השבעת הממשלה מתקרבת, והשרים המיועדים השונים מתחילים לאייש את התפקידים המקצועיים סביבם. שר האוצר המיועד בצלאל סמוטריץ', שיכהן גם כשר במשרד הביטחון ויהיה אמון גם על מעבר המנהל האזרחי, צפוי למנות לתפקיד ראש המנהלת החדשה שתוקם במשרד הביטחון את יהודה אליהו, איש אמונו שהולך עמו שנים ארוכות. אליהו יהיה אחראי על ביצוע "אזרחות שווה ליהודה ושומרון".
תפקיד יו"ר המנהלת יהיה מקביל במעמדו לתפקיד מנכ"ל משרד ממשלתי. יעמדו לרשותו תקנים וסמכויות והתפקיד אף כולל משכורת דומה לזו של מנכ"ל, יועצים, לשכה, רכב ועוד. המנהלת החדשה, שתוקם כחלק מביצוע ההסכמים הקואליציוניים, תשמש כזרוע המבצעת של השר לכל נושא הקשור במתפ"ש (מתאם פעולות הממשלה בשטחים) והמנהל האזרחי. בסמכויות המנהלת יהיו כלולים נושאים שונים הקשורים להתיישבות, ובמרכזן העברת תחומי אחריות המנהל האזרחי ביו"ש למשרדי הממשלה השונים.
על פי ההסכם בין "הציונות הדתית" לליכוד, השר במשרד הביטחון יקבל אחריות מלאה על שטחי הפעולה של מתפ"ש והמנהל האזרחי. לשם כך, ליחידת יו"ש באגף היועמ"ש למערכת הביטחון יוקצו 7 תקנים של יועמ"שים שלא יפחתו מדרגה א4, וכן 15 תקנים בדרגה א3, ותקן אחר בדרגה א5, אשר יוקצו לטובת מינהל ההתיישבות ושטחי הפעולה של השר. בתפקיד השר במשרד הביטחון ישמש סמוטריץ' עצמו, ואליהו צפוי להיות "הזרוע המבצעת" שלו במשרד.
אליהו, בן 44, תושב חרשה, ניהל מטעם סמוטריץ' את המשא ומתן מול הליכוד. הוא נחשב לאדם קרוב אליו ביותר, ועד היום התנהל מאחורי הקלעים. הוא ויו"ר "הציונות הדתית" למדו יחד בישיבה לצעירים (ישל"צ), בישיבת קדומים ולימים הקימו יחד את תנועת רגבים שאליהו עמד בראשה.
לפני חצי שנה פרש אליהו, לאחר ארבע שנים, מתפקידו כמנכ"ל מועצת בנימין. "יהודה החליט להתגייס למשימה ולהירתם לשליחות הלאומית של ניצחון המחנה הלאומי בבחירות, ולשם כך הוא מתכוון להתפטר מתפקידו כמנכ”ל המועצה כנדרש בחוק וכדי להיות פנוי לגמרי לביצועה של משימה חשובה זו", נמסר אז מהמועצה. אליהו עצמו אמר אז כי "המשימה הבאה שלי היא המשך ישיר לשליחות למען ההתיישבות ולמען בנימין".
כידוע, המנהל האזרחי הוא זרוע ביצועית הכפופה למתאם פעולות הממשלה בשטחים כחלק ממשרד הביטחון, האמון על יישום המדיניות מול האזרחים ביהודה ושומרון, פלסטינים ויהודים כאחד. תחומי האחריות במנהל מחולקים לקציני מטה האחראים על שלל נושאים – מחשמל ואנרגיה ועד תחבורה והגנת הסביבה. כל אחד מהם הוא למעשה הזרוע הביצועית המקצועית ביהודה ושומרון. לפי ההסכם הקואליציוני, רוב סמכויות המנהל הנוגעות לטיפול בבקשות התושבים היהודים יועברו לטיפול במשרדי הממשלה או למחוזות הממשלתיים הפזורים ברחבי הארץ. ואילו מנהלות תיאום וקישור (מת"קים) הפרוסות ברחבי יהודה ושומרון המיועדות לפלסטינים יישארו על כנן. כבר כיום ישנם תחומים, כמו חינוך, שבהם הרשויות ביו"ש פועלות ממילא ישירות מול משרד החינוך, וזה כמובן יישאר ללא שינוי.
האתגר המרכזי של השינוי במנהל האזרחי קשור לתחום המקרקעין. כיום כל קידום של תוכניות בנייה ביישובים נעשית דרך מועצת התכנון העליונה (מת"ע) של המנהל האזרחי. חלק מהרצף הבירוקרטי הארוך של אישור תכניות בנייה הוא קבלת אישור של שר הביטחון, כאשר כל שינוי במעמד קרקע והכרזה על שטח כעל אדמות מדינה נמצא תחת סמכותו ונזקק לאישורו. המנהל האזרחי הוא גם הקובע את סדר העדיפויות בכל הנוגע להריסת מבנים בלתי חוקיים.
