כשנתיים לאחר שהוקמה, מפקדת אלון, מפקדת הקורונה לאומית לקטיעת שרשרת ההדבקה ולסיוע למדינה במאבק בקורונה צפויה להיסגר בתחילת שנת 2023. מועד הסגירה הרשמי של המפקדה של פיקוד העורף שבראשה עומד תא"ל שלומי בן מוחה הוא ב17 בינואר וטקסי הסגירה הרשמיים של מערך היחידות של המפקדה שבבסיס פקע"ר ברמלה יצויינו בשורת אירועים בימים שלאחר מכן. לעת עתה, פעילות משל"ט הקורונה 'מגן ישראל' צפויה להמשיך עד לסוף חודש ינואר ולהיסגר.
כל תחומי האחריות של המשל"ט שנלקח מידי משרד הבריאות לאחר שלא עמדו בעומס, יוחזרו אליהם. בחודשים האחרונים מתפקד מערך 'מגן ישראל' שבראשו עומד פרופ' סלמאן זרקא כאמון על ההתמודדות מול מחלות השפעת והקורונה ומובילים שם את מבצעי עידוד ההתחסנות. גורמים במשרד הבריאות סבורים כי יש לאחד את הטיפול בבריאות הציבור ולהחזיר את השליטה והאחריות לידיהם ולעת עתה לא ברור האם פעילות משל"ט הקורונה תימשך לאחר ה-31 בינואר.
ההחלטה על הקמת המפקדה הלאומית של צה"ל לסיוע בהתמודדות מול הקורונה וניהול מערכי הבדיקות, הבידודים, מלונות הקורונה ועוד התקבל בשלהי הגל השני של פרוץ הנגיף בישראל. היא החלה את פעילותה ב-4 באוגוסט 2020. למעלה מחצי מיליארד שקלים הושקעו במפקדת אלון, אלפי חיילים "הושאלו" לה, ובראשה הועמד תת־אלוף ניסן דוידי. בתום תהליך ההקמה, שנמשך בין אוגוסט לנובמבר 2020, קיבלה עליה המפקדה את האחריות המלאה לניהול המאבק נגד מגפת הקורונה בישראל, שכבר גבתה עד אז 2,500 קורבנות.
העברת הסמכות לקטיעת שרשראות ההדבקה מידי משרד הבריאות הייתה ההחלטה הראשונה כמעט של פרופ' רוני גמזו, הממונה על הקורונה לשעבר, כשנכנס לתפקידו בשלהי יולי. בנאומו הראשון לציבור הכריז שמשרד הבריאות כשל בקטיעה יעילה של שרשראות ההדבקה, וקבע: "צה"ל יודע להכריע אויבים בביטחון, ויֵדע להכריע גם את הקורונה". בינואר 21 חשפנו במקור ראשון תחקיר על הקמת המערך וכישלונו במשימות קטיעת השרשראות הדבקה. בכירים במשרד הבריאות טענו אז כי המפקדה מבצעת תשאול שטחי, בידודי שווא והתעלמות מדעת המומחים. בעקבות ממצאי התחקיר שונתה משמעותית המדיניות ושיטות הפעולה בתחום. מאז פעלה המפקדה בהצלחה ובשיתוף פעולה עם משרד הבריאות ועם הירידה בתחלואה בסוף הגל החמישי (אומיקרון) סייעה המפקדה לעולים החדשים מאוקראינה.
במפקדה פעלו בשיאה אלפי חיילים שהיו אמונים על ארבעה מרכזים עיקריים: מרכז ניטור ובדיקות, מרכז דיגום ושינוע, מערך חקירות אפידמיולוגיות ומרכז האחראי על ניהול מלוניות ההחלמה והבידוד. בחודש יולי 2021, לאחר שנה מפרוץ הקורונה החליטה הממשלה לסגור את המפקדה ולהעביר את האחריות לידי משרד הבריאות. אלא שחודש קודם לכן החלה עלייה בתחלואה, במה שהפך במהרה לגל הרביעי (הדלתא). שר הביטחון בני גנץ הוא להמשיך בפעילות לפחות עד סוף שנת 2022.
גורם במשרד הבריאות הסביר לנו שהיום למעשה המדיניות הרשמית היא התייחסות אל הקורונה כעוד מחלה ויראלית ולמעט הנחיית בידוד לאלו שנבדקו במסגרות רשמיות ונמצאו חולים, אין כל הנחיות של בידודים או מאמצים למנוע הדבקה. בבתי החולים ובמרפאות נותרה כחובה ההנחיה לחבוש מסיכות אך זו לא נאכפת.
הבשורה על סגירת המפקדה של פיקוד העורף מגיעה על רקע עלייה במספר החולים קשה המאושפזים בבתי החולים בישראל עם מחלת הקורונה. במשרד הבריאות ובמשל"ט מגן ישראל קוראים לציבור, במיוחד לבני 65 ומעלה ולאוכלוסיות עם מחלות רקע להתחסן לקורונה ולשפעת כדי להיות מוגנים מפני תחלואה קשה ותמותה חלילה. נכון ל-28 בנובמבר בישראל יש 11,015 חולים מאומתים ובבתי החולים מאושפזים עם קורונה 454 מטופלים, בהם 140 חולים קשה. מפרוץ המגיפה נספו 11,845 בני אדם.
