כרך ב' של הספר "הר הבית כהלכה", שנחנך באירוע חגיגי שקיימה ישיבת הר הבית, מסגיר את הסיפור יוצא הדופן של הישיבה הזו. תחומי העיסוק שלה עכשוויים, מעשיים ויומיומיים לגמרי מבחינת תלמידיה, אבל מבחינת רוב רובו של העולם הרבני זהו עיסוק במה שנהוג לכנות "הלכתא למשיחא", עתיד ערפילי שרב בו הנסתר.
הרב אלישע וולפסון, הרוח החיה מאחורי שני הכרכים ומאחורי ישיבת הר הבית, מנגיש את השיח הפנימי הזה בצורה שווה לכל נפש. לא פעם הוא מצטט בספר מדברי חבריו־תלמידיו הנאמרים בדיונים הלכתיים יומיומיים שמתקיימים במזרח ההר, סמוך לשער הרחמים, מקום שהעולים מכנים "בית המדרש של ההר".
הוא דן למשל בנוסח הברכות יוצא הדופן הנהוג בהר, שם בכל ברכה מוסיפים לפי ספר נחמיה את המילים "ברוך ה' א־לוהי ישראל מן העולם ועד העולם", והקהל איננו משיב ב"אמן" אלא ב"ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד". "בברכות שדרכן להיאמר בתפילת הציבור בהר הבית", מסכם הרב וולפסון, "יש לחזן לחתום 'מן העולם ועד העולם', והציבור לא עונה אמן אלא ברוך שם כבוד מלכותו".
המשנה מבהירה שאין להיכנס במקל הליכה להר מפני כבוד המקום, והרב אלישע וולפסון דן בשאלה האם הדבר נאסר גם למי שנזקק למקל הליכה מסיבות בריאותיות. בשורה התחתונה הוא מסיק ש"לכתחילה יש להימנע מלעלות עם מקל אף שהוא לצורך הליכה, אך יש לסמוך על המקילים במקום הכרח".
הוא דן גם בהלכות מורא מקדש, הלכות שהיו בין מתנגדי העלייה מי שרמזו שהעולים להר מקלים את ראשם בהן. למסקנתו, "מי שעולה לעיתים רחוקות ולזמן קצר בוודאי צריך לנהוג ביתר חרדת קודש, ולנצל את כל זמנו לתפילה וללימוד תורה במקום הקודש. אומנם גם באופן זה יש להתיר אכילה בעת הצורך, בפרט וכל שכן אכילה של מצווה כגון סיום מסכת וכדו' שיש להתיר בהר הבית. אך הנמצא בהר הבית תדיר ולזמן ארוך, יכול בעת הצורך לשוחח שיחת חולין ופרנסה אך לא שיחה בטלה. וכמו כן יכול לאכול שם, ואין צריך לצאת מהר הבית לשם כך".
הספר עוסק בין השאר בהגדרת שטח ה"חיל", שהקיף את המקדש לפי המקורות, וממנו ופנימה אסור לטמאי מת – כולנו, בשורה התחתונה – להיכנס. הוא מכריע שהיה זה שטח ברוחב עשר אמות, כחמישה מטרים, שהקיף את כלל המקדש והעזרה שלו.
הרב וולפסון מתייחס להלכה ייחודית נוספת הנוהגת בהר הבית בלבד – השתחוויה מוחלטת על רצפת אבנים, ללא חציצה. בכל מקום אחר שאיננו הר הבית המקודש זהו איסור, ואילו בהר הבית עצמו נהפך האיסור למצווה, מהמרכזיות שנהגו בזמן המקדש. כיום יהודי שמשתחווה בהר נעצר, אולם הרב וולפסון מתמקד בהיבט ההלכתי העקרוני: "יש להתיר למעשה להשתחוות על האבנים בהר הבית, ויש בזה מצווה רבה. ודנו בזה לפני הגאון הרב דב ליאור שליט"א ביחד עם כמה חכמים והסכים עמנו. אלא שאין ההיתר אמור אלא בהר המוריה, היינו הר הבית המקודש שהוא ת"ק אמה על ת"ק אמה.
"היום איננו יודעים לקבוע באופן מדויק את גבולות מקום זה, אך כשהולכים בהר הבית במזרח עד שער הרחמים בוודאי נמצאים בתוך השטח המקודש, וכן בדרום סמוך לרחבה המוגבהת. אם כן אין להשתחוות על הרצפה בפישוט ידיים ורגליים אלא במקומות אלו בלבד. ומחוץ למקומות אלו אפשר להשתחוות על ידי שיחצוץ עם בגד וכדומה בין פניו לאבן".
הרב מסכם בהבאת מדרש הממחיש את חשיבותה של ההשתחוויה בהר: "אמר רבי יצחק: הכול בזכות השתחוויה, ואברהם לא חזר מהר המוריה בשלום אלא בזכות השתחוויה – 'ונשתחווה ונשובה אליכם'… הגלויות אינן מתכנסות אלא בזכות השתחוויה שנאמר (ישעיה כז)' 'והיה ביום ההוא ייתקע בשופר גדול… והשתחוו לה' בהר הקודש בירושלים'. בית המקדש לא נבנה אלא בזכות השתחוויה שנאמר (תהלים צט) 'רוממו ה' א־לוהינו והשתחוו להר קודשו'".
