גם לאחר שהמפלגות החרדיות והדתיות חזרו לשלוט במערך הגיור, עם הקמת הממשלה, לא הצליחו מפלגות יהדות התורה והציונות הדתית להסכים על זהות האנשים שיעמדו בראשו, ולפיכך כניסת הממונים לתפקידם התעכבה זמן רב. הפשרה שהושגה לאחרונה צפויה להסדיר את פעילותו של המערך.
בתחילת ינואר פקע תוקף מינוים של ראש מערך הגיור הרב בניהו ברונר ושל מנהלו יוחאי רביבו. במקום ברונר מונה מועמדו של השר סמוטריץ', הרב יהודה עמיחי מקריית ארבע, ראש מכון התורה והארץ, דיין בבתי הדין לגיור וחבר הנהגת ארגון חותם. ראש הממשלה בנימין נתניהו חתם על המינוי.
אלא שהמפלגות החרדיות דרשו להחזיר לראשות המערך את הרב משה ולר, מקורבו של הרב הראשי לישראל דוד לאו, שכיהן בתפקיד לפני הרב ברונר ונחשב למחמיר ממנו.
העימות נפתר בעקבות מעורבותו של מזכיר הממשלה יוסי פוקס, והצדדים הסכימו כי הרב עמיחי יכהן כראש מערך הגיור ואילו הרב ולר יהיה מנהל המערך.
עם זאת, מינויו של הרב עמיחי מוגדר כמילוי מקום בלבד, וכהונתו תהיה בתוקף עד לכינוס הוועדה למינוי קבוע. גורמים פוליטיים חוששים כי העימות עלול להתפתח בחודשים הקרובים, כאשר יהיה צורך להכריע אם להאריך את כהונת הרב עמיחי או למנות מועמד אחר.
בהסכם הקואליציוני בין הציונות הדתית לליכוד נאמר כי הממשלה תפעל לתגבור הפעילות בתחום הגיור ולהרחבת מערך הגיור הממלכתי. על פי גורמים המעורבים במגעים שהתקיימו בחודשים האחרונים, למרות ההסכמות שהושגו בגזרת המינויים, הבדלי הגישות הגדולים בין שני הרבנים צפויים לחולל ויכוח מתמיד. בשעה שהמפלגות החרדיות מבקשות להקשיח את המדיניות ההלכתית של בתי הדין, בציונות הדתית מבקשים לקדם מדיניות ליברלית ומקלה יותר, שתפתח את הדלת לרבים המבקשים להיחשב כיהודים בעיני הרבנות הראשית.
