים שהיו במקום אמרו כי הופתעו: "לא באנו להפר את הסדר, לא באנו להתעמת. הבענו מחאה שקטה על הכביש, ולבסוף הכוחות שצריכים לסכל פיגועים החלו בירי רימוני גז לעברנו".
בצה"ל אמרו כי מי שביצע את ירי הרימונים היו לוחמי מג"ב, ובמשטרה הגיבו כי "מדובר בסרטון חלקי שלא מציג את האירוע מתחילתו. מדובר בקבוצת מתפללים שעברו ללא אישור מחסום צבאי המוביל לעיר שכם, המוגדרת כשטח אסור ומסוכן לכניסת ישראלים. הרחקתם בוצעה רק לאחר שסירבו לבקשת הלוחמים להתרחק לאחור ובמטרה לשמור על ביטחונם".
***
משה פואה, איש חינוך תושב אלון, מורה המארגן את חלק מאותן העצרות, הגיע לפני כשבועיים לצומת הכניסה לשכם ושם יצא ממכוניתו וצילם סרטון בטלפון הנייד שלו בו הוא קורא לחבריו ושכינו להגיע באותו ערב למחות יחד איתו בצומת המדובר. פואה סיפר כי כוח צה"ל שהיה במקום התנפל עליו, לקח ממנו את הטלפון והחזיר אותו רק אחרי שהחיילים פשפשו בגלריה ומחקו את הסרטון והתמונות שצילם בצומת. בסרטון שתיעד מאוחר יותר ניסו הלוחמים להסביר לפואה שרצו רק לשמור על השטח רגוע. "החיילים דפקו לי מכות", הוא סיפר "לקחו לי את טלפון והסכימו להחזיר לי רק אחרי שהם מחקו את הסרטון שצילמתי, הייתי בהלם ועדיין מזעזע אותי לחשוב על זה".
מצה"ל נמסר בתגובה על התקרית: "מוקדם יותר היום הגיע אזרח סמוך לעיר שכם שבמרחב החטיבה המרחבית שומרון במהלך פעילות מבצעית של כוחות צה"ל, הפריע לתנועה וסיכן את עצמו ואת העוברים והשבים. כוח צה"ל ביקש מהאזרח להתפנות מהכביש, ומשלא נענה, הרחיקו הלוחמים את האזרח מהכביש".
***
גם מחאות אחרות ביהודה ושומרון נתקלו לאחרונה במאמצים של צה"ל למנוע את הגעת המוחים למקום ההפגנה. מתיישבי אביתר, היישוב שהוקם סמוך לצומת תפוח, ופונה בקיץ שעבר בפשרה עם הממשלה, התכוונו לבנות סוכה בחג הסוכות מול שטח הכניסה לישוב, וגילו במקום כוח צבאי שמסר להם צו המכריז על הגבעה כ"שטח צבאי סגור", ימים ספורים קודם לכן הגיעו מתיישבים רבים למחות בעיר הערבית חווארה בשומרון וגם ליד תקוע הערבית שבגוש עציון. כשהגיעו התושבים למחות על המצב הביטחוני המסלים באזור הם גילו להפתעתם כי על שתי נקודות אלה הוכרז צו שטח צבאי סגור בניסיון למנוע את ההפגנה.
בצה"ל אמרו על כך כי "צווי שטח צבאי סגור נחתמים על ידי הגורמים המוסמכים לכך בפיקוד המרכז, בהתאם להערכת המצב הביטחונית השוטפת ובמטרה לשמור על הביטחון והסדר הציבורי".
בסוף השבוע חשפנו במקור ראשון, כי בדיונים על הארכת מעצר של שלושה מהחשודים נציגי המשטרה ניסו להסתיר מהשופטים את המידע כי גם נערים שהתעמתו עם פלסטינים עשו זאת לאחר שהותקפו וספגו יידוי אבנים, הנציגים שוב ושוב נשאלו אם היה ידוע להם על תקיפה מצד הערבים שקדמה למעשי היהודים, והם השיבו שלא, אחרי התעקשות מצד עורך הדין נתי רום, שייצג את העצורים מטעם ארגון "חוננו" – הראו הנציגים כי המידע היה ידוע להם ואף הופיע בחומר החקירה.

חבר הכנסת שמחה רוטמן ("הציונות הדתית") אמר בתגובה על הפרסום כי "בדיון על מסוכנות בהארכת מעצר, הסתרת מידע שכזה מבית המשפט היא שיבוש הליכי משפט. אפשר לנחש שאיש לא ישלם על כך מחיר, כי אין מח"ש ואין גוף ביקורת מתפקדים".
בהפגנות בחווארה נעצרו בשבועיים האחרונים מספר מפגינים בחשד לפגיעה על רקע לאומני בפלסטינים, אך הם שוחררו לאחר שבדיוני הארכת מעצר נגדם לא התרשמו השופטים מהחשדות ומחומר החקירה.
אחד המתיישבים, אריאל דנינו, נעצר בחשד לפגיעה ברכוש ותקיפה על רקע לאומני וכן העלבת שוטר. אחרי שבית המשפט הורה למשטרה לשחררו ממעצר וכי לא זיהו השופטים עילה להחזיקו עוד בהגבלות – דרשו נציגי המשטרה להטיל עליו תנאים מגבילים בשל החשד שהיה נגדו ב"העלבת שוטר", כך שדנינו מצא את עצמו מקבל הרחקה של 60 יום מחווארה וכן איסור על יצירת קשר עם שורת מכרים וחברים, בגלל שאמר לשוטר "סע סע".
באחד מדיוני הארכת המעצר של עצורי חווארה אמרו נציגי המשטרה כי כוחות צה"ל מוצבים בכפר "לצורך פעילות של מניעת חיכוך ופגיעה ברכוש פלסטיני".