מאז שעות הלילה תוקף צה"ל יעדי טרור רבים במחנה הפליטים ג'נין ובסביבותיו. יותר מעשר תקיפות בוצעו באמצעות כלי טיס, כאשר במקביל כוחות צה"ל פועלים בתוך מחנה הפליטים. לפני הצהריים נפצע לוחם צה"ל באורח קל מרסיסי רימון צה"לי. הוא פונה לטיפול רפואי בבית חולים ומשפחתו עודכנה, בהמשך עדכן דובר צה"ל כי הלוחם, מיחידת דובדבן, חזר לשטח והצטרף לפעילות עם חבריו ליחידה. לפחות תשעה מחבלים חוסלו במהלך המבצע.
אחרי שעות שבהן כיתרו כוחות צה"ל מסגד שבו הסתתרו מחבלים, השתלטו הכוחות על המסגד, ונראה כי לפחות חלק מהמחבלים שהתבצרו בו הצליחו לברוח באמצעות מנהרות, או שהם עדיין מסתתרים במתחם. על המסגד בוצע נוהל "סיר לחץ", וכעשרה מחבלים שהתבצרו בו השליכו מטעני חבלה וירו לעבר הכוחות.
בתגובה למבצע בג'נין נמסר מהבית הלבן כי "ארצות הברית עוקבת אחרי המצב בג'נין", וכי היא "תומכת בזכותה של ישראל להגן על עצמה מפני חמאס, הג'יהאד האיסלאמי ושאר ארגוני הטרור".
כוחות צה"ל ממשיכים בהתקדמות אל תוך מחנה הפליטים. במערכת הביטחון מעריכים כי המחבלים הופתעו עם תחילת המבצע, בין היתר בשל כניסת הכוחות מכמה כיוונים אל תוך מחנה הפליטים, והם מסתתרים בעומק המחנה, ולמעשה אין להם לאן לברוח. הכוחות ממשיכים בהתקדמות איטית, ונתקלים בהתנגדות אך לא גדולה מדי – נכון לעכשיו. גורם צבאי הבהיר כי צה"ל מכתר את המחנה וכוחות גדולים פועלים בתוכו באמצעות כלים הנדסיים כבדים. בצה"ל הבהירו כי בשלב זה אין שום כוונה לכבוש את מחנה הפליטים, אולם קיימת תוכנית מבצעית כזו למקרה שצורך כזה יתעורר.
במהלך הפעילות עד כה חוסלו מספר מחבלים – בין היתר באמצעות תקיפות מהאוויר. בנוסף, השמידו הכוחות מעבדה לייצור ולאחסון מטענים. מוקד פעילות נוסף במבצע הוא האיום החדש בצפון השומרון, המהווה את מוקד פעילות הטרור באיזור לאחרונה – ייצור ותפעול רקטות בדומה לזה שקיים ברצועת עזה. הלוחמים איתרו והחרימו משגר רקטה מאולתר ואמצעי לחימה נוספים. באותו אזור יש חילופי אש עם חמושים שנכון לעכשיו עדיין מתנהלים.
אחר הצהריים נמסר כי בפעילות משותפת של צה"ל, שב"כ ומג"ב, איתרו לוחמי יחידת מגלן מעבדת נפץ במחנה הפליטים ג'נין ובה מאות מטענים מוכנים לשימוש, מטעני גחון ובור אמל"ח. הלוחמים החרימו גם מכשירי קשר וציוד צבאי. בנוסף, לוחמי צה"ל איתרו מעבדת נפץ ובה עשרות מטענים מאולתרים וחוברת הדרכה להכנת מטענים נוספים. בנוסף, אותרה מעבדה נוספת עם אמצעים להכנת מטענים. הכוחות החרימו את כל אמצעי הלחימה.

במקביל, במעצרים שבוצעו בעיר ג'נין, נתקל כוח של סיירת נח"ל במחבלים חמושים. זוהו פגיעות. אחד המחבלים נוטרל ונשקו הוחרם. במהלך מעצר מבוקש על ידי לוחמי ימ"ס מג"ב איו"ש בוצע ירי לעבר המבוקש, שנפצע, נתפס, והועבר לטיפול רפואי. אין נפגעים לכוחותינו.

באיגרת מיוחדת לקראת המבצע שהוציא מפקד אוגדת איו"ש תא"ל אבי בלוט הוגדרו יעדי המבצע. "מחנה הפליטים יהיה מוחלש ומורתע", כתב המאו"ג וסימן זאת כיעד מרכזי למבצע. ברוח הדברים כתב עוד כי "העיר ג'נין, ובפרט מחנה הפליטים, הינה מעוז מחבלים המייצא טרור לכל איו"ש ולעורף ועוסק בפיתוח אמל"ח שעלול לערער את היציבות הביטחונית במדינת ישראל. בעיני האויב הפך מחנה הפליטים ל'עיר מקלט' וחופש הפעולה של צה"ל במרחב מאותגר.
"למבצע אנו יוצאים כדי לשנות את המצב ולהרחיב את חופש הפעולה. משימתנו: לייצר שליטה מבצעית לסכל ולעצור מחבלים, להשמיד תשתיות אויב ולהחרים אמצעי לחימה. הציפיה היא כי בסיום המבצע מחנה הפליטים יהיה מוחלש ומורתע, וכי בזכות המבצע יתהווה פוטנציאל לדינמיקה חיובית באזור יהודה ושומרון כולו".

דובר צה"ל מסר כי "כוחות הביטחון ימשיכו לפעול ככל שיידרש על מנת לסכל את איום הטרור במרחב".
כוחות הביטחון פועלים משעות הלילה (בין ראשון לשני) בג׳נין במבצע שקיבל את השם ״בית וגן״. מטרת המבצע היא ניקוי בירת הטרור מפעילות חבלנית. ההחלטה על המבצע ריחפה באוויר כבר כמה ימים ובדיונים סגורים כבר התקבלה החלטה לצאת למבצע צבאי בגזרת מחנה הפליטים ג׳נין על רקע כמות הפיגועים הגדולה ששולחה מהאזור בשבועות האחרונים. הלילה זה קרה ובפקודת פעולה הנושאת את השם ״בית וגן״ הותקפה מפקדה משותפת של ארגוני הטרור השונים במחנה הפליטים ג'נין על ידי כלי טיס של חיל האוויר.
מיד לאחר מכן, כוחות גדולים ובהם חטיבת הקומנדו, יחידות חי״ר, יחידות מיוחדות, שב״כ, ימ״מ ומג״ב נכנסו לתוך מחנה הפליטים והחלו בפעולות מעצרים. עד כה הפלסטינים מדווחים על ארבעה הרוגים והערכה היא כי ישנם עוד הרוגים וכן כי ישנם פצועים רבים בקרב המחבלים. בנוסף, ניתן לדווח על לפחות 15 מחבלים שנעצרו נכון לשעה שש בבוקר.

בצה"ל אומרים כי "זוהי פשיטה מבצעית חטיבתית כחלק מפעילות שאנחנו מבצעים. פעילות זו כוללת סיכול תשתיות טרור, מעצר מבוקשים מפקדות ואמל״חים, כל אלה נפגעו בעיר ג'נין שהינה עיר מקלט. הכוונה לכך היא שמכיוון שיצאו מעיר זו 50 פיגועים, כ15- מחבלים ברחו לג’נין כעיר מקלט לאחר פשיעתם. פעילות זו הינה בשיתוף עם כוחות השב"כ ומפקד פיקוד המרכז מפקד על פעילות זאת".
בנוסף בצה"ל תיארו את פתיחת המבצע "השעה 1:10 ואנחנו תוקפים מטרה שהיא חמ"ל בג'נין בו היו פעילי טרור. המפקדה הזאת הייתה במקום בו יש מתחמים ציבוריים כגון בית ספר, מרפאה. כוחות אוויריים ביצעו סיכול אווירי, מהלך הפתיחה זה אפשר לנו מהלך פשיטה, ולשמור על כוחותינו בעודם נכנסים למחנה הפליטים ג׳נין. במצב זה יש לנו כוחות מבצעיים מצפון מדרום וממזרח. אנחנו אוחזים בו, הכוחות שלנו נכנסו למבנים, איתרו מטענים. תפסנו את הדירות האלה".
בצה"ל המשיכו ואמרו כי "לא באנו לכבוש את ג׳נין ולא באנו לכבוש את הרשות הפלסטינית, אני לא אתייחס לזמן המבצע, יהיה פה רצף של פעולות ומה שמוביל אותנו לפעילות הלילה, ושמוביל אותנו ביום – זה המידע המודיעיני. המערכה הזאת מול הטרור הוא מאמץ מתמשך ולא יסתיים בפעולה אחת. הכוחות פועלים בג׳נין, ישנם אמצעים אווירית ששומרים עליהם. זה יהיה רצף של פעולות והתזמון אליו אנחנו נבחר. התכלית בפעילות זו היא לפגוע בתשתית הטרור".