שעות בודדות לאחר שנודע על הפיגוע הקשה בצומת עלי, קבוצות של מתיישבים הודיעו כי יצאו למחות ולהפגין בצמתים ברחבי יהודה ושומרון בקריאה לממשלה לפעול ביד קשה מול הטרור. בניסיון לפזר את ההתקהלויות, השתמשו במשטרה ובצה"ל בשלל אמצעים נגד המפגינים. בצומת יצהר, עוד לפני התחלת ההפגנה, הוכנסו 3 נערים לניידת משטרה הודיעו להם כי חל על הצומת צו שטח צבאי סגור ועל כן הם עצורים בחשד להפרת הצו. עורך דין מארגון חוננו הגיע לסייע למפגינים. שוטרים החלו לחלק דו״חות תנועה למפגינים שהחנו את רכבם סמוך לצומת יצהר כדי להשתתף במחאה על הפיגוע הקשה.
Video: קרדיט וידאו: ארגון חוננו
מטעם ארגון חוננו נמסר כי: "עורכי הדין של ארגון חוננו סייעו במהלך הלילה ל-9 עצורים אשר נעצרו אמש (ג') והלילה במחאות ברחבי יו"ש לאחר הפיגוע הקשה. שניים מהעצורים יובאו הבוקר לדיונים בבית משפט השלום בירושלים. במחאה בצומת יצהר נעצרו 4 קטינים, בגירים וקטינים נוספים נעצרו בסמוך למעלה לבונה, בצומת קריית ארבע ובמקומות נוספים. לכלל העצורים סייעו מטעם ארגון חוננו עו"ד נתי רום, עו"ד אסף גונן ועו"ד ורד לוי".
Video: קרדיט וידאו: ארגון חוננו
תקרית חריגה במיוחד תועדה באזור הכפר בית פוריק הסמוך לשכם, כאשר מתיישבים הגיעו להפגין בצומת ובמטרה לחסום את הכביש. במהלך המחאה חייל צה"ל פתח בירי באוויר סמוך למפגינים כדי לפנותם מהצומת, ומאוחר יותר חיילים אף לקחו מכשיר טלפון מידו של אזרח שהיה במקום ותיעד את המתרחש. בצה"ל אמרו כי "אזרחים ישראליים התקהלו בכניסה לכפר בית פוריק שבשומרון בניסיון להיכנס לכפר". נציין כי תיאור זה של התקרית איננו עולה בקנה אחד עם מטרות ההפגנה ועם עדויות המפגינים. בנוסף, נמסר מטעם צה"ל כי "כוח צה"ל שהגיע למקום פיזר את ההתקהלות, תוך שימוש באמצעים לפיזור הפגנות ובירי לאוויר. האירוע יתוחקר".
ההפגנות התקיימו בלמעלה מ-40 צמתים ברחבי יהודה ושומרון וביניהן צומת קרני שומרון, כיכר פדואל, בית פוריק, צומת 0, צפון השומרון, צומת ג'ית, צומת יקיר, פונדוק, שבי שומרון ועוד. התנועה נחסמה בכפר יאסוף, צומת לובן אל-שרקייה וכך גם הכניסה לתורמוס עיא. צומת כוכב יעקב ונווה צוף נחסמו גם הן לתנועת פלסטינים כחלק מהמחאה. הפגנות התקיימו גם מחוץ ליהודה ושומרון בגשר המיתרים, צומת גילה, מגדל העמק, גשר הקוממיות בבת ים, כיכר מצפה רמון, מרכז זיו בחיפה וצומת סעד.
המפגינים דורשים בין היתר את החזרת המחסומים בכבישי איו"ש שכללו בידוק מכוניות שיוצאות מהכפרים הפלסטיניים – דרישה שבמערכת הביטחון מתנגדים לה בשלב זה. השרה אורית סטרוק העלתה את הדרישה הזו אתמול במליאת הכנסת מיד לאחר הפיגוע ואמרה בנאומה: "לא יכול להיות שכל פלסטיני יכול לנסוע בכביש שסמוך לישובים שלנו בלי שום תעודת יושר, והוא יודע כשהוא יוצא מהבית שהסיכוי שהרכב שלו ייבדק הוא אפס. איך זה ייתכן? את השאלה הזו שאלתי שוב ושוב ושוב בממשלה ועוד לא נעניתי. והיום אנחנו עם הרוגים, עם פצועים, עם תושבים שמסתגרים בבתיהם. זה לא הגיוני".