בהוראת היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט ופרקליט המדינה שי ניצן, פרקליטות המדינה הגישה כתב אישום נגד אשת ראש הממשלה שרה נתניהו בתיק המעונות. הפרקליטות מאשימה את נתניהו בכך שהזמינה ארוחות לבית ראש הממשלה בבלפור בעוד הדבר אסור כאשר פועל טבח במקום. על פי כתב האישום, נתניהו ביצעה זאת תוך מעשי מרמה.
בשבועות האחרונים נערך משא ומתן בין היועמ"ש מנדלבליט ופרקליט המדינה ניצן לבין באי כוחה של שרה נתניהו. כוונת הצדדים הייתה לנסות ולהימנע מכתב אישום על יד כך שנתניהו תודה במעשים ותשלם כ-300 אלף ש"ח לקופת המדינה. ואולם, המגעים נחלו כישלון מאחר שהיועמ"ש לא היה מוכן להבטיח שצעד כזה של נתניהו ימנע ממנו להגיש אישום, אלא התחייב להקלה במצב המשפטי בלבד. לאחר שכאמור המשא ומתן נחל כישלון, החליט היועמ"ש להגיש כתב אישום נגד גב' נתניהו.

הפרשה החלה בפברואר 2015 כאשר מבקר המדינה פרסם דוח ביקורת על הוצאות מעונות ראש הממשלה. בסמוך לכך נגבו במשטרה הודעות ממי ששימש בעבר בתפקיד אב הבית של מעון ראש הממשלה, מני נפתלי, לאחר שלבקשתו ועל דעת פרקליט המדינה והיועץ המשפטי לממשלה דאז, ניתנה לו חסינות מפני הפללה עצמית. למעשה, החלה "בדיקה מקדימה" בפרשה. ביולי 2015 היועץ המשפטי לממשלה דאז, עו"ד יהודה וינשטיין, קיבל את עמדת פרקליט המדינה והחליט לעבור לחקירה פלילית ביחס לנושאים מסוימים, שלגביהם התגלה חשד סביר: ענייני מימון הארוחות הפרטיות והשפים לאורחים פרטיים, עניין הטיפול הסיעודי, ופרשת החשמלאי פחימה.
לגבי מרבית החשדות הפרקליטות והמשטרה סברו כי התשתית הראייתית שנאספה לא מגלה חשד סביר ועל כן האפיק הפלילי נגנז. היו אלה פרשות: רכישת נרות נשמה – מבדיקת המשטרה עלה שהרכישה האמורה הייתה ידועה לגורמים הרלוונטיים במשרד ראש הממשלה ואושרה על ידם, נטילת פדיון בקבוקים למחזור – עלו גרסאות שונות בשאלה אם כספי פיקדון בגין מחזור בקבוקים ממעון ראש הממשלה הועברו לגב' נתניהו עצמה ושימשו להוצאות פרטיות או הועברו ל"קופה קטנה" של המעון ושימשו להוצאות שאינן פרטיות.
מכל מקום, בחודש יוני 2013 העבירה גב' נתניהו 4,000 ש"ח למשרד ראש הממשלה, סכום שלפי חשב משרד ראש הממשלה מתאים לאומדן שערך בעניין וריהוט גן ו"פטריות חימום" – מהחומרים שנאספו עלה כי בסופו של יום הוחזר למעון ראש הממשלה בירושלים הציוד החדש שנקנה. כמו כן, הוראות נוהל משרד ראש הממשלה בנוגע להשתתפות בהוצאות ראש ממשלה מכהן קובעות שאוצר המדינה משתתף בהוצאות החלפת או רכישת פריטי ריהוט במעון הפרטי של ראש הממשלה, ככל שפריטים אלה נדרשים לצורך אירוח מבקרים המגיעים לשם מתוקף תפקידו.


בפברואר 2016 מנדלבליט מחליף את וינשטיין בתפקיד היועמ"ש ובמאי 2016 תיק החקירה עבר מהמשטרה לפרקליטות מחוז ירושלים. הפרקליטות ביקשה השלמות חקירה שונות שארכו כמה חודשים. בין היתר, נחקר חשד נוסף שעלה מתוך חומרי החקירה ("פרשת המלצרים"). במאי 2017 התיק הוחזר מפרקליטות מחוז ירושלים לפרקליט המדינה. ביולי 2017 פרקליט המדינה מעביר את ההכרעות בעניין שרה נתניהו ליועץ המשפטי לממשלה. ושוב, היועמ"ש מחליט על עריכת השלמות חקירה נקודתיות נוספות. בספטמבר 2017 שרה נתניהו ועזרא סיידוף מוזמנים לשימוע לפני העמדה לדין. השימוע הוא לגבי בפרשת הזמנת הארוחות כאשר כל שבעת הפרשיות קובע היועמ"ש שלא להגיש כתב אישום.
בינואר 2018 הופיעו באי כוחה של נתניהו לשימוע בפני מנדלבליט שבעקבותיהם במרץ 2018 בוצעו השלמות חקירה ממוקדות ומתן אפשרות לסנגורים להשלים טיעון בעקבותיהן. לאחר מכן התנהל משא ומתן עם הסנגורים של נתניהו, בעקבות הצעתם לשלם את סכום הכסף. בהמשך, בחודשים מרץ-אפריל-מאי 2018 נמצא כי חומרים שנמסרו על ידי ניר חפץ בתיק 4000 עשויים להיות בעלי השלכה לתיק המעונות. הוחלט כי משטרת ישראל תבצע מספר השלמות חקירה ממוקדות נוספות, לרבות גביית עדות מניר חפץ (בוצע בסוף חודש מאי). לסנגורים ניתנה הזדמנות להשלים טיעונים בעקבות ההשלמות שבוצעו. כאמור, השבוע הוחלטה להגיש כתב אישום נגד שרה נתניהו ונגד עזרא סיידוף וטענות הסנגורים בשימוע נדחו.
באי כוחה של שרה נתניהו, עו"ד ד"ר יעקב וינרוט, ד"ר יוסי כהן ועמית חדד מסרו בתגובה: "כתב האישום מופרך והזוי. פעם ראשונה בישראל ובעולם שמעמידים לדין רעיית מנהיג על אוכל בחמגשיות. לא היו פה שום מרמה והפרת אמונים או קבלת דבר במרמה או כל עבירה שהיא. רעיית ראש הממשלה שאינה עובדת ציבור, כלל לא הכירה את הנהלים ויצאה דוברת אמת בבדיקת פוליגרף כשנשאלה בעניין זה. רעיית ראש הממשלה היא לא זו שהזמינה את המזון והחמגשיות, אלא אב הבית לשעבר, עד המדינה מני נפתלי, כפי שהוא הודה בעצמו בבית המשפט בהרצליה.
"משפחת נתניהו היא לא זו שצרכה את עיקר המזון והחמגשיות, אלא אנשים רבים אחרים, לרבות עובדי הבית. הסכום כולל גם אירוח אורחים רשמיים מהארץ ומהעולם, לרבות ארוחות דיפלומטיות עם מנהיגים שאמורות להיות ממומנות מתקציב אחר, ושגם אותן "הלבישו" על הגברת נתניהו. אבל האבסורד הגדול ביותר בכתב האישום נובע מכך שהוא מתבסס על נוהל בלתי חוקי, שגם מי שכתב אותו מודה שהוא בלתי חוקי. נוהל המבשלת נכתב בחטף על ידי שלושה פקידים חסרי סמכות, במיוחד עבור ראש הממשלה נתניהו, חמישה ימים בלבד לפני כניסתו לתפקיד ראש הממשלה במרץ 2009.
"הנוהל מעולם לא קיבל את האישור הנדרש על ידי ועדת הכספים של הכנסת שהיא הגורם היחיד המוסמך על פי חוק יסוד הממשלה, לקבוע מה מותר ומה אסור במעון ראש הממשלה. כתב אישום שמתבסס על נוהל לא חוקי, לא יכול להחזיק מים. לעומת זאת וועדת הכספים של הכנסת כן קבעה, בהתבסס על חוק יסוד הממשלה, שכל הוצאות הכלכלה של ראש הממשלה ומשפחתו במעון ראש הממשלה ישולמו על ידי המדינה, כפי שנקבע גם לגבי בית הנשיא. לא רק שכתב האישום מתבסס על טענות שקריות ועל נתונים שגויים ומסולפים, הוא מתבסס כולו על נוהל פסול ובלתי חוקי שהוחל במיוחד עבור ראש הממשלה נתניהו ועבורו בלבד. כעת נוצרה הזדמנות להטיל אלומת אור על העובדות לאשורן. אנו בטוחים שבסופו של דבר הצדק, האמת וההיגיון ייצאו לאור".